세무조사를 받은 과세기간의 경정청구 — 청구 가능 범위와 부분조사·재조사 위험, 처리 순서
- 세무조사를 마친 과세기간에도 법정신고기한이 지난 후 5년 이내라면 놓친 공제를 경정청구할 수 있고, 조사 후 경정이 있었다면 경정 후 세액이 기준이 돼요. 청구를 처리하는 세무서가 확인을 위해 부분조사를 하면 그 뒤 포함되지 않은 부분에 대한 재조사가 가능해지므로 이 부분을 함께 따져야 해요.
세무조사가 끝나고 추징세액까지 정리한 뒤에야, 조사 때 공제하지 못한 항목이 있었다는 사실을 알게 되는 경우가 있습니다. 같은 과세기간은 이미 조사를 받았으니 다시 건드리면 안 될 것 같고, 괜히 청구했다가 재조사를 받을까 걱정도 돼요. 국세기본법 제45조의2에는 조사를 받은 과세기간의 청구를 막는 문구가 없고, 따져 볼 지점은 청구를 처리하는 세무서가 확인을 위해 하는 부분조사와 그 뒤의 재조사 예외 규정입니다. 청구 가능 범위와 기한은 일반 경정청구와 같고, 조사 후 경정이 있었다면 기준 세액이 달라지며, 청구가 부분조사와 재조사 예외로 이어지는 경로를 따로 살펴야 해요.
1. 조사받은 과세기간도 경정청구 대상입니다
국세기본법 제45조의2 제1항은 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 사람이 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 경정을 청구할 수 있다고 정해요. 같은 항 제2호는 신고서에 기재된 결손금액, 세액공제액 또는 환급세액이 세법에 따라 신고해야 할 금액에 미치지 못할 때를 청구 사유로 정해요. 조문에는 세무조사를 받았는지 여부로 청구를 제한하는 문구가 없습니다.
조사 후 경정이 있었다면 기준이 바뀌어요. 같은 항 제1호와 제2호의 괄호는 각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준과 세액, 세액공제액 등을 기준으로 삼도록 정해요. 조사 결과에 따라 세액을 고쳐 납부했다면, 고쳐진 숫자와 비교해서 부족한 공제액이나 초과 납부액을 청구하는 구조입니다.
| 구분 | 내용 | 근거 |
|---|---|---|
| 청구 기한 | 법정신고기한이 지난 후 5년 이내 | 제45조의2 제1항 |
| 청구 사유(예) | 세액공제액·결손금액·환급세액이 신고해야 할 금액에 미달, 과세표준·세액이 초과 | 제45조의2 제1항 제1호·제2호 |
| 기준 세액 | 조사 후 경정이 있었다면 경정 후의 과세표준·세액 | 제45조의2 제1항 제1호·제2호 괄호 |
| 증액 경정에 대한 청구 | 처분을 안 날(통지받은 날)부터 3개월 이내, 단 법정신고기한이 지난 후 5년 이내 | 제45조의2 제1항 단서 |
| 세무서의 처리기간 | 청구를 받은 날부터 2개월 이내에 결정·경정하거나 이유 없다는 통지 | 제45조의2 제3항 |
2. 청구 가능 범위를 가르는 기준
조사를 받았다고 해서 청구 범위가 줄어들지는 않지만, 청구하려는 항목이 조사에서 이미 다뤄졌는지에 따라 경로가 갈려요.
| 상황 | 적절한 경로 |
|---|---|
| 조사에서 다뤄지지 않은 공제·비용을 뒤늦게 발견 | 경정청구 |
| 조사 때 쟁점이 되어 부인된 항목을 인정받으려는 경우 | 추징 처분에 대한 불복(심사청구는 처분을 안 날부터 90일 이내, 국세기본법 제61조 제1항) |
| 조사 결과로 증액된 세액 중 일부가 과다하다고 판단되는 경우 | 증액 경정에 대한 경정청구(3개월 이내) 또는 불복 |
| 조사 후 거래가 확정적으로 달라진 경우(판결, 소득 귀속 변경 등) | 제45조의2 제2항의 후발적 사유 청구(사유를 안 날부터 3개월 이내) |
조사에서 이미 다뤄진 쟁점을 경정청구로 다시 주장했을 때 어떻게 처리되는지는 조문만으로 알 수 없으므로, 불복 기한을 놓치지 않는 쪽이 우선입니다. 불복 기한은 처분을 안 날(통지를 받은 날)부터 계산하므로 추징 처분을 받은 날을 기준으로 달력에 적어 두어야 해요. 조사 결과는 조사를 마친 날부터 20일(국세기본법 제11조 제1항 각 호에 해당하면 40일) 이내에 설명하고 서면으로 통지합니다(제81조의12 제1항).
3. 청구를 받으면 세무서가 하는 일: 부분조사
국세기본법 제81조의11 제3항 제1호는 제45조의2 제3항에 따른 경정 등의 청구에 대한 처리 또는 국세환급금의 결정을 위해 확인이 필요한 경우에는 그 확인에 필요한 부분에 한정한 조사, 곧 부분조사를 실시할 수 있다고 정해요. 청구서에 적은 사유와 증빙을 세무서가 직접 확인해야 할 때 이 부분조사가 열려요.
제4항은 제3항 제3호부터 제6호까지의 사유로 인한 부분조사를 같은 세목, 같은 과세기간에 2회를 초과해 할 수 없다고 정하는데, 경정청구 처리를 위한 제1호 부분조사는 이 횟수 제한의 열거에 들어 있지 않습니다. 조사 범위는 확인에 필요한 부분으로 한정되고, 세무공무원은 조사권을 남용해서는 안 됩니다(제81조의4 제1항).
