직원이 연말정산 공제 자료를 내지 않을 때 — 본인 기본공제만으로 정산하고 5월 신고로 안내하는 순서
- 직원이 근로소득자 소득·세액 공제신고서와 증빙을 내지 않으면 회사는 본인 기본공제와 표준세액공제만 적용해 연말정산해요. 정산 뒤 빠진 공제는 직원이 5월 1일부터 31일 사이 홈택스 근로소득 신고로 직접 반영하게 되므로, 회사는 미제출자 파악과 정산, 지급명세서 제출, 5월 신고 안내를 순서대로 처리해야 해요.
2월분 급여를 정산할 시기가 됐는데 직원 몇 명이 근로소득자 소득·세액 공제신고서와 증빙을 내지 않았습니다. 회사가 계속 기다리면 급여 일정이 밀리고, 증빙 없이 부양가족 공제를 넣어 주면 나중에 원천징수 부족분과 가산세가 회사 쪽에 남습니다. 소득세법은 신고서를 내지 않은 근로소득자에게 본인 기본공제와 표준세액공제만 적용하도록 정하고 있어서, 회사의 선택지는 정해진 기준으로 정산하고 직원에게 5월 종합소득세 신고 경로를 안내하는 것입니다. 판단할 일은 제출 기한과 서류, 미제출자에게 적용되는 공제의 범위, 처리 순서와 일정, 직원 안내 내용, 이직자처럼 신고 의무가 따로 생기는 경우입니다.
1. 제출 기한과 제출 서류
근로소득자는 해당 과세기간의 다음 연도 2월분 근로소득을 지급받는 날까지 공제신고서를 원천징수의무자에게 제출해야 하고, 퇴직한 경우에는 퇴직한 날이 속하는 달분 근로소득을 지급받는 날까지입니다(소득세법 제140조 제1항, 같은 법 시행령 제198조 제1항). 일용근로자에게는 이 신고 규정을 적용하지 않습니다(법 제140조 제3항).
| 구분 | 내용 | 근거 |
|---|---|---|
| 제출 기한 | 다음 연도 2월분 근로소득을 지급받는 날까지, 퇴직자는 퇴직한 달분 근로소득을 지급받는 날까지 | 법 제140조 제1항, 시행령 제198조 제1항 |
| 제출 서류 | 공제신고서에 주민등록표등본 첨부, 이전에 같은 회사에 냈고 공제대상 배우자·부양가족이 변하지 않았으면 등본 생략 | 시행령 제198조 제2항 |
| 추가 서류 | 일시퇴거자가 있으면 일시퇴거자 동거가족상황표 첨부 | 시행령 제198조 제3항 |
| 제출 제외 | 일용근로자 | 법 제140조 제3항 |
법정 기한이 2월분 급여를 받는 날까지이므로 사내 마감일은 그보다 앞선 날로 정해야 접수와 검토 시간이 남습니다. 이 마감일은 법이 정한 날짜가 아니라 회사가 정하는 운영 기준입니다.
2. 미제출 직원에게 적용되는 공제의 범위
원천징수의무자가 법 제140조에 따른 신고를 하지 않은 근로소득자의 추가 납부세액을 원천징수할 때는 기본공제 중 근로소득자 본인에 대한 분과 표준세액공제만 적용합니다(법 제137조 제3항). 연말정산의 종합소득공제는 근로소득자가 제140조에 따라 신고한 내용을 기준으로 적용하므로(법 제137조 제1항 제1호), 신고 내용이 없는 직원은 본인분 기본공제와 표준세액공제를 기준으로 계산해요.
