수정수입세금계산서 — 세관 결정·경정·수정신고 때 발급 사유와 발급 제외
- 발급 주체는 세관장이고, 결정·경정 전 수정신고, 세관의 결정·경정, 조사 착수를 알고 한 수정신고의 세 사유로 발급해요
- 세관의 결정·경정 건과 조사 착수를 알고 한 수정신고 건은 고발·통고처분, 관세법상 부정한 행위, 중대한 잘못이 있으면 발급이 제외돼요
- 발급되지 않을 때는 신청서를 내면 세관장이 2개월 이내에 발급하거나 불가 통지를 해요
추천 대상 · 재화를 수입하며 세관에서 관세·부가세를 정정하거나 추징받은 회계 담당자
수정수입세금계산서 뜻과 적용 대상
수입세금계산서는 세관장이 수입 부가세를 징수하면서 수입하는 자에게 발급하는 증빙이에요. 이 증빙의 금액이 나중에 달라지면 세관장이 고친 증빙을 다시 발급하는데, 이것이 수정수입세금계산서예요(부가가치세법 제35조 제2항). 국내 거래의 수정세금계산서는 공급자가 홈택스에서 발급하지만, 수입 거래는 세관장이 발급 주체라서 수입자가 직접 만들 수 없어요.
적용 대상은 수입신고 뒤에 부가세 과세표준이나 세액이 달라진 수입자예요. 품목분류가 바뀌었거나, 잠정가격으로 신고했다가 확정가격을 알렸거나, 세관 조사로 과세가격이 늘어난 경우가 대표적이에요. 최초 증빙의 기본 내용은 수입세금계산서: 세관장이 발급하는 수입 부가세 공제 증빙에서 볼 수 있고, 이 문서는 고쳐서 다시 받는 단계와 발급이 막히는 경우를 다뤄요.
핵심 기준
발급 사유는 부가가치세법 제35조 제2항에 세 갈래로 나뉘어 있어요.
| 구분 | 상황 | 근거 |
|---|---|---|
| 제1호 | 세관장의 결정·경정 전에 수입자가 수정신고 등을 한 경우 | 부가가치세법 제35조 제2항 제1호 |
| 제2호 | 세관장이 과세표준·세액을 결정 또는 경정한 경우 | 같은 항 제2호 |
| 제3호 | 조사 착수 등으로 결정·경정될 것을 미리 알고 그 전에 수정신고한 경우 | 같은 항 제3호 |
제2호와 제3호에는 단서가 붙어요. 아래 세 가지 중 하나라도 해당하면 수정수입세금계산서가 발급되지 않아요.
| 발급 제외 사유 | 내용 |
|---|---|
| 고발·통고처분 | 관세법 제270조, 제270조의2, 제276조 위반으로 고발되거나 같은 법 제311조에 따라 통고처분을 받은 경우 |
| 부정한 행위 | 관세법 제42조 제2항의 부정한 행위로 과세표준·세액을 과소신고한 경우 |
| 중대한 잘못 | 조사 등으로 통지받은 오류를 다음 신고에서도 반복하는 등 시행령으로 정한 중대한 잘못이 있는 경우 |
세관 조사나 범칙 조사 통지, 현지출장과 확인업무 착수는 제3호의 "미리 알고"에 해당하는 행위로 시행령에 열거돼 있어요(부가가치세법 시행령 제72조 제3항).
발급 제외와 재발급 사유
중대한 잘못의 구체적인 모습은 부가가치세법 시행령 제72조 제4항에 있어요.
| 유형 | 내용 |
|---|---|
| 자료 미제출·허위제출 | 세관장이 과세가격 결정 자료를 요구했는데 기한까지 내지 않거나 거짓 자료를 낸 경우 |
| 오류 반복 | 심사·조사로 과소신고 오류를 통지받고도 다음 부가세 신고에서 같은 오류를 반복한 경우 |
| 보정 불이행 | 보정신청을 하도록 통지받고도 정당한 사유 없이 신청이나 수정신고를 하지 않은 경우 |
| 서류 하자 | 신고 서류나 과세자료가 객관적 사실과 명백히 달라 중대한 하자가 있는 경우(착오나 경미한 과실은 제외) |
이미 발급된 뒤에 제외 사유가 드러나거나, 고발·통고처분 때문에 발급이 제외된 뒤 무죄가 확정되면 증빙이 다시 움직여요.
| 상황 | 처리 | 근거 |
|---|---|---|
| 발급 후 제외 사유 발견 | 이미 발급한 수정수입세금계산서를 수정 전 내용으로 되돌리는 수정수입세금계산서 발급 | 제35조 제3항 |
| 고발·통고처분으로 발급되지 않았거나 되돌린 뒤 무죄 취지의 불기소 처분 또는 무죄 확정판결 | 당초 세관장이 결정·경정한 내용이나 수입자가 수정신고한 내용으로 발급 | 제35조 제4항 |
발급 신청과 신고 반영
세관장이 자동으로 발급하지 않았는데 발급받아야 한다고 판단되면 수입자가 직접 신청할 수 있어요(제35조 제5항).
