세관이 HS 코드를 바꿔 관세를 추징했을 때 — FTA 사후적용과 수정수입세금계산서 처리 순서

2. 관세 납부와 가산세

부족한 관세는 고지서의 납부기한 안에 먼저 납부하는 순서로 준비해요. 사후적용이나 경정청구가 받아들여지면 낸 세액과 확정 세액의 차액이 환급되므로(자유무역협정의 이행을 위한 관세법의 특례에 관한 법률 제9조 제6항), 납부를 미루면 납부지연 가산세만 쌓입니다. 관세법 제42조 제1항은 부족세액을 징수할 때 다음 금액을 합한 금액을 가산세로 징수한다고 정해요.

납부지연 가산세의 이자율은 관세법 시행령 제39조 제1항이 1일 10만분의 22로 정해요. 체납된 관세가 150만원 미만이면 기간에 따른 납부지연 가산세는 적용하지 않습니다(관세법 제42조 제5항). 부정한 행위로 과소신고한 경우에는 부족세액의 100분의 10 대신 100분의 60에 해당하는 금액을 지연 가산세와 합해 가산세로 징수하므로(제42조 제2항), 단순한 품목분류 이견인지 이중송품장·이중계약서 같은 허위증명이나 세액심사 자료 파기 등 부정한 행위(시행령 제39조 제4항)로 본 것인지 고지서의 근거 조문을 확인해요.

가산세는 감면받을 수 있는 경우가 있습니다. 납세의무자에게 시행령으로 정한 정당한 사유가 있으면 관세법 제42조 제1항 제1호·제2호 금액을 합한 가산세가 감면 대상이 되고(관세법 제42조의2 제1항 제9호), 그 정당한 사유는 관세법 제10조의 기한 연장 사유, 법령 해석 질의·회신에 따라 신고·납부했는데 이후 같은 사안에 다른 과세처분을 한 경우, 그 밖에 의무를 이행하지 않은 정당한 사유가 있는 경우입니다(시행령 제39조 제3항, 제32조의4 제6항). 감면은 신청해야 하며(제42조의2 제2항), 신청서에 면제받으려는 금액과 정당한 사유를 적어 세관장에게 내면 세관장이 신청일부터 20일 안에 서면으로 통지합니다(시행령 제39조 제5항, 제32조의4 제7항·제8항). 사전심사 결과를 통지받고 2개월 안에 통지된 품목분류로 수정신고한 경우 등 다른 감면 사유도 있으므로(제42조의2 제1항 제7호) 가산세 근거를 고지서와 대조합니다.

3. FTA 협정관세 사후적용 신청

변경된 품목이 FTA 협정관세 대상이고 원산지증명서를 갖고 있다면, 추징된 관세를 줄이거나 환급받을 길이 있습니다. 자유무역협정의 이행을 위한 관세법의 특례에 관한 법률 제9조 제2항은 아래 두 경우에 협정관세의 사후적용을 신청할 수 있다고 정해요.

이 글의 사례처럼 세관이 품목번호를 직접 바꿔 추징하는 경우는 둘째 행에 해당해요.

법률은 기산일부터 3개월 이내로서 대통령령으로 정하는 기간 안에 신청하라고 하고, 같은 법 시행령 제5조 제3항은 그 기간을 45일로 정해요. 따라서 납부고지를 받은 날부터 45일이 신청 마감입니다. 달력으로 석 달이 아니라 45일이므로 고지서 수령일을 기록해 마감일을 역산해야 해요.

이 규정은 수입신고 수리일부터 1년 안에 신청하는 일반 사후적용(같은 법 제9조 제1항)과 별개입니다. 다만 제9조 제2항은 수입 때 협정관세 적용을 신청했거나 제1항에 따라 이미 신청한 수입자를 제외하므로, 수입 때 협정관세를 적용받은 건에는 쓸 수 없습니다.

신청할 때 갖출 서류는 다음과 같습니다(같은 법 제9조 제3항, 시행령 제5조 제1항).

• 협정관세 적용신청서
• 원산지증빙서류(원산지증명서 등)
• 관세법 시행령 제34조 제1항에 따른 경정청구서

원산지증명서는 수입신고일 또는 협정관세 적용신청일을 기준으로 유효기간 안에 있어야 합니다(시행령 제5조 제2항). 신청 후 세관장은 경정청구를 받은 날부터 2개월 안에 협정관세 적용과 세액 경정 여부를 통지하고(법 제9조 제5항), 타당하면 세액을 경정해 납부한 세액과의 차액을 환급합니다(제9조 제6항).

품목분류가 바뀌면 원산지결정기준 충족 여부가 달라질 수 있습니다. 원산지증명서에 적힌 품목번호와 변경된 번호가 다르면 협정관세 적용 가능 여부는 협정마다 판단해야 하므로, 수출자에게 증명서 정정 가능성을 먼저 문의합니다.

4. 일반 경정청구와의 선택

협정관세와 무관하게 변경된 품목분류 자체가 부당하다고 판단하면 관세법 제38조의3 제2항에 따라 최초 납세신고일부터 5년 안에 경정을 청구할 수 있습니다. 경정청구서에는 수입신고번호, 경정 전후의 품목분류·과세표준·세율·세액, 경정 사유를 적습니다(관세법 시행령 제34조 제1항). 세관장은 청구를 받은 날부터 2개월 안에 경정하거나 경정할 이유가 없다고 통지해야 하며(제38조의3 제4항), 통지를 받지 못하면 그 2개월이 지난 다음 날부터 이의신청, 심사청구, 심판청구 등을 할 수 있습니다(제5항).

두 경로는 서로 배제하지 않습니다. 기간이 짧은 FTA 사후적용을 먼저 신청해 두고, 품목분류 자체를 다투는 경정청구나 불복은 따로 준비하는 순서가 안전해요.

