연구·인력개발비 세액공제 — 인정 비용 vs 제외 비용
요약
- 연구·인력개발비 세액공제(조특법 §10) 인정 비용 항목과 제외 항목 명확 구분, 사례·서류 준비·사전심사 활용 가이드.
R&D 세액공제 — 가장 큰 세제 혜택
연구·인력개발비 세액공제는 중소기업 25%, 대기업 2%로 큰 차이지만 모두 중요한 세제 혜택. 단 인정 비용 vs 제외 비용을 정확히 구분해야 세무 조사 시 회수 위험 ↓.
이 글에서 자주 헷갈리는 인정·제외 비용을 사례로 정리해요.
인정 비용 — 4가지
| 구분 | 예시 |
|---|---|
| ① 인건비 | 연구원 급여·상여·4대보험 회사 부담 |
| ② 재료비·소모품비 | 실험 재료·시약·부품 |
| ③ 외주 용역비 | 외부 연구기관·대학 위탁 |
| ④ 기타 | 연구 시설 임차료·감가상각·논문비 |
제외 비용 (자주 실수)
| 제외 항목 | 이유 |
|---|---|
| 지분 10% 초과 주주인 임원(대표 포함, 그 친족 등 포함) 급여 | 법령상 인건비 제외 대상 |
| 일반 직원 (생산·영업) 급여 | 연구 전담 ❌ |
| 회사 일반 운영비 | R&D 직접 관련 ❌ |
| 완제품 개발 후 양산 비용 | R&D 단계 ❌ |
| 마케팅·판매 비용 | R&D ❌ |
| 특허·상표 등록 비용 | R&D ❌ (단 일부 인정 사례) |
| 국가 보조금 받은 부분 | 중복 혜택 ❌ |
인건비 인정 — 구체적 기준
연구원 자격
- 부설 연구소·연구개발 전담 부서 등록
- 학사 + 6개월 경력, 석사 또는 산업기사 + 2년
- 연구 활동 전담 (다른 부서 업무 ❌)
인정 비율
- 연구원 100% 연구 전담: 인건비 100% 인정
- 일부 연구 + 일부 다른 업무: 안분 (연구 시간 비율)
임원 급여 인정 여부
- 지분 10%를 넘게 가진 주주인 임원(그 친족 등 포함)의 급여는 ❌, 그 밖의 임원은 연구전담요원 요건을 갖추면 인정 가능
- 겸직 임원 (이사 + 연구 전담)은 일부 인정 가능
사례 — 인정 vs 제외
인정 사례
- 연구원 5명 인건비 (연봉 6,000만 × 5명) = 3억 → 100% 인정
- 실험 재료 5,000만 → 100% 인정
- 대학 연구소 외주 1억 → 100% 인정
- 연구 시설 임차료 1,200만 → 100% 인정
제외 사례 (자주 실수)
- 지분 10% 초과 주주인 대표이사 급여 1.2억 → ❌ (인건비 제외 대상)
- 영업부 직원 급여 → ❌ (연구 전담 ❌)
- 연구원이 마케팅 일부 → 안분 (연구 시간만)
- 완제품 양산 시설 → ❌ (R&D 종료)
- 특허 변리사 비용 → ❌ (일반적)
세액공제 계산
중소기업 25%
- R&D 비용 5억 → 세액공제 1.25억
대기업 2%
- R&D 비용 100억 → 세액공제 2억
신성장·국가전략기술 30~40%
- 반도체·바이오·AI 등 우대 30~40%
서류 준비
- 연구 과제별 계획·결과 보고서
- 연구원 명단·이력
- 인건비 명세서
- 재료·외주 영수증·세금계산서
- 연구 시설·장비 사진
- 특허·기술 인증 (가산점)
사전심사 활용 (국세청 연구·인력개발비 세액공제 사전심사)
국세청 사전심사 신청 시 세무 조사 위험 ↓.
- R&D 비용·세액공제 사전 검토
- 국세청 사전 인정
- 이후 조사 시 보호
사전심사 → 회계법인·세무사 자문 후 홈택스에서 신청.
자주 하는 실수
- 지분 10% 초과 주주인 임원 급여 포함: 제외 대상이라 회수 위험.
- 일반 직원 R&D로: 연구 전담 입증 ❌.
- 양산·마케팅 비용 R&D로: R&D 단계 종료 후 비용은 ❌.
- 국가 보조금 중복: 보조금 받은 부분은 R&D 비용에서 차감.
- 사전심사 무활용: 사전 인정으로 회수 위험 ↓.
다음 단계
- 회사 R&D 활동·인력·시설 정리.
- 인정 비용 vs 제외 비용 구분 (위 표 참고).
- 인건비 안분 (연구 전담 vs 겸직).
- 증빙 자료 정리 (영수증·계약서·사진).
- 거액 R&D 시 사전심사 신청.
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