| 항목 | 내용 |
|---|---|
| 신청 기한 | 국세기본법 제26조의2 제1항이나 같은 조 제6항 제1호에 따른 기간 안 |
| 신청 서식 | 수정수입세금계산서 발급신청서, 부가세를 징수한 세관장에게 제출 |
| 처리 기한 | 신청일부터 2개월 이내에 발급하거나 발급할 이유가 없다는 통지 |
| 작성일(신청 발급) | 발급결정일 |
| 작성일(직권 발급) | 부가세를 납부받거나 징수 또는 환급한 날 |
| 표시 방법 | 최초 수입세금계산서 발급일을 비고란에 적고, 추가 금액은 검은색, 차감 금액은 붉은색 또는 음(-)의 표시 |
수정수입세금계산서를 발급한 세관장은 수정된 매출처별 세금계산서합계표를 관할 세무서장에게 제출해요(제35조 제6항). 수입자는 부가세 신고 때 수정분이 매입세액에 반영됐는지 직접 확인해야 해요.
잠정가격 신고, 보정, 수정신고, 경정청구, 관세 환급처럼 세관장의 결정·경정 전에 부가세를 납부받거나 환급하는 경우에도 수정수입세금계산서를 발급하도록 시행령이 정하고 있어요(부가가치세법 시행령 제72조 제2항).
계산·처리 예시
㈜예시상사가 부품을 수입하면서 과세가격 10,000,000원, 관세율 8%로 신고했고 세관에서 관세와 부가세를 냈어요.
| 항목 | 계산 | 금액 |
|---|---|---|
| 관세 | 10,000,000원 × 8% | 800,000원 |
| 부가세 과세표준 | 10,000,000원 + 800,000원 | 10,800,000원 |
| 부가세 | 10,800,000원 × 10% | 1,080,000원 |
이후 세관 심사에서 과세가격이 12,000,000원으로 늘었고, 부정한 행위나 고발에 해당하지 않아 세관장이 경정했다고 가정해요.
| 항목 | 계산 | 금액 |
|---|---|---|
| 관세 | 12,000,000원 × 8% | 960,000원 |
| 부가세 과세표준 | 12,000,000원 + 960,000원 | 12,960,000원 |
| 부가세 | 12,960,000원 × 10% | 1,296,000원 |
| 추가 관세 | 960,000원 − 800,000원 | 160,000원 |
| 추가 부가세 | 1,296,000원 − 1,080,000원 | 216,000원 |
추가 부가세 216,000원에 대해 세관장이 추가 금액(검은색)으로 수정수입세금계산서를 발급해요. 추가 납부분에 붙는 가산세 등은 별도로 판단해야 해서 이 예시에서는 뺐어요. 분개는 다음과 같아요.
| 차변 | 금액 | 대변 | 금액 |
|---|---|---|---|
| 상품(추가 관세) | 160,000원 | 보통예금 | 376,000원 |
| 부가세대급금 | 216,000원 |
만약 이 경정이 고발이나 부정한 행위에 따른 것이었다면 수정수입세금계산서가 나오지 않아요. 그 경우 추가로 낸 216,000원은 이 증빙으로 공제받을 수 없다는 점을 먼저 확인해야 해요.
자주 하는 실수
- 세관 추징 부가세를 증빙 없이 비용 처리: 추가로 낸 부가세를 수정수입세금계산서 없이 세금과공과 등으로 처리하는 경우가 있어요. 발급 제외 사유가 없다면 수정수입세금계산서를 받아 매입세액으로 처리하는 것이 바른 순서예요.
- 고발·부정행위 건도 공제된다고 가정: 제35조 제2항 제2호의 가목부터 다목에 해당하면 발급이 막혀요. 추징 통지를 받으면 사유가 무엇인지 세관 통지서에서 먼저 확인해요.
- 감액 수정분 누락: 환급이나 감액으로 차감(붉은색 또는 음수) 수정수입세금계산서가 나왔는데 기존 매입세액에서 빼지 않으면 공제가 과다해져요.
- 발급 안 해준 것을 포기: 세관장이 발급하지 않았더라도 발급신청서로 신청할 수 있고, 세관장은 2개월 이내에 발급하거나 발급할 이유가 없다는 통지를 해야 해요.
- 수정분 대조 없이 관세사 자료만 보관: 수정수입세금계산서의 작성일, 비고란의 최초 발급일, 금액 부호를 원래 증빙과 맞춰 봐야 해요. 수정수입세금계산서는 수입 관세·부가세 — 물건 수입 시 세금 처리와 함께 수입신고 건별로 묶어 관리해요.
관련 문서
- 수입세금계산서: 세관장이 발급하는 수입 부가세 공제 증빙 — 수입세금계산서 발급과 확인 항목
- 수입 관세·부가세 — 물건 수입 시 세금 처리 — 수입 관세와 부가세 계산
- 수입 부가세 납부유예 — 납부유예 표시가 붙은 수입세금계산서
- 매입세액 공제 일반요건 — 매입세액 공제 요건
- 수정신고와 경정청구 차이 — 수정신고와 경정청구의 구분