중소기업 등 기준검토표 작성 — 업종·매출액·독립성 요건과 유예기간 판정

중소기업 요건은 전부 충족해야 해요

조세특례제한법 시행령 제2조 제1항은 다음 요건을 모두 갖춘 기업을 중소기업으로 정해요. 다만 자산총액이 5천억원 이상이면 중소기업으로 보지 않습니다.

업종별 매출액 숫자는 별표 1에 업종 분류(제조업, 도소매업, 건설업 등)마다 다르게 정해져 있고 개정되는 경우가 있으므로, 신고 시점의 중소기업기본법 시행령 별표 1을 열어 업종에 맞는 금액을 직접 대조해야 해요.

독립성 요건에서 걸리는 경우

중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호에 따라 다음 경우에는 독립성이 없는 기업으로 봐요. 자산총액이 5천억원 이상인 법인(외국법인 포함, 비영리법인 등 일부 제외)이 주식등의 100분의 30 이상을 직접 또는 간접으로 소유하면서 최다출자자인 기업입니다. 최다출자자를 판단할 때는 주식등을 소유한 자가 법인이면 그 임원, 개인이면 그 친족과 합산해요. 또한 관계기업에 속하는 기업은 중소기업기본법 시행령 제7조의4에 따라 산정한 평균매출액등이 별표 1 기준에 맞지 않으면 중소기업이 아닙니다. 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 제3호는 이 판단에서 집합투자기구를 통한 간접소유를 제외하고, 관계기업 판단 때 기준을 조세특례제한법상 중소기업 매출액 기준으로 읽도록 따로 정해요.

주된 사업의 판단

같은 조 제3항에 따라 둘 이상의 서로 다른 사업을 영위하면 사업별 사업수입금액이 큰 사업을 주된 사업으로 봐요. 제조업과 부동산 임대업을 함께 하는 법인은 임대 수입이 제조 수입보다 크면 주된 사업이 부동산 임대업이 되어 중소기업에서 제외돼요. 소비성서비스업은 조세특례제한법 시행령 제29조 제3항에 호텔업 및 여관업(관광숙박업 제외), 주점업 일부와 재정경제부령으로 정하는 오락·유흥 사업이 정해져 있습니다.

유예기간이 적용되는 경우와 적용되지 않는 경우

제2조 제2항은 중소기업이 규모 확대로 자산총액 5천억원 이상이 되거나 매출액 기준(제1호)을 넘거나 관계기업 합산 기준(제3호 다목)을 넘게 되면, 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그다음 5개 과세연도까지는 중소기업으로 본다고 정해요. 최초 사유 발생 과세연도의 종료일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도의 종료일 현재 유가증권시장 또는 코스닥시장에 상장되어 있으면 7개 과세연도까지로 늘어나요. 유예기간이 지나면 과세연도별로 요건을 다시 판정해요.

다음 사유로 중소기업에 해당하지 않게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 않습니다.

• 중소기업기본법상 중소기업이 아닌 기업과 합병하는 경우
• 유예기간 중에 있는 기업과 합병하는 경우
• 독립성 요건(제1항 제3호, 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 다목 제외)을 갖추지 못하게 되는 경우
• 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우

별표 개정으로 중소기업에 해당하지 않게 되는 경우는 제5항에 따라 그 사유 발생일이 속하는 과세연도와 그다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 봐요. 반대로 개정으로 새로 중소기업에 해당하게 되면 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 봐요.

서식 입력은 이 순서로 확인해요

조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 제1호의 매출액은 조세특례제한법 시행규칙 제2조 제4항에 따라 과세연도 종료일 현재 기업회계기준으로 작성한 해당 과세연도 손익계산서상의 매출액입니다. 창업·분할·합병의 경우에는 그 등기일의 다음 날(창업은 창업일)이 속하는 과세연도의 매출액을 연간 매출액으로 환산한 금액입니다. 같은 조 제5항에 따라 자산총액도 과세연도 종료일 현재 재무상태표상 금액이고, 제8항에 따라 관계기업에 속하는지 여부도 과세연도 종료일 현재를 기준으로 판단해요. 직전 3개 사업연도를 평균하는 중소기업기본법 시행령 제7조의 방식을 그대로 가져오면 기준이 달라지므로 주의해야 해요.

㈜예시상사 판정 예시

㈜예시상사는 12월 결산 제조업 법인이며 2026사업연도에 처음으로 매출액이 업종별 중소기업 기준을 넘었다고 가정해요. 설립 후 2년이 넘었고, 자산총액은 5천억원 미만이며, 합병이나 독립성 변동은 없었고, 상장되어 있지 않습니다.

유예기간 중이어도 2028사업연도에 중소기업이 아닌 기업과 합병하면 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 않습니다. 유예기간 판정 자료로 '최초 사유 발생 과세연도'를 기록해 두면 이후 담당자가 바뀌어도 만료 연도를 바로 확인할 수 있습니다.

자주 하는 실수

• 매출액 기준만 확인하고 자산총액 5천억원 이상 조건을 놓치는 실수: 시행령 제2조 제1항 단서에 따라 자산총액이 5천억원 이상이면 매출액이 기준 안이어도 중소기업으로 보지 않습니다.
• 관계기업 기준을 누락하는 실수: 독립성 요건에는 관계기업에 속하는 기업의 평균매출액등 기준이 있어, 개별 매출이 작아도 관계기업 기준에서 걸릴 수 있습니다.
• 매출액을 직전 3년 평균으로 판정하는 실수: 조세특례제한법상 매출액은 시행규칙 제2조 제4항에 따라 해당 과세연도 손익계산서 매출액입니다.
• 유예기간이 모든 경우에 적용된다고 보는 실수: 합병이나 독립성 상실, 창업 후 2년 이내 기준 초과는 유예 대상이 아닙니다.
• 주된 사업 판단을 매출 총액이 아니라 업종 이미지로 하는 실수: 제2조 제3항은 사업별 사업수입금액이 큰 사업을 주된 사업으로 정합니다.
• 중소기업 확인서와 같은 서류로 오해하는 실수: 중소벤처기업부 확인서는 별도 절차이고, 법인세 신고용 기준검토표는 법인이 직접 작성해 제출하는 서식입니다.

제출 전 체크리스트

• 주된 사업과 업종 분류를 사업수입금액 기준으로 확정했습니다.
• 해당 과세연도 손익계산서 매출액을 별표 1의 신고 시점 기준과 대조했습니다.
• 과세연도 종료일 현재 재무상태표로 자산총액이 5천억원 미만임을 확인했습니다.
• 공시대상기업집단 소속 여부, 대기업 지분 30% 이상 여부, 관계기업 합산을 점검했습니다.
• 부동산 임대업과 소비성서비스업이 주된 사업이 아님을 확인했고, 시행령 제42조 제2항 요건에 모두 해당하지 않음을 확인했습니다.
• 유예기간 해당 여부와 만료 과세연도를 기록했고 예외 사유가 있는지 확인했습니다.