| 항목 | 미제출 시 적용 여부 | 근거 |
|---|---|---|
| 근로소득공제 | 적용, 근로소득이 있는 거주자의 총급여액에서 공제하며 신청 요건이 없음 | 법 제47조 제1항 |
| 근로소득세액공제 | 적용, 근로소득이 있는 거주자의 산출세액에서 공제하며 신청 요건이 없음 | 법 제59조 제1항, 제137조 제1항 제3호 |
| 본인 기본공제 연 150만 원 | 적용 | 법 제50조 제1항 제1호, 제137조 제3항 |
| 표준세액공제 연 13만 원 | 적용, 특별소득공제·특별세액공제·월세 공제를 신청하지 않은 근로소득자 대상 | 법 제59조의4 제9항 제1호, 제137조 제3항 |
| 배우자·부양가족 기본공제와 자녀세액공제 | 미적용, 신고서와 주민등록표등본이 있어야 반영 | 법 제137조 제3항, 시행령 제198조 |
| 보험료·의료비·교육비·기부금 특별세액공제 | 미적용, 신청한 경우에만 적용 | 법 제59조의4 제6항, 제137조 제3항 |
3. 미제출 정산 예시 (㈜예시상사 직원 병)
㈜예시상사 직원 병은 배우자와 15세 자녀가 있고 두 사람 모두 기본공제 요건을 갖췄지만 공제신고서를 내지 않았습니다. 비교를 위해 인적공제 외의 공제와 세액은 서류를 냈을 때와 같다고 두고, 서류를 냈다면 종합소득과세표준이 3,000만 원이었다고 가정해요. 소득세 기본세율은 과세표준 1,400만 원 초과 5,000만 원 이하 구간이 15%이고 누진공제가 126만 원입니다(국세청 기본세율표).
| 구분 | 서류를 낸 경우 | 서류를 내지 않은 경우 |
|---|---|---|
| 적용되는 기본공제 | 본인·배우자·자녀 3명, 450만 원 | 본인 1명, 150만 원 |
| 종합소득과세표준 | 3,000만 원 | 3,300만 원 |
| 종합소득산출세액 | 3,000만 원 × 15% − 126만 원 = 324만 원 | 3,300만 원 × 15% − 126만 원 = 369만 원 |
| 자녀세액공제(자녀 1명, 법 제59조의2 제1항 제1호) | 25만 원 | 없음 |
| 서류를 낸 경우와의 세액 차이 | 기준 | 산출세액 45만 원과 자녀세액공제 25만 원을 합쳐 70만 원 증가 |
병이 이후 5월에 서류를 갖춰 신고하면 이 차이만큼을 환급받을 수 있는 구조입니다. 회사 정산에서는 병의 2월분 급여에서 기납부세액과 위 기준의 결정세액의 차이가 원천징수되고, 추가 납부세액이 10만 원을 넘으면 2월분부터 4월분 급여까지 나누어 원천징수할 수 있습니다(법 제137조 제4항).
4. 처리 순서와 일정
| 시기 | 회사 업무 | 근거 |
|---|---|---|
| 1월 | 신고서 양식, 제출 서류, 사내 마감일, 미제출 시 정산 기준을 한 문서로 안내 | 법 제140조 제1항 |
| 2월분 급여 지급일 전 | 재직자 명단과 신고서 접수 현황 대조, 미제출자에게 개별 재요청과 발송 기록 보관, 퇴직 예정자는 퇴직한 달 급여 지급 전 기한 안내 | 시행령 제198조 제1항 |
| 2월분 급여 지급 | 미제출자는 본인 기본공제와 표준세액공제만으로 정산, 추가 납부세액은 원천징수하고 초과 납부액은 환급 | 법 제137조 제1항·제2항·제3항 |
| 2월 말일 | 근로소득 원천징수영수증 발급, 퇴직자는 퇴직한 달 급여 지급일이 속하는 달의 다음 달 말일 | 법 제143조 제1항 |
| 3월 10일 | 근로소득 지급명세서 제출, 미제출자 정산분 포함 | 법 제164조 제1항 |
| 5월 1일부터 31일 | 직원이 홈택스에서 근로소득 신고로 누락 공제 반영, 회사는 원천징수영수증 재발급과 문의 응대 | 법 제70조 제1항 |
지급명세서를 기한까지 내지 않으면 제출하지 않은 분의 지급금액의 1%가 가산세이고, 기한이 지난 뒤 3개월 이내에 내면 0.5%입니다(법 제81조의11 제1항 제1호 가목). 직원이 서류를 내지 않았다고 해서 제출 기한이 늦춰지지 않습니다.
5. 직원에게 안내하는 5월 신고 방법
근로소득만 있고 연말정산을 마친 직원은 종합소득세 확정신고 의무가 없지만(법 제73조 제1항 제1호), 연말정산에서 빠진 공제는 5월에 직접 신고해 반영할 수 있습니다. 안내문에는 다음 내용을 넣습니다.
