R&D 세액공제 — 스타트업·중소기업 연구개발비 절세 완전 정리
요약
- 중소기업과 스타트업은 연구개발 투자에 R&D 세액공제를 받을 수 있어요.
R&D 세액공제란?
연구개발(R&D) 투자를 장려하기 위해 연구비 지출액의 일정 비율을 법인세·소득세에서 직접 차감해 주는 제도예요. 「조세특례제한법」 제10조에 근거해요.
공제 종류 — 2가지 선택
| 공제 방식 | 공제율 (중소기업) | 공제율 (중견·대기업) |
|---|---|---|
| 당기분 방식 (발생액 기준) | 당기 R&D 비용 × 25% | 8~20% |
| 증가분 방식 (직전 3년 평균 대비 증가액) | 증가액 × 50% | 25~40% |
두 방식 중 유리한 것 선택 가능 → 매년 재선택 허용
공제 대상 R&D 비용
- 연구원 인건비 (연구부서 소속 + 연구 업무 비율)
- 연구·시험용 재료비
- 연구개발 관련 위탁·공동연구 비용
- 연구 전담부서 운영비 (감가상각비 포함)
- 기술 도입 관련 기술료·로열티
공제 제외 항목
- 일반 관리비, 판매비
- 생산 자동화·품질 관리 비용 (연구 아닌 경우)
- 특허 출원·등록 비용 (단, 일부 인정)
연구 전담부서 요건
- 한국산업기술진흥협회(KOITA)에 연구소·전담부서 인정 필요
- 연구원 자격: 학사 이상 + 해당 분야 1년 이상 연구 경력 (또는 석사 이상)
- 인정된 전담부서 소속 인건비만 공제 적용
공제 한도 및 이월
- 공제세액이 당기 법인세를 초과하면 10년간 이월공제 가능
- 최저한세 적용 제외 — 중소기업의 연구·인력개발비 세액공제는 최저한세에 걸리지 않습니다
신청 절차
- 연구비 지출 내역·인건비 대장 관리 (연구원 별도 분리)
- KOITA 기업부설연구소·전담부서 인정 유지
- 법인세 신고 시 세액공제 신청서(별지 제3호) 첨부 제출
- R&D 비용 명세서, 연구원 명단, 인건비 증빙 보관
계산 예시
중소기업, 당기 R&D 비용 100,000,000원 당기분 공제 선택: 공제액 = 100,000,000 × 25% = 25,000,000원 법인세 산출세액: 30,000,000 공제 후 납부세액: 30,000,000 - 25,000,000 = 5,000,000원
실무 주의사항
- 연구원 겸직 시 연구 업무 비율로 인건비 안분 — 근무일지 필수
- 세무조사 시 연구 전담부서 인정서·연구원 명단 제출 요구
- KOITA 인정 실효(만료) 시 소급 공제 취소 가능 → 갱신 일정 관리