중소기업 유예기간이 끝난 첫해 — 중견기업 공제율로 바뀌는 세액공제와 끊기는 감면 점검

유예기간이 끝난 뒤 공제율 단계별 변화

조세특례제한법은 공제율을 정할 때 중소기업, 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 기업(유예기간이 지난 경우), 중견기업, 그 밖의 기업을 나눠요. 시행령은 유예기간이 지난 경우를 이 기업군에 해당한다고 정하고 있습니다(제9조 제8항·제20항, 제21조 제15항, 제126조 제2항). 아래는 ㈜예시상사에 적용되는 단계입니다.

일반 연구·인력개발비 당기분은 중견기업 요건을 갖추지 못한 기업이 마지막 칸의 8%를 받을 수 없습니다. 이 경우 제10조 제1항 제3호 나목 4)에 따라 수입금액에서 일반 연구·인력개발비가 차지하는 비율에 2분의 1을 곱한 비율을 적용하고 2%를 한도로 해요. 연구·인력개발비 세액공제(일반 연구·인력개발비 중 증가분 방식과 당기분 방식)에서 말하는 중견기업은 시행령 제9조 제4항이 정한 요건을 모두 갖춘 기업입니다. 다른 공제 항목의 중견기업 범위는 항목별 조문에서 따로 확인합니다. 중소기업이 아닐 것, 중견기업 성장촉진 및 경쟁력 강화에 관한 특별법 시행령 제2조에서 정한 일부 기관이 아닐 것, 소비성서비스업·부동산 임대업 등을 주된 사업으로 하지 않을 것, 소유와 경영의 실질적 독립성에 맞을 것, 직전 3개 과세연도 매출액의 평균금액이 5천억원 미만일 것, 법인세법 시행령 제42조 제2항 각 호의 요건을 모두 갖춘 내국법인이 아닐 것이 요건입니다.

통합투자세액공제는 해당 과세연도에 투자한 금액이 직전 3년간 연평균 투자 또는 취득금액을 넘으면 그 초과액의 10%를 추가공제로 더하며, 추가공제가 기본공제를 넘으면 기본공제의 2배가 한도입니다(제24조 제1항 제2호 나목). 이 추가공제 비율은 기업 유형과 관계없이 같습니다.

통합고용세액공제(제29조의8 제1항)는 2026년 12월 31일이 속하는 과세연도부터 2028년 12월 31일이 속하는 과세연도까지의 기간에만 적용되는 규정입니다. 그래서 유예기간이 2031 과세연도에 끝나는 ㈜예시상사의 졸업 첫 해인 2032 과세연도는 현행 조문으로는 이 공제의 적용기간 밖입니다. 유예기간이 이 기간 안에 끝나는 기업은 중소기업, 중견기업, 그 밖의 기업의 금액이 각각 다르고, 중소기업이 아닌 내국인은 최소고용증가인원수를 초과해 상시근로자가 늘어난 경우에만 공제하며 공제액에서 같은 항 제3호의 금액을 빼요. 금액을 정하는 계산식은 조문에서 직접 확인해야 해요. 육아휴직 복귀자를 2026년 12월 31일까지 복직시키는 경우의 공제는 중소기업 1인당 1,300만원, 중견기업 900만원입니다(같은 조 제5항).

유예기간이 끝나면 끊기는 감면

조세특례제한법 제7조의 중소기업 특별세액감면은 중소기업 중 감면 업종을 경영하는 기업을 대상으로 하며, 현행 조문은 2028년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 적용한다고 정하고 있습니다. 유예기간 안에는 중소기업으로 보아 감면이 이어지지만, 유예기간이 끝난 첫 해에 매출액이 여전히 중소기업 기준을 넘으면 그 과세연도부터 감면이 중단돼요. 졸업 시점이 감면 적용기한보다 늦으면 감면은 적용기한 종료로 먼저 끝나므로, 적용기한이 연장되는지도 함께 확인해야 해요. 감면율은 소기업이 수도권 외 지역에서 도매업등을 제외한 업종을 경영하면 30%, 수도권이면 20%, 중기업이 수도권 외 지역에서 같은 업종을 경영하면 15%입니다(같은 조 제1항 제2호 다목·나목·바목). 감면한도는 1억원이고, 상시근로자 수가 줄면 감소 1명당 5백만원씩 줄어듭니다(제3호).

