세무조사 중 수정신고 권유를 받았을 때 — 가산세 감면 제외·다툼의 길·제출 전 확인

조사 착수를 알고 낸 수정신고는 가산세 감면이 없습니다

국세기본법 제48조 제2항 제1호는 법정신고기한까지 신고서를 낸 사람이 기한이 지난 뒤 수정신고하면 과소신고·초과환급신고 가산세(제47조의3)를 기간별로 감면한다고 정해요. 단, 과세표준과 세액을 경정할 것을 미리 알고 수정신고서를 제출한 경우는 감면 대상에서 제외해요. 시행령 제29조는 경정할 것을 미리 알고 신고한 경우를 다음 두 가지로 정해요.

• 해당 국세에 관해 세무공무원이 조사에 착수한 것을 알고 과세표준수정신고서 또는 기한후과세표준신고서를 제출한 경우
• 해당 국세에 관해 관할 세무서장으로부터 과세자료 해명 통지를 받고 과세표준수정신고서를 제출한 경우

세무조사 중 수정신고를 하면 첫 번째에 해당해요. 같은 수정신고서라도 조사 착수를 알기 전에 내면 아래 감면율이 적용돼요.

감면 대상은 제47조의3의 과소신고·초과환급신고 가산세에 한정됩니다. 납부지연가산세(제47조의4)는 수정신고 시기와 무관하게 감면 대상이 아니므로, 조사 전에 신고하든 조사 중에 신고하든 세액이 납부 기한을 지난 날수만큼 붙습니다. 이자율은 1일 10만분의 22입니다(국세기본법 시행령 제27조의4 제1항).

세무서가 직접 경정하는 경우 과소신고가산세는 일반 과소신고에 대해 과소신고납부세액의 100분의 10, 부정행위로 과소신고한 부분은 100분의 40(역외거래에서 발생한 부정행위는 100분의 60)입니다(국세기본법 제47조의3 제1항). 조사 중에 수정신고하더라도 과소신고가산세는 감면되지 않아 세무서가 경정하는 경우와 같은 가산세율이 적용돼요. 이 경우 수정신고로 얻는 것은 가산세 절감이 아니라 납부 시기를 앞당기고 확정 절차를 단축하는 정도에 그칠 수 있습니다.

수정신고를 하면 줄어드는 다툼의 길

수정신고를 하느냐 마느냐는 가산세뿐 아니라 이후에 세액을 다툴 수 있는 길과 이어져요. 두 경로는 출발점이 달라요.

수정신고를 하면 수정신고한 세액은 처분이 아니라 납세자의 신고이므로, 그 세액을 다투는 통상의 길은 세무서장에게 경정을 청구하는 방법입니다. 경정청구 사유는 신고된 과세표준과 세액이 세법에 따라 신고해야 할 금액을 초과하는 경우 등입니다(제45조의2 제1항 제1호). 청구를 받은 세무서장은 2개월 이내에 결정이나 경정을 하거나 그럴 이유가 없다고 통지해야 하고, 통지를 받지 못하면 2개월이 지난 다음 날부터 이의신청 등 불복을 청구할 수 있습니다(같은 조 제3항). 즉 수정신고 뒤에도 다툴 수는 있지만, 경정청구와 그에 대한 통지를 거쳐 불복으로 이어지는 순서가 돼요. 수정신고한 부분에 대해 과세전적부심사가 실무상 어떻게 처리되는지는 조문에 직접 정해진 바가 없으므로 확인이 필요해요.

권유를 받아들이지 않을 때의 절차

수정신고를 하지 않으면 세무조사는 결과 통지 단계로 넘어가요.

1. 조사를 마친 날부터 20일 이내에 세무공무원이 조사 내용과 결정 또는 경정할 과세표준·세액·산출근거를 설명하고 서면으로 통지합니다(국세기본법 제81조의12 제1항, 제11조 제1항 각 호에 해당하면 40일).
2. 통지를 받은 날부터 30일 이내에 과세전적부심사를 청구할 수 있습니다(제81조의15 제2항). 청구를 받은 세무서장 등은 국세심사위원회 심사를 거쳐 청구를 받은 날부터 30일 이내에 결과를 통지해야 합니다(같은 조 제4항).
3. 결정은 채택하지 않음, 채택 또는 일부 채택, 재조사 결정, 심사하지 않음 중 하나입니다(같은 조 제5항).
4. 세액을 다투지 않기로 했다면 과세전적부심사를 청구하지 않고 통지받은 내용의 전부 또는 일부에 대해 조기에 결정이나 경정결정을 해 달라고 신청할 수 있고, 이 경우 세무서장은 신청받은 내용대로 즉시 결정이나 경정결정을 해야 합니다(같은 조 제8항).