- 신고 기간은 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지입니다(법 제70조 제1항).
- 홈택스에서 원천징수영수증으로 결정세액을 확인한 뒤 종합소득세 신고의 근로소득 신고 정기신고 화면으로 들어가 연말정산 불러오기를 누르고 누락된 공제를 입력합니다(국세청 자주묻는Q&A).
- 인적공제, 연금보험료공제, 특별소득공제, 자녀세액공제, 연금계좌세액공제, 특별세액공제 등을 받으려면 증명서류를 신고서에 첨부해야 합니다(법 제70조 제4항 제1호).
- 5월 신고 기간을 놓친 경우의 절차는 근로자의 상황에 따라 다르므로 관할 세무서나 국세상담센터에 확인하도록 안내해요.
이직자는 사정이 달라요. 중도에 입사한 직원의 전 근무지 근로소득원천징수영수증을 제출받으면 새 근무지가 전 근무지 소득을 합쳐 연말정산합니다(시행령 제197조 제1항). 이 서류를 내지 않아 합산하지 못하면 근로소득이 2곳 이상이어서 직원에게 확정신고 의무가 남을 수 있으므로(법 제73조 제2항), 공제 서류와 별도로 전 근무지 영수증 제출도 안내해야 해요.
6. 자주 하는 실수
- 증빙 없이 구두 확인만으로 부양가족 공제를 넣는 경우: 신고하지 않은 근로소득자에게 적용할 수 있는 공제는 법 제137조 제3항이 정해 두었습니다. 공제를 과다하게 적용해 원천징수를 적게 하면 과소납부분에 대해 3%와 1일 10만분의 22를 곱한 이자 상당액을 더한 원천징수 등 납부지연가산세가 붙을 수 있습니다(국세기본법 제47조의5 제1항, 같은 법 시행령 제27조의4 제1항).
- 마감 이후 접수 기준이 직원마다 다른 경우: 법정 기한은 2월분 급여를 받는 날까지입니다. 그 뒤에 낸 서류를 재정산해 줄지는 지급명세서 제출 일정과 업무 여력을 고려해 사내 기준으로 정해 두어야 같은 상황의 직원에게 같은 답을 줄 수 있습니다.
- 퇴직자의 제출 기한을 2월로 안내하는 경우: 퇴직자는 퇴직한 날이 속하는 달분 근로소득을 지급받는 날까지입니다.
- 일용근로자에게 신고서를 요구하는 경우: 법 제140조 제3항에 따라 신고 규정이 적용되지 않습니다.
- 간소화 자료만 받고 신고서를 받지 않는 경우: 공제 사유를 표시하는 신고서가 있어야 부양가족 공제가 반영되므로, 증빙만 있고 신고서가 없으면 미제출자로 분류됩니다.
- 5월 신고 안내 없이 정산을 끝내는 경우: 직원은 빠진 공제를 돌려받을 경로를 몰라 회사에 재정산을 요구하게 돼요.
7. 체크리스트
- 1월 안내문에 제출 서류, 사내 마감일, 미제출 시 본인 기본공제와 표준세액공제만 적용된다는 내용을 넣었습니까
- 재직자 명단과 신고서 접수 대장을 대조해 미제출자 명단을 만들었습니까
- 미제출자에게 마감 전 개별 재요청을 하고 발송 일자를 기록했습니까
- 일용근로자를 제출 대상에서 뺐고 퇴직자의 기한을 따로 확인했습니까
- 미제출자를 본인 기본공제와 표준세액공제만으로 정산했습니까
- 추가 납부세액이 10만 원을 넘는 직원에게 2월분부터 4월분까지 분할 원천징수가 가능하다고 알렸습니까
- 2월 말일까지 원천징수영수증을 발급했고 3월 10일까지 지급명세서를 제출할 일정을 잡았습니까
- 미제출 직원에게 5월 1일부터 31일까지 홈택스 근로소득 신고 방법을 안내했습니까
- 이직자에게 전 근무지 근로소득원천징수영수증 제출을 별도로 요청했습니까