보세창고 물품을 통관 전에 국내 거래처에 넘길 때 — 세금계산서 공급가액에서 수입세금계산서 금액 빼기

2026년 10월 12일읽는 데 6분

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요약

보세구역에 보관 중인 물품을 다른 사업자에게 팔고 그 사업자가 보세구역에서 반입하는 경우, 세금계산서 공급가액은 판매가에서 세관장이 발급한 수입세금계산서의 공급가액을 뺀 금액입니다(부가가치세법 시행령 제61조 제2항 제5호). 빼는 금액은 부가가치세액이 아니라 과세가격에 관세 등을 더한 수입세금계산서 공급가액이며, 세관이 징수하기 전에 선하증권이 양도된 경우에는 단서가 따로 있습니다.

수입한 물품이 아직 보세창고에 있는 상태에서 국내 거래처가 그 물품을 사겠다고 하면 계약은 간단한데 세금계산서를 얼마로 쓸지가 막혀요. 판매가 전체에 10%를 붙여 끊으면 세관이 따로 징수한 수입 부가가치세와 겹쳐 같은 물품에 부가가치세가 두 번 걸리는 것처럼 보이기 때문입니다. 부가가치세법 시행령은 이 경우 공급가액을 판매가 전체가 아니라 판매가에서 수입세금계산서의 공급가액을 뺀 금액으로 정해요.

적용되는 거래와 조문의 내용

근거는 부가가치세법 시행령 제61조 제2항 제5호입니다. 사업자가 보세구역 내에 보관된 재화를 다른 사업자에게 공급하고, 그 재화를 공급받은 자가 보세구역으로부터 반입하는 경우에는 그 재화의 공급가액에서 세관장이 부가가치세법 제58조 제2항에 따라 부가가치세를 징수하고 발급한 수입세금계산서에 적힌 공급가액을 뺀 금액을 공급가액으로 봐요. 여기서 부가가치세법 제58조 제2항은 재화의 수입에 대한 부가가치세는 세관장이 관세법에 따라 징수한다고 정하고 있습니다.

요건을 나누면 다음과 같습니다.

요건	내용
재화의 위치	보세구역 내에 보관된 재화
거래 상대방	사업자가 다른 사업자에게 공급
반출 방식	재화를 공급받은 자가 그 재화를 보세구역으로부터 반입
빼는 금액	세관장이 부가가치세를 징수하고 발급한 수입세금계산서에 적힌 공급가액

이 조문은 재화를 공급받은 자가 보세구역에서 반입하는 경우를 전제로 하며, 수입신고 명의가 누구인지에 따라 어떻게 적용되는지는 조문에 적혀 있지 않습니다. 양도자 명의로 수입신고가 이뤄지는 거래라면 세무서에 먼저 확인해야 해요.

수입세금계산서의 공급가액이 의미하는 금액

세관장은 수입되는 재화에 대하여 부가가치세를 징수할 때 수입세금계산서를 수입하는 자에게 발급합니다(부가가치세법 제35조 제1항). 재화의 수입에 대한 부가가치세의 과세표준은 그 재화에 대한 관세의 과세가격과 관세, 개별소비세, 주세, 교육세, 농어촌특별세 및 교통·에너지·환경세를 합한 금액입니다(같은 법 제29조 제2항). 따라서 수입세금계산서의 공급가액은 판매가가 아니라 수입 시점의 과세가격에 관세 등을 더한 금액입니다. 거래처에 받은 판매가에서 빼는 금액은 이 수입세금계산서에 적힌 공급가액이며, 부가가치세액이 아닙니다.

계산 순서와 숫자 예시

㈜예시상사가 들여와 수입신고 전 상태로 보세창고에 보관 중인 기계 부품을 국내 거래처 ㈜예시전자에 12,000,000원(부가가치세 별도)에 판매하고, ㈜예시전자가 직접 수입신고를 해 부품을 반입한다고 가정해요. 수입세금계산서 공급가액은 과세가격 8,000,000원에 관세 800,000원을 더한 8,800,000원이고, 부가가치세는 880,000원이라고 가정하겠습니다. 관세율과 금액은 계산을 보여 주기 위한 임의 값입니다.

항목	계산	금액
판매가(재화의 공급가액)	계약 금액	12,000,000원
수입세금계산서 공급가액	과세가격 8,000,000원 + 관세 800,000원	8,800,000원
양도자의 세금계산서 공급가액	12,000,000원 - 8,800,000원	3,200,000원
양도자의 세금계산서 부가가치세액	3,200,000원 × 10%	320,000원
세관이 징수한 부가가치세	8,800,000원 × 10%	880,000원
양수인의 매입세액 합계	320,000원 + 880,000원	1,200,000원

양수인이 부담하는 부가가치세 합계 1,200,000원은 판매가 12,000,000원의 10%와 일치해요. 즉 판매가 전체에 대해 부가가치세가 한 번만 걸리고, 그중 8,800,000원 분은 세관에서, 나머지 3,200,000원 분은 양도자의 세금계산서로 나뉘어 징수돼요. 양수인은 사업을 위해 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액과(부가가치세법 제38조 제1항 제2호) 사업을 위해 공급받은 재화의 부가가치세액을(같은 항 제1호) 각각 매입세액으로 공제받습니다. 수입에 대한 매입세액은 재화의 수입시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제하고(같은 조 제3항), 공급받은 재화의 매입세액은 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제합니다(같은 조 제2항).