소기업 해당 여부는 매출액이 중소기업기본법 시행령 별표 3을 준용한 규모 기준 이내인지로 따로 가립니다(시행령 제6조 제4항). 유예기간 중에도 매출액이 소기업 기준을 넘으면 감면율이 소기업 기준에서 중기업 기준으로 먼저 낮아질 수 있습니다.

㈜예시상사는 수도권 외 지역의 중기업 제조업체로 유예기간 중인 2026~2028 과세연도에 15%를 적용받았다고 가정해요. 감면 대상 사업장 소득에 대한 법인세 산출세액을 400,000,000원이라고 하면 감면세액은 400,000,000원 × 15% = 60,000,000원으로, 한도 1억원 이내입니다. 적용기한이 연장되어 2032 과세연도까지 이어진다고 가정하면, 2032 과세연도에 중소기업 기준을 넘는 순간 이 60,000,000원이 사라지고 법인세 400,000,000원이 그대로 남습니다.

최저한세 기준의 변화와 이월공제

법인세 최저한세율은 중소기업 7%, 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 그 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도에 8%, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도에 9%입니다. 이 기간이 지나면 과세표준 100억원 이하 부분은 10%, 100억원 초과 1천억원 이하 부분은 12%, 1천억원을 넘는 부분은 17%입니다(제132조 제1항).

연구·인력개발비 세액공제(제10조)는 중소기업이 아닌 자만 최저한세 적용 대상입니다(같은 항 제3호). 중소기업일 때는 최저한세와 관계없이 전액 공제받던 R&D 공제가 유예기간이 끝나면 최저한세 안에서만 공제됩니다. 통합투자세액공제(제24조)와 통합고용세액공제(제29조의8)는 중소기업에도 최저한세가 적용되는 항목입니다. 최저한세에 미달해 공제받지 못한 세액은 다음 과세연도 개시일부터 10년 이내에 끝나는 각 과세연도로 이월해 공제합니다(제144조 제1항).

㈜예시상사의 2032 과세연도 계산입니다. 법인세 산출세액은 550,000,000원, 최저한세 계산용 과세표준은 3,000,000,000원이라고 가정하고, 감면과 통합고용세액공제는 없다고 둬요. 8% 최저한세액은 3,000,000,000원 × 8% = 240,000,000원이므로 공제 후 세액이 이 금액 밑으로 내려가면 안 돼요.

공제 후 세액 162,500,000원이 최저한세액 240,000,000원에 77,500,000원 모자라므로 이 금액만큼은 공제받지 못하고 이월돼요. 같은 해에 중소기업 공제율(R&D 25%, 통합투자 10%)이었다면 공제는 R&D 250,000,000원, 통합투자 250,000,000원으로 더 컸을 것입니다. 졸업 후 공제율이 낮아지는 효과와 최저한세 적용이 겹쳐 공제가 줄어든다는 점을 사전에 반영해야 합니다.

중견기업 요건을 갖추지 못해 마지막 단계에서 제10조 제1항 제3호 나목 4)가 적용되는 경우도 계산해 둬요. 수입금액이 20,000,000,000원이고 일반 연구·인력개발비가 800,000,000원이면 비율은 800,000,000원 ÷ 20,000,000,000원 = 4%이고, 여기에 2분의 1을 곱하면 2%로 한도 2%와 같습니다. 공제액은 800,000,000원 × 2% = 16,000,000원이며, 같은 금액에 중견기업 8%를 적용하면 64,000,000원입니다.

자주 하는 실수

졸업 전해 점검 체크리스트

• 매출액이 업종별 규모 기준을 넘은 과세연도를 사유 발생 과세연도로 확정
• 유예기간 6개 과세연도(상장사 7개)와 끝나는 해 달력 표시
• 합병·기업집단 편입 등 유예 배제 사유 여부 확인
• 공제 항목별 졸업 후 3개 과세연도·그다음 2개 과세연도 공제율 표 작성
• 중견기업 요건 충족 여부와 직전 3개 과세연도 평균 매출액 5천억원 미만 확인
• 특별세액감면 중단 시점과 감면액 소멸 규모 추정
• 최저한세율 8%·9%·10% 이상으로 바뀌는 시점 확인 후 이월공제 규모 시뮬레이션
• 이월공제 10년 기한 내 사용 계획 점검 (제144조 제1항)
• 통합고용세액공제는 적용기간(2026~2028 과세연도) 안에 유예기간이 끝나는지 확인