5. 수정수입세금계산서와 부가가치세

수입부가가치세의 과세표준은 관세의 과세가격에 관세, 개별소비세, 주세, 교육세, 농어촌특별세, 교통ㆍ에너지ㆍ환경세를 합한 금액입니다(부가가치세법 제29조 제2항). 관세가 달라지면 부가세 과세표준도 달라지므로, 세관장은 일정한 경우 수정수입세금계산서를 발급해야 합니다(부가가치세법 제35조 제2항).

• 세관장이 결정ㆍ경정하기 전에 수입자가 수정신고하는 경우
• 세관장이 과세표준 또는 세액을 결정ㆍ경정하는 경우(관세법 위반 고발·통고처분, 부정한 행위로 인한 과소신고, 중대한 잘못 등 법에 정한 예외에 해당하지 않을 때)
• 세관 조사 등으로 결정ㆍ경정될 것을 미리 알고 그 전에 수정신고하는 경우(마찬가지로 예외에 해당하지 않을 때)

고발되었거나 부정한 행위가 있는 건은 수정수입세금계산서가 발급되지 않을 수 있습니다. 이 경우에도 사후에 무죄 확정 등이 있으면 발급되는 길이 열립니다(같은 법 제35조 제3항·제4항). 세관장이 발급하지 않는데 발급받을 사유가 있다면 국세기본법 제26조의2에 따른 기간 안에 세관장에게 발급을 신청할 수 있습니다(제35조 제5항).

수정수입세금계산서가 오면 당초 수입세금계산서와 금액을 대조해 공급가액과 세액 변동분을 확인해요. 어느 신고기간에 반영할지는 담당 세무서나 세무사에게 확인해요.

6. ㈜예시상사 계산 예시

㈜예시상사가 과세가격 100,000,000원의 원재료를 수입했습니다. 신고한 품목의 관세율은 8%였는데, 세관이 다른 품목번호를 적용해 13%로 고지했다고 가정해요. 이후 변경된 품목에 5%의 협정관세율이 적용되는 FTA 건으로 사후적용을 신청해 인정받았다고 가정해요.

세관 변경안 기준으로 부족 관세는 13,000,000원에서 8,000,000원을 뺀 5,000,000원이고, 부족세액의 10%에 해당하는 가산세는 500,000원입니다. 이후 협정관세를 적용받으면 관세 확정액이 5,000,000원이 되어 당초 납부액 8,000,000원보다 3,000,000원이 줄고, 먼저 낸 13,000,000원과의 차액 8,000,000원이 환급 대상입니다. 수입부가세는 당초 10,800,000원에서 변경안 11,300,000원으로 500,000원 늘었다가, 협정관세 적용 후 10,500,000원이 되어 800,000원이 줄어듭니다. 확정 관세 5,000,000원이 당초 신고 관세 8,000,000원보다 낮으므로 부족세액 자체가 없어지는데, 가산세는 부족세액을 기준으로 계산하므로 경정통지서의 가산세액 란(관세법 시행령 제34조 제3항 제4호)에서 500,000원이 함께 정리되는지 확인해요. 납부지연 이자는 기간에 따라 달라지므로 예시에서 제외했습니다.

분개는 시점별로 나눠 적습니다.

원재료 장부가액은 당초 100,000,000원에 관세 8,000,000원을 더한 108,000,000원이었다가, 추징으로 113,000,000원이 되고, 환급 확정 뒤 105,000,000원이 되어 협정관세 5% 기준 취득원가와 같아져요. 원재료가 이미 출고되어 매출원가로 나갔다면 원재료가 아니라 매출원가를 조정해요. 재고자산의 매입원가는 매입금액에 매입운임, 하역료 및 보험료 등 취득과정에서 정상적으로 발생한 부대원가를 가산한 금액이므로(일반기업회계기준 제7장 문단 7.6), 수입 때 낸 관세는 취득과정에서 생긴 부대원가로 보아 재고자산 원가에 가산하는 것이 일반적입니다.

7. 자주 하는 실수와 체크리스트

납부고지서를 받은 날을 기록하지 않아 45일을 넘기는 일이 가장 커요. 두 번째는 원산지증명서를 보관하지 않아 사후적용 자체를 할 수 없는 경우입니다. 자유무역협정 특례법 시행령은 수입자가 원산지증명서 사본, 수입신고필증, 수입거래 관련 계약서 등을 협정관세 적용을 신청한 날의 다음 날부터 5년 동안 보관하도록 정하고 있으므로(시행령 제10조 제1항 제1호, 제2항 제1호) 통관 서류철을 정리해 둬요.

수정수입세금계산서의 증감분을 부가세 신고에 반영하지 않으면 장부와 신고 내용이 어긋납니다. 가산세를 취득원가에 가산하는 것도 흔한 실수입니다. 가산세는 재고자산을 취득하는 과정에서 정상적으로 생긴 부대원가가 아니므로 원가에 넣지 않고 세금과공과 등 별도 비용 계정으로 처리하는 것이 일반적입니다.

• 납부고지서 수령일과 45일 마감일을 달력에 기록했습니다.
• 고지의 근거 조문과 변경 전후 품목번호를 확인했습니다.
• 관세와 가산세를 기한 안에 납부했습니다.
• 원산지증명서와 수입신고필증 등 서류를 확보했습니다.
• FTA 사후적용 신청서와 경정청구서를 제출했습니다.
• 일반 경정청구나 불복 여부를 판단했습니다.
• 수정수입세금계산서 수령 여부를 확인하고 부가세 신고에 반영했습니다.
• 재고와 매출원가에 관세 증감분을 반영했습니다.