양도자와 양수인의 처리

구분	양도자(보세창고 재화를 판 사업자)	양수인(재화를 반입하는 사업자)
세금계산서	3,200,000원 공급가액으로 발급, 발급시기는 공급시기 기준(법 제34조 제1항)	양도자에게서 받은 세금계산서와 세관장 발급 수입세금계산서를 둘 다 보관
매출·매입 신고	공급가액 3,200,000원을 과세표준에 포함	수입 부가가치세 880,000원과 세금계산서 부가가치세 320,000원을 각각 매입세액으로 공제
대조 자료	수입세금계산서 사본, 계약서, 수입신고필증	수입신고필증, 수입세금계산서, 계약서

재화의 공급시기는 재화의 이동이 필요한 경우 재화가 인도되는 때, 이동이 필요하지 않은 경우 재화가 이용가능하게 되는 때입니다(부가가치세법 제15조 제1항). 세금계산서는 공급시기에 발급하는 것이 원칙이며, 일정한 경우 공급일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 발급할 수 있습니다(같은 법 제34조 제1항·제3항). 보세구역 내 거래에서 어느 시점을 공급시기로 볼지는 인도 방식에 따라 달라지므로 계약서에 인도 시점을 분명히 적어 두는 것이 좋습니다.

세관 징수 전에 선하증권이 양도된 경우

시행령 제61조 제2항 제5호에는 단서가 있습니다. 세관장이 부가가치세를 징수하기 전에 같은 재화에 대한 선하증권이 양도되는 경우에는 선하증권의 양수인으로부터 받은 대가를 공급가액으로 할 수 있습니다. 세관장의 징수보다 선하증권 양도가 앞서는지가 이 단서의 기준이므로, 계약 전에 세관 징수 시점과 선하증권을 넘기는 시점의 선후를 확인해야 해요. 어느 방식을 적용할지 모호한 거래는 사전에 세무서에 확인하는 편이 안전해요.

자주 하는 실수

판매가 전체를 공급가액으로 세금계산서를 끊습니다. 이 경우 수입 부가가치세와 겹쳐 양수인이 부담하는 부가가치세가 판매가의 10%를 넘게 돼요.
수입세금계산서의 부가가치세액을 빼고 공급가액을 계산합니다. 빼야 하는 금액은 수입세금계산서에 적힌 공급가액이며, 부가가치세액이 아닙니다.
수입세금계산서가 발급되기 전에 공급가액을 확정해요. 뺄 금액은 세관장이 징수하고 발급한 수입세금계산서에 적힌 금액이므로 발급 전에는 확정할 수 없습니다.
판매가에서 과세가격만 빼고 관세 등을 빠뜨려요. 수입세금계산서 공급가액은 과세가격에 관세 등을 합친 금액입니다.
수입세금계산서가 수정된 사실을 모른 채 처음 계산한 금액을 그대로 써요. 세관장은 결정·경정 등의 경우 수정수입세금계산서를 발급하는데(부가가치세법 제35조 제2항), 빼는 금액의 기준인 수입세금계산서 공급가액이 바뀌었을 때 양도자의 세금계산서를 다시 계산해야 하는지는 조문이 직접 정하지 않으므로 세무서 확인이 필요합니다.
보세구역에서 반입하지 않는 거래에도 같은 방식을 적용해요. 이 조문은 양수인이 보세구역으로부터 반입하는 경우를 전제로 해요.

점검 체크리스트

거래 재화가 보세구역 내에 보관 중인지, 양수인이 직접 반입하는지 확인
수입신고 명의가 양수인인지 확인, 양도자 명의라면 세무서에 문의
세관장이 발급한 수입세금계산서의 공급가액 확인(과세가격 + 관세 등)
판매가에서 수입세금계산서 공급가액을 뺀 금액으로 세금계산서 작성
계약서에 재화의 인도 시점과 세금계산서 발급 시점 명시
세관 징수 전 선하증권 양도 여부 확인, 양도되었다면 단서 적용 검토
양수인은 수입세금계산서와 양도자 세금계산서를 모두 매입세액 공제 서류로 보관
수정수입세금계산서가 발급되면 양도자 세금계산서 재계산 필요 여부 확인

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