육아휴직을 마치고 복직한 직원, 통합고용세액공제 복귀자 1인당 1,300만원 공제의 요건과 신청 순서
- 육아휴직을 마치고 복직한 직원이 있는 중소기업·중견기업은 2026년 12월 31일까지 복직한 경우 1인당 1,300만원(중견기업 900만원)을 법인세나 소득세에서 공제받을 수 있습니다. 직원 수를 늘리지 않아도 받을 수 있지만 상시근로자 수가 줄면 배제되고, 복직 후 2년 안에 퇴사하면 공제액을 추징당해요.
직원이 육아휴직을 마치고 돌아왔는데 세무 쪽에서 회사가 받을 수 있는 혜택이 있는지 궁금해지는 시점이 있습니다. 육아휴직 급여는 고용보험에서 지급되어 회사 장부에는 흔적이 거의 남지 않으므로, 복직 이후의 세액공제는 신고 때 따로 챙겨야 해요. 이 공제는 통합고용세액공제 조문 안에 있는 별도 항목이라, 직원 수가 늘었는지와는 따로 판단해요. 공제를 받으려면 회사의 규모, 직원의 근무 기간과 휴직 기간, 복직 시기, 그리고 복직 후 2년 동안의 근로관계 유지까지 함께 맞아야 해요.
1. 공제의 기본 구조: 복귀자 1명당 1,300만원
조세특례제한법 제29조의8 제5항은 중소기업 또는 중견기업이 요건을 갖춘 육아휴직 복귀자를 2026년 12월 31일까지 복직시키면, 복귀자 인원에 1,300만원(중견기업은 900만원)을 곱한 금액을 복직한 날이 속하는 과세연도의 법인세 또는 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당)에서 공제한다고 정하고 있습니다. 직원 수를 늘렸는지는 이 항목의 요건이 아닙니다. 다만 해당 과세연도의 상시근로자 수가 직전 과세연도보다 줄었다면 공제하지 않습니다.
| 구분 | 내용 | 근거 |
|---|---|---|
| 적용 기업 | 중소기업, 중견기업(대기업 제외) | 제29조의8 제5항 |
| 복직 시한 | 2026년 12월 31일까지 복직 | 제29조의8 제5항 |
| 공제액 | 복귀자 1명당 1,300만원(중견기업 900만원) | 제29조의8 제5항 |
| 공제 시기 | 복직한 날이 속하는 과세연도 | 제29조의8 제5항 |
| 횟수 제한 | 복귀자의 자녀 1명당 한 차례 | 제29조의8 제6항 |
| 공제 배제 | 상시근로자 수가 직전 과세연도보다 감소한 경우 | 제29조의8 제5항 단서 |
복직 시한이 2026년 12월 31일로 정해져 있다는 점이 가장 중요해요. 2026년 10월 현재 조문 기준으로, 2027년 1월 1일 이후 복직하는 직원은 이 항목의 대상이 아닙니다. 기한을 연장하는 개정이 있는지는 연말 세법 개정 결과를 따로 확인해야 해요.
2. 복귀자에게 요구되는 세 가지 요건
제5항 각 호는 복귀자가 다음 요건을 모두 충족해야 한다고 정해요.
| 요건 | 조문 내용 | 회사가 확인할 자료 |
|---|---|---|
| 근무 기간 | 해당 기업에서 1년 이상 근무하였을 것. 해당 기업이 근로소득세를 원천징수한 사실이 확인되는 경우로 한정 | 근로소득원천징수부 |
| 육아휴직 사유와 기간 | 남녀고용평등과 일ㆍ가정 양립 지원에 관한 법률 제19조 제1항에 따른 육아휴직이고, 연속하여 6개월 이상 | 휴직 신청서, 휴직 발령 기록, 복직 발령 기록 |
| 특수관계 제외 | 최대주주 또는 최대출자자(개인사업자는 대표자)나 그와 친족관계에 있는 사람이 아닐 것 | 주주명부, 가족관계 확인 |
조세특례제한법 시행령 제26조의8 제10항은 근로소득세 원천징수 여부를 소득세법 시행령 제196조 제1항의 근로소득원천징수부로 확인한다고 정해요. 특수관계의 범위는 같은 조 제9항에 따라 국세기본법 시행령 제1조의2 제1항의 친족관계입니다. 대표이사의 배우자나 자녀가 육아휴직을 마치고 복직한 경우가 대표적으로 제외되는 사례입니다.
육아휴직 기간이 6개월 이상이어야 하고 연속이어야 한다는 점도 놓치기 쉽습니다. 3개월씩 두 번 나누어 사용했다면 각각은 6개월에 미달하므로 이 요건을 채우지 못합니다.
