상가 건물을 새로 지어 임대할 때 — 착공 전 사업자등록, 공사비 부가세 조기환급, 토지 관련 매입세액 구분

등록 지연에 따른 매입세액 불공제 기간

사업자등록을 신청하기 전의 매입세액은 공제하지 않습니다(부가가치세법 제39조 제1항 제8호). 다만 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 뒤 20일 이내에 등록을 신청하면, 등록신청일부터 그 과세기간 기산일까지 역산한 기간 안의 매입세액은 공제돼요. 1월에 세금계산서를 받은 공사비는 1기가 끝나는 6월 30일 뒤 20일인 7월 20일까지 등록을 신청하면 공제 대상에 남습니다.

등록증이 나오기 전에 받은 세금계산서는 사업자 또는 대표자의 주민등록번호를 적어 받아도 매입세액을 공제할 수 있습니다. 사업자등록을 신청한 사업자가 등록증 발급일까지의 거래에 대해 그렇게 발급받은 경우입니다(시행령 제75조 제1호).

그렇다고 등록을 미뤄도 되는 것은 아닙니다. 아래의 조기환급은 사업자로서 신고하는 제도라 등록이 먼저 필요하고, 공급시기가 속한 과세기간이 끝난 뒤 20일을 넘겨 등록하면 그 과세기간의 공사비 매입세액은 공제받지 못하기 때문입니다.

공사 중 세금계산서의 건물분과 토지분 구분

공사는 완성도기준지급조건부나 중간지급조건부로 진행되는 경우가 많습니다. 이 경우 용역의 공급시기는 대가의 각 부분을 받기로 한 때입니다(시행령 제29조 제1항 제2호·제3호). 건축주는 기성금을 지급할 때마다 시공사로부터 세금계산서를 받게 되고, 그 매입세액이 공제와 환급의 대상입니다.

토지에 관련된 매입세액은 공제하지 않습니다(부가가치세법 제39조 제1항 제7호). 시행령 제80조는 그 범위를 세 가지로 정해요.

시행령 제80조 제2호는 건축물이 있는 토지를 취득해 그 건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우를 대상으로 하므로, 이미 보유한 건물을 철거하는 경우에 같은 결론이 나오는지는 별도로 확인해야 합니다. 신축 건물의 도급공사비와 건물 설계·감리비는 토지가 아니라 건물에 관련돼요. 한 계약서에 기존 건물 철거와 신축 공사가 함께 들어 있으면 세금계산서도 합쳐지기 쉬우므로, 계약 단계에서 철거공사와 건축공사를 나눠 발급받도록 합의해 두면 구분하기 쉽습니다.

조기환급을 통한 공사비 부가세 환급

환급은 원칙적으로 과세기간별 확정신고를 한 뒤 확정신고기한이 지난 날부터 30일 이내에 이루어집니다(부가가치세법 제59조 제1항). 같은 조 제2항 제2호는 사업자가 대통령령으로 정하는 사업 설비를 신설·취득·확장 또는 증축하는 경우 환급세액을 조기에 환급할 수 있다고 정하고, 시행령 제107조 제2항은 그 사업 설비를 소득세법 시행령 제62조와 법인세법 시행령 제24조의 감가상각자산으로 정해요. 소득세법 시행령 제62조는 건물과 부속설비를 감가상각자산에 들입니다(같은 영 제62조 제2항 제1호 가목).

일반환급이 확정신고기한 뒤 30일인 데 비해, 조기환급은 매월 또는 두 달 단위로 신고하고 신고기한 뒤 15일 안에 환급받는 구조입니다. 공사가 1년 이상 이어지는 신축에서는 기성금이 나가는 시점마다 환급을 받아 자금 부담을 줄일 수 있습니다.

한 가지는 확인이 필요해요. 조문은 취득명세서에 '설비예정일자'를 적게 하지만, 아직 완공 전인 건설 중인 건물의 기성금 매입세액을 조기환급 대상으로 인정하는 범위는 조문에 따로 적혀 있지 않습니다. 첫 신고 전에 관할 세무서에 공사 진행 단계별 신고 방식을 확인해야 해요.

