정부 R&D 지원금, 정산에서 환수 안 당하려면 — 증빙 정리

① 인건비 — 참여율을 지키세요

연구원 인건비는 그 과제에 실제로 참여한 비율(참여율)만큼만 인정돼요. 한 사람이 여러 과제를 하면 참여율 합계가 100%를 넘으면 안 되고, 동시에 맡을 수 있는 과제 수에도 제한이 있어요. 과제별 참여율 관리표와 실제 근무 기록(업무일지 등)이 서로 맞아야 해요.

② 카드 — 지정 카드로, 규정대로

연구비는 지정된 연구비 카드나 연구비 전용 계좌로 써야 해요. 사용처·품목·시간 제한이 있고, 사적 사용이나 증빙 없는 결제는 환수 대상이에요. 회의비는 참석자와 목적, 재료비는 입고·사용 기록을 함께 남겨요.

③ 정산 — 증빙과 집행을 맞추세요

세금도 잊지 마세요

• 법인세: 받은 지원금은 원칙적으로 받은 사업연도의 익금(과세 대상)이에요.
• 장비를 사면: 지원금으로 사업용 자산을 사면 그 금액만큼 일시상각충당금을 손금으로 잡아 당장의 과세를 미루고, 이후 감가상각할 때마다 나눠 익금으로 되돌려요. 결국 세금을 여러 해에 나눠 내는 구조예요.
• 부가세: 정부 출연금은 물건·서비스를 판 대가가 아니라서 부가세 과세 대상이 아니고 세금계산서도 발급하지 않아요.
• 세액공제: 정부 지원금으로 쓴 연구개발비는 연구·인력개발비 세액공제 대상에서 빠져요. 회사 부담금(자부담)으로 쓴 부분만 공제를 검토해요.
• 환수·반납: 돌려준 금액은 돌려준 때 손금으로 반영해 이미 낸 세금과 맞춰요.

출연금 세무 처리 예시

과제비 3억 원 중 정부 출연금 2억 2,500만 원, 회사 부담 7,500만 원이고, 출연금으로 장비 5,000만 원을 샀어요. 출연금 2억 2,500만 원은 익금이지만, 장비 구입분 5,000만 원은 일시상각충당금으로 손금에 넣어 그해 과세에서 빼요. 장비를 5년 동안 상각한다면 매년 1,000만 원씩 충당금을 익금으로 되돌려요. 세액공제는 회사 부담 7,500만 원 중 요건을 갖춘 연구비로만 계산해요.

자주 묻는 질문

지원금은 공짜 돈 아닌가요?

세금 면에서는 수익으로 봐서 법인세가 과세돼요. 자산 취득분만 과세를 뒤로 미룰 수 있어요.

증빙은 얼마나 보관하나요?

협약에서 정한 기간과 세법상 장부·증빙 보존 기간(5년)을 모두 지켜야 해요. 둘 중 긴 기간을 기준으로 보관하세요.