과세전적부심사 청구가 모든 경우에 가능한 것은 아닙니다. 납부기한 전 징수나 수시부과 사유가 있는 경우, 조세범 처벌법 위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우, 통지일부터 부과제척기간 만료일까지 3개월 이하인 경우 등은 제외됩니다(제81조의15 제3항).

제출 전에 확인하는 순서

숫자로 보는 감면 유무의 차이

㈜예시상사는 12월 결산 법인이고 2025사업연도 법인세를 2026년 3월 31일까지 신고했습니다. 2026년 10월에 세무조사가 시작되었고 매출 누락으로 인한 과소신고납부세액이 20,000,000원이라고 가정해요. 부정행위는 없고 일반 과소신고에 해당해요. 신고 시기에 따른 과소신고가산세를 비교해요.

같은 20,000,000원의 누락이어도 조사 착수 전에 수정신고했다면 가산세 600,000원이 줄어듭니다. 이 예시에서 법정신고기한은 2026년 3월 31일이고 6개월이 지난 날은 같은 해 9월 30일이어서, 2026년 10월 현재 기준 구간은 6개월 초과 1년 이내입니다. 조사 착수 시점을 이미 지난 경우에는 감면이 불가능하므로, 남는 쟁점은 수정신고로 확정할지 세무서 결정과 불복 절차로 갈지 두 경로를 비교하는 일입니다.

자주 하는 실수

조사 착수 직전 신고하면 감면된다고 보는 경우

감면 제외 기준은 조사에 착수한 것을 알고 신고했는지입니다(시행령 제29조 제1호). 조사 통지서를 받은 뒤 서둘러 수정신고하면 감면이 없다고 보아야 해요. 조사 착수를 안 시점의 구체적 기준(사전통지서 수령일, 현장 착수일 등)은 사안별로 다투어질 수 있습니다.

수정신고하면 납부지연가산세도 줄어든다고 보는 경우

제48조 제2항 제1호는 제47조의3의 과소신고·초과환급신고 가산세만 감면해요. 납부지연가산세는 감면 대상이 아닙니다.

조사관이 제시한 금액 전부를 그대로 수정신고하는 경우

수정신고한 세액은 납세자 스스로 신고한 세액이 되어 이후에는 경정청구로 다투는 것이 통상의 길입니다. 조사관 지적 중 다툴 부분이 있다면 그 부분은 수정신고에서 빼고 이후 절차를 준비하는 방법이 있습니다.

과세전적부심사 기한 30일을 놓치는 경우

조사결과 통지서를 받은 날부터 30일이 지나면 심사하지 않는다는 결정을 받습니다(제81조의15 제5항 제3호 가목). 통지서 수령일을 기록해 두어야 해요.

수정신고서를 내고 곧바로 납부까지 끝냈다고 보는 경우

수정신고서를 내도 추가 납부세액을 납부하지 않으면 납부지연가산세가 계속 늘어나요. 신고와 납부를 같은 날 처리하는 것이 안전해요.

권유를 받았을 때 점검하는 체크리스트

• 조사관이 지적한 항목, 금액, 사업연도를 서면으로 받았는지 확인
• 조사 착수를 안 날짜(사전통지서 수령일 등)와 수정신고 예정일 기록
• 지적 금액 중 사실로 인정하는 부분과 다투는 부분 구분
• 조사 착수 후 수정신고는 과소신고가산세 감면이 없다는 점 확인
• 다툴 부분이 있으면 조사결과 통지 후 30일 내 과세전적부심사 일정 확인
• 수정신고 후 다툴 때는 경정청구로 진행한다는 점 확인
• 추가 납부세액과 납부지연가산세 1일 금액 계산
• 제출 전 세무대리인에게 서면 의견 요청