연구 및 인력개발비 명세서 작성 전 준비 — 공제 유형 구분, 구분경리, 당기분·증가분 계산 순서

2. 작성 전에 갖춰야 할 구분경리와 증거서류

명세서는 비용 구분이 이미 끝났다는 전제 위에서 작성해요. 시행령 제9조 제12항은 제10조 제1항 제1호 또는 제2호를 적용받으려는 내국인에게 신성장·원천기술연구개발비, 국가전략기술연구개발비, 일반연구·인력개발비를 각각 별개의 회계로 구분경리하도록 해요. 이들이 공통되는 비용은 재정경제부령이 정하는 방법으로 안분해요. 연구원 한 명이 일반 과제와 신성장 과제를 함께 맡았다면 인건비를 시간이나 투입 비율로 나눈 근거를 남겨야 해요.

어떤 비용이 연구·인력개발비인지는 시행령 제9조 제1항이 별표 6을 가리켜 정해요. 신성장·원천기술연구개발비와 국가전략기술연구개발비의 자체 연구개발 비용은 연구소 또는 전담부서에서 해당 업무에 종사하는 연구원과 직접 지원하는 사람의 인건비와 사회보험료 상당액, 해당 업무를 위해 지출한 별표 6의 일부 비용으로 정해져 있고(제3항 제1호, 제7항 제1호), 위탁과 공동연구개발 비용도 일정 범위에서 포함됩니다(제3항 제2호, 제7항 제2호). 같은 조 제1항 단서에 따라 다음 비용은 공제 대상 연구·인력개발비에서 빠집니다.

• 법 제10조의2 제1항의 연구개발출연금등을 지급받아 연구개발비로 지출한 금액
• 국가, 지방자치단체, 공공기관, 지방공기업에서 출연금 등을 받아 연구개발비나 인력개발비로 지출한 금액

증거서류도 미리 만들어 둬야 해요. 시행령 제9조 제13항은 세액공제를 적용받으려는 내국인이 연구개발계획서, 연구개발보고서, 연구노트 등 증거서류를 재정경제부령이 정하는 바에 따라 작성하고 보관하도록 정해요. 명세서에 적은 숫자를 증거서류와 한 줄씩 대조할 수 있어야 사후 검토에서 설명이 돼요.

3. 일반 연구·인력개발비의 당기분과 증가분 계산 순서

일반 연구·인력개발비는 법 제10조 제1항 제3호에 따라 두 가지 방식 중 선택해서 공제액을 정해요. 아래 순서로 숫자를 정리해 두면 명세서에 옮기기 쉽습니다.

증가분 방식은 해당 연도 발생액이 직전 연도 발생액을 초과한 부분에 중소기업 100분의 50, 중견기업 100분의 40, 그 밖의 기업 100분의 25를 곱합니다. 당기분 방식은 해당 연도 발생액 전체에 곱하는 비율을 기업 유형별로 달리 정해요. 여기서 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우란 시행령 제9조 제8항이 정한 기간(중소기업 졸업 유예기간)이 지난 경우를 말해요.

증가분 방식을 쓸 수 없는 경우를 먼저 확인해야 해요. 법 제10조 제1항 제3호 단서에 따라 소급 4년간 일반연구·인력개발비가 발생하지 않았거나, 직전 연도 발생액이 4년간 연평균 발생액보다 적으면 당기분 방식만 적용됩니다. 연평균은 시행령 제9조 제9항의 계산식에 따라 4년간 발생액 합계를 그 기간 중 발생한 과세연도 수(4 이상이면 4)로 나누고, 해당 과세연도의 개월 수를 12로 나눈 값을 곱해 구해요. 연도별 발생액을 4개 연도 모두 따로 집계해 두어야 연평균을 계산할 수 있습니다.

4. 신성장·원천기술과 국가전략기술 유형의 계산

제1호와 제2호 유형은 두 비율을 더해 공제율을 정해요. 기업 유형에 따른 비율(가목)과 수입금액 대비 해당 연구개발비의 비율에 일정배수를 곱한 비율(나목)입니다. 시행령 제9조 제5항은 일정배수를 3배로 정하고, 나목 비율은 100분의 10이 한도입니다.

이 두 유형은 2029년 12월 31일까지 발생한 비용에 적용하고, 국가전략기술 중 반도체 분야는 2031년 12월 31일까지입니다. 대상 기술이 신성장·원천기술이나 국가전략기술에 해당하는지는 시행령 별표 7과 별표 7의2에 따르며, 해당 여부는 연구개발세액공제기술심의위원회가 심의하는 사항에 포함됩니다(시행령 제9조 제15항 제1호).