4. 부분조사 뒤의 재조사 위험
제81조의4 제2항은 세무공무원이 같은 세목과 같은 과세기간에 대해 재조사를 할 수 없다고 정하면서 예외를 열거해요. 경정청구와 관련해 눈여겨볼 예외는 다음과 같습니다.
| 호 | 재조사가 가능한 경우 | 청구 시 의미 |
|---|---|---|
| 제1호 | 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우 | 청구와 관련해 명백한 탈루 자료가 확인되는 경우 해당할 수 있음 |
| 제3호 | 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우 | 누락이 여러 연도에 걸친 문제라면 다른 연도도 확인 대상 |
| 제6호 | 제81조의11 제3항에 따른 부분조사를 실시한 후 해당 조사에 포함되지 아니한 부분에 대하여 조사하는 경우 | 경정청구 확인용 부분조사를 한 뒤 나머지 부분을 조사할 수 있는 근거 |
제6호가 가장 직접적입니다. 청구에 대한 확인 과정에서 부분조사가 이루어졌다면, 그 조사에 포함되지 않은 부분은 이후에 조사받을 수 있습니다. 청구 금액이 크거나 같은 쟁점이 여러 과세기간에 걸쳐 있을 때는, 청구로 얻는 환급액과 이런 가능성을 함께 비교해야 합니다. 실제 부분조사가 열리는 비율이나 세무서의 내부 확인 방식은 조문에 나와 있지 않으므로 조문에 적힌 가능성까지만 판단 재료로 삼아야 해요.
5. 처리 순서
| 순서 | 할 일 | 확인할 점 |
|---|---|---|
| 1 | 조사 결과통지서와 경정 내역 확보 | 조사 대상 세목, 과세기간, 경정 후 과세표준·세액 |
| 2 | 누락 항목이 조사에서 다뤄졌는지 구분 | 다뤄졌다면 불복 기한(처분을 안 날부터 90일) 우선 확인 |
| 3 | 법정신고기한 기준 5년 계산 | 기한이 얼마 남지 않았는지 확인 |
| 4 | 경정 후 세액 기준으로 청구 금액 산출 | 조사 추징분과 누락 공제를 겹쳐 계산하지 않기 |
| 5 | 증빙 정리 | 청구 사유별 증빙, 같은 쟁점의 다른 연도 존재 여부 |
| 6 | 경정청구서 제출 | 2개월 안에 통지가 없으면 통지 전이라도 이의신청·심사청구 가능(제45조의2 제3항 단서) |
| 7 | 부분조사 대응 | 요청 자료의 범위가 청구 사유 확인에 필요한 부분인지 점검 |
6. ㈜예시상사의 경우
㈜예시상사는 12월 결산법인이고, 2022 사업연도 법인세를 2023년 3월 31일에 신고했습니다. 2025년 6월에 조사가 끝나 500만원이 추징되었고 조사결과 통지서를 받았습니다. 2026년 2월에 회계 담당자가 같은 연도에 인정받을 수 있는 세액공제 800만원을 누락한 사실을 발견했다고 가정해요.
| 항목 | 내용 |
|---|---|
| 법정신고기한 | 2023년 3월 31일 |
| 경정청구 마감 | 2028년 3월 31일(법정신고기한이 지난 후 5년) |
| 기준 세액 | 조사 후 경정된 세액(신고 세액 + 추징 500만원) |
| 청구 사유 | 세액공제액이 세법에 따라 신고할 금액에 미달(제45조의2 제1항 제2호) |
| 청구 금액 | 누락된 세액공제 800만원 |
| 2026년 2월 10일 제출 시 처리기한 | 2026년 4월 10일(2개월) |
마감이 2028년이므로 청구를 서두를 필요는 없고, 증빙을 갖추는 데 시간을 쓸 수 있습니다. 다만 조사에서 이미 다룬 쟁점과 구분되는지, 같은 누락이 2021과 2023 사업연도에도 있는지를 먼저 점검해야 해요. 여러 연도에 걸친 누락이라면 제81조의4 제2항 제3호에 해당할 수 있습니다.
7. 자주 하는 실수
- 조사를 받은 연도는 청구할 수 없다고 생각해 포기해요. 제45조의2에는 조사를 받은 과세기간의 청구를 제한하는 문구가 없습니다.
- 5년의 기산점을 조사 종결일이나 세금을 낸 날로 잡습니다. 기산점은 법정신고기한이 지난 때입니다.
- 조사 때 쟁점이 되어 부인된 항목을 경정청구로 다시 주장하다가 불복 기한을 넘겨요.
- 조사 전의 신고 세액을 기준으로 청구 금액을 계산합니다. 경정이 있었다면 경정 후 금액이 기준입니다.
- 같은 누락이 있는 다른 연도를 확인하지 않은 채 한 연도만 청구해 부분조사를 불러요.
- 세무서가 보내는 보정 요구나 자료 요청의 회신 기한을 놓쳐요.
8. 체크리스트
- 조사 결과통지서와 경정 후 세액을 확보했다.
- 누락 항목이 조사에서 다뤄진 쟁점이 아님을 확인했다.
- 법정신고기한 기준 5년 마감일을 계산했다.
- 같은 누락이 다른 과세기간에도 있는지 확인했다.
- 경정 후 세액을 기준으로 청구 금액을 산출했다.
- 청구 사유별 증빙을 정리했다.
- 청구서 제출 후 2개월이 되는 날과 불복 기한을 일정표에 넣었다.
- 부분조사 요청이 오면 범위가 청구 확인에 필요한 부분인지 점검할 담당자를 정했다.