㈜예시상사 신축 공사 숫자 예시

㈜예시상사는 건물이 있던 토지를 취득해 그 건물을 철거하고 토지만 사용하는 계획으로 2027년 1월에 상가 신축 공사를 착공했고, 착공 전에 사업자등록을 마쳤습니다. 일반과세자이고 1기에는 임대 매출이 없습니다. 3월에 받은 세금계산서는 다음과 같습니다.

매출세액은 0원이므로 환급세액은 공제 가능한 25,000,000원입니다. 3월분을 조기환급기간으로 신고하면 신고기한은 4월 25일이고, 그 기한이 지난 뒤 15일 이내인 5월 10일까지 환급이 이루어집니다. 조기환급 없이 1기 확정신고를 한다면 신고기한이 7월 25일이고 환급은 그 뒤 30일인 8월 24일까지입니다. 조기환급을 쓰면 3개월 이상 빨리 받는 셈입니다.

불공제 5,000,000원은 부가세 신고에서 공제받지 못하는 금액이며, 소득세나 법인세에서 토지와 건물 중 어느 자산의 취득원가에 넣는지는 신고 전에 세무 전문가와 확인해야 해요.

주택을 포함한 겸용 건물의 면세 면적 안분

상가 위층에 주택을 넣는 겸용 건물을 지으면 주택 임대는 면세이므로 상가 부분만 과세사업입니다(부가가치세법 제26조 제1항 제12호). 이 경우 과세·면세 공통 매입세액은 안분해야 해요. 시행령 제81조 제4항은 과세기간 중 공급가액이 없는 경우, 건물을 신축하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있다면 총예정사용면적 대비 면세사업 예정사용면적의 비율을 우선 적용하도록 정해요. 착공 전에 상가와 주택의 예정 면적을 도면으로 정해 두면 이 비율로 처리하기 쉽습니다.

공사 기간 중 이자와 사업을 접을 때의 부담

개인 건축주의 경우 공사 중 이자는 필요경비로 바로 넣지 못해요. 건설에 쓴 차입금의 이자는 필요경비에 산입하지 않고(소득세법 제33조 제1항 제10호), 시행령 제75조에 따라 준공일까지 자본적 지출로 원본에 더해요. 법인은 법인세법 제28조 제1항 제3호가 건설자금에 충당한 차입금의 이자를 손금에 산입하지 않도록 정해요.

사업개시일 이전에 등록을 신청한 자가 사실상 사업을 시작하지 않게 되면 지체 없이 신고해야 하고(부가가치세법 제8조 제8항), 등록은 말소될 수 있습니다(같은 조 제9항 제2호). 이때 남아 있는 자기생산·취득재화는 자기에게 공급하는 것으로 봅니다(제10조 제6항 후단). 공사 중이던 건물이나 이미 구입한 자재가 있다면 그 재화에 대한 부가세 부담이 생길 수 있으므로, 임대를 접거나 매각으로 방향을 바꾸는 시점에 즉시 세무 확인을 받아야 해요.

자주 하는 실수

• 임대 개시일에 맞춰 사업자등록을 하려고 미루다가 공사비 매입세액 공제 기한을 넘겨요.
• 철거비와 건축공사비가 한 장의 세금계산서에 합쳐져 토지분을 구분하지 못해요.
• 토지 조성 성격의 공사비에 붙은 매입세액을 모두 공제 항목에 넣습니다.
• 조기환급 신고서에 건물 등 감가상각자산 취득명세서를 첨부하지 않습니다.
• 착공 전 등록 때 사업계획서와 도급계약서 없이 신청해서 등록이 지연되거나 거부됩니다.
• 공사 중 차입금 이자를 매년 경비로 처리해요.

착공 전 체크리스트

• 착공 전에 사업자등록을 신청하고 사업장 설치 착수일을 정확히 적는다.
• 건축허가서와 도급계약서를 등록 신청 서류로 준비한다.
• 철거공사와 건축공사, 설계·감리를 나눠 계약하고 세금계산서도 나눠 받는다.
• 토지 형질변경 성격의 공사가 있는지 시공사와 공종을 확인한다.
• 조기환급 신고 주기(매월 또는 매 2월)를 정하고 감가상각자산 취득명세서를 준비한다.
• 주택을 포함하는 건물이면 상가와 주택의 예정 면적을 확정한다.
• 공사 중 차입금과 이자 지급 내역을 구분해 둔다.