5. 제출 방법과 사전심사

시행령 제9조 제14항은 세액공제를 적용받으려는 내국인이 과세표준신고를 할 때 재정경제부령으로 정하는 세액공제신청서, 연구및인력개발비명세서, 증거서류를 납세지 관할 세무서장에게 제출하도록 정해요. 법인은 법인세 과세표준 신고서에, 개인사업자는 종합소득세 신고서에 함께 붙입니다.

같은 조 제17항은 신고를 하기 전에 지출한 비용이 연구·인력개발비에 해당하는지 등을 국세청장에게 미리 심사해 달라고 요청할 수 있게 해요. 비용 구분이 애매한 과제가 있으면 명세서 작성 전에 사전심사를 활용할 수 있습니다. 기업부설연구소 인정이 취소된 경우 법 제10조 제6항과 시행령 제9조 제18항·제19항에 따라 취소 사유별로 정해진 날 이후 발생한 비용에는 공제가 적용되지 않으므로, 연구소 인정 상태도 신고 전에 확인해야 해요.

6. ㈜예시상사 계산 예시

㈜예시상사는 중소기업이고 연구소를 운영해요. 모든 과세연도가 12개월이라고 가정하고, 일반 과제와 신성장 과제를 나눠 구분경리했습니다.

직전 연도 발생액 180,000,000원이 연평균 160,000,000원 이상이므로 증가분 방식을 쓸 수 있습니다. 두 방식을 모두 계산합니다.

이 사례는 당기분 방식이 15,000,000원 더 크므로 당기분을 선택해요. 증가분 방식은 늘어난 금액이 직전 연도 발생액보다 훨씬 커야 유리해요. 만약 직전 연도 발생액이 120,000,000원이었다면 연평균 160,000,000원보다 적어 증가분 방식 자체를 쓸 수 없고 당기분만 적용돼요.

같은 연도에 신성장·원천기술연구개발비 200,000,000원이 별도로 발생했고 수입금액이 5,000,000,000원이라면 나목 비율은 200,000,000 ÷ 5,000,000,000 = 4퍼센트의 3배인 12퍼센트로 계산되지만 한도 10퍼센트가 적용됩니다. 공제율은 중소기업 30퍼센트에 10퍼센트를 더한 40퍼센트이고, 공제액은 200,000,000 × 40퍼센트 = 80,000,000원입니다. 이 신성장 과제를 제1호로 신청하려면 해당 비용이 일반연구·인력개발비 발생액에 중복되지 않도록 구분경리해 일반연구·인력개발비 계산에서 제외해야 해요.

7. 자주 하는 실수

• 일반과 신성장 과제 비용을 구분경리하지 않고 합계로만 입력한 경우입니다. 시행령 제9조 제12항의 구분경리 요건을 충족하지 못해 신성장 공제를 받기 어려워져요.
• 정부 과제 수행으로 받은 출연금을 연구개발비 발생액에 포함한 경우입니다. 시행령 제9조 제1항 단서의 제외 대상이므로 자기 부담분만 넣습니다.
• 증가분 방식을 계산할 때 직전 연도 발생액이 4년 연평균보다 적은 것을 놓친 경우입니다. 이때는 증가분 방식이 아니라 당기분 방식을 적용해야 해요.
• 연구원의 인건비를 연구 업무 외 시간까지 전액 넣은 경우입니다. 연구소 소속이어도 해당 연구개발 업무에 종사한 부분을 기준으로 안분 근거를 남겨야 해요.
• 연구노트와 연구개발계획서 없이 신고한 경우입니다. 시행령 제9조 제13항이 작성과 보관을 요구하므로 증거서류가 없으면 공제 근거가 약해집니다.

8. 신고 직전 체크리스트

• 적용할 공제 유형(일반, 신성장·원천기술, 국가전략기술)을 정하고 유형별 비용 집계를 마쳤다
• 세 유형의 비용을 별개의 회계로 구분경리하고 공통 비용을 안분했다
• 정부 출연금으로 지출한 금액을 발생액에서 뺐다
• 직전 연도 발생액과 소급 4년 발생액, 연평균을 계산했다
• 증가분 방식 적용 가능 여부를 확인하고 두 방식 공제액을 비교했다
• 연구개발계획서, 연구개발보고서, 연구노트가 과제별로 갖춰져 있다
• 세액공제신청서와 명세서를 과세표준 신고서와 함께 제출한다
• 연구소 인정이 유지되고 있는지 확인했다