3. 공제 시기와 신청 방법
공제는 복직한 날이 속하는 과세연도에 받습니다. 휴직을 마친 연도가 아니라 복직일이 기준이므로, 12월 결산법인이 2026년 3월에 복직시켰다면 2026 사업연도 법인세 신고에서 공제를 반영해요. 시행령 제26조의8 제11항에 따라 과세표준신고를 할 때 세액공제신청서, 공제세액계산서, 상시근로자 명세서를 관할 세무서장에게 제출해요.
| 단계 | 할 일 | 시기 |
|---|---|---|
| 복직 확정 | 복직 발령일과 육아휴직 개시·종료일 기록 보관 | 복직 즉시 |
| 요건 점검 | 근로소득원천징수부로 1년 이상 근무 확인, 최대주주·친족 해당 여부 확인 | 결산 전 |
| 상시근로자 수 계산 | 해당 과세연도와 직전 과세연도의 상시근로자 수 비교 | 결산 전 |
| 신청서 작성 | 세액공제신청서, 공제세액계산서, 상시근로자 명세서 작성 | 신고서 작성 시 |
| 신고 | 법인세는 사업연도 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내, 소득세는 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지 | 법정 신고기한 |
법인세 신고기한은 법인세법 제60조 제1항, 종합소득세 신고기한은 소득세법 제70조 제1항에 따라요. 법인세법 제60조 제1항에 따라 성실신고확인서를 제출하는 법인은 4개월이고, 소득세법 제70조의2 제2항에 따라 성실신고확인서를 제출하는 사업자의 소득세 신고는 5월 1일부터 6월 30일까지입니다.
4. 상시근로자 수가 줄었는지 보는 방법
제5항 단서에 따른 공제 배제 요건은 상시근로자 수의 감소입니다. 상시근로자는 근로기준법에 따라 근로계약을 체결한 내국인 근로자이며, 시행령 제26조의8 제2항에 따라 근로기간이 1년 미만인 근로자, 임원, 최대주주와 그 배우자·친족 등은 빠져요. 월 평균 근로시간이 60시간 미만인 단시간근로자도 제외돼요. 근로소득세를 원천징수한 사실도, 국민연금·건강보험료 납부 사실도 확인되지 않는 사람 역시 제외돼요.
수치는 같은 조 제6항에 따라 시행령 제11조의2 제8항의 방식으로 계산해요. 상시근로자별로 해당 과세연도의 근무개월 수를 따져 합산하고, 소수점 둘째 자리 미만은 버려요. 시행령 제26조의8 제7항에 따라 출산전후휴가를 사용 중인 직원을 대체한 상시근로자가 있으면, 휴가를 사용 중인 직원은 인원 계산에서 제외됩니다.
결국 복귀자 한 명을 복직시키면서 다른 직원이 여러 명 퇴사해 연평균 인원이 줄었다면 공제를 받지 못해요. 복직 연도의 인원 변동은 결산 전에 반드시 확인해야 해요.
5. 숫자 예시: ㈜예시상사의 경우
㈜예시상사는 12월 결산 중소기업입니다. 직원 A는 2023년 4월 1일 입사했고, 2025년 3월 1일부터 2026년 2월 28일까지 12개월 연속 육아휴직을 사용한 뒤 2026년 3월 2일 복직했습니다. A는 최대주주나 그 친족이 아닙니다. 2025년 상시근로자 수는 14.00명, 2026년은 14.50명으로 가정해요.
| 항목 | 금액 또는 판단 |
|---|---|
| 복직일이 속하는 과세연도 | 2026 사업연도 |
| 요건 충족 | 1년 이상 근무, 연속 6개월 이상 육아휴직, 특수관계 아님 |
| 상시근로자 수 감소 여부 | 14.00명에서 14.50명으로 증가, 공제 가능 |
| 공제액 | 1명 × 1,300만원 = 1,300만원 |
| 법인세 산출세액(가정) | 4,200만원 |
| 공제 후 납부세액 | 4,200만원 − 1,300만원 = 2,900만원 |
다른 공제·감면은 없고 최저한세에도 걸리지 않는다고 가정한 숫자입니다. 만약 산출세액이 900만원이었다면 900만원만 공제하고 남은 400만원은 이월돼요. 조세특례제한법 제144조 제1항은 제29조의8에 따른 공제 중 납부할 세액이 없거나 최저한세액에 미달해 공제받지 못한 금액을 다음 과세연도 개시일부터 10년 이내에 끝나는 과세연도로 이월해 공제하도록 정합니다. 제132조 제1항 제3호(법인)와 제2항 제3호(소득세)에도 제29조의8의 세액공제금액이 최저한세 적용 대상으로 열거되어 있습니다.
6. 복직 후 2년 안 근로관계 종료와 세액 추징
제29조의8 제7항은 제5항에 따라 세액을 공제받은 자가 복직일부터 2년이 지나기 전에 해당 근로자와의 근로관계를 종료하면, 근로관계가 종료한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 공제받은 세액에 상당하는 금액을 납부하도록 정해요. 공제금액 중 이월되어 아직 공제받지 못한 금액이 있으면 그 금액을 뺀 나머지가 추징 대상입니다.
| 상황 | 추징 여부와 납부 시기 |
|---|---|
| A가 2027년 9월 30일 퇴사(복직일 2026년 3월 2일 기준 2년 미경과) | 1,300만원 추징, 2027 사업연도 법인세 신고(2028년 3월 31일까지) 때 납부 |
| A가 복직 후 2년이 지난 뒤 퇴사 | 추징 없음 |
| 공제 1,300만원 중 400만원이 이월 중인 상태에서 2년 안에 퇴사 | 공제받은 900만원만 추징, 이월 400만원은 차감 |
제7항은 근로관계가 종료한 경우라고만 적고 있고, 정년·계약 만료 같은 종료 사유별 예외는 제7항과 시행령 제26조의8 어디에도 적혀 있지 않습니다. 추징 대상은 공제받은 세액에 상당하는 금액이며, 이자 상당액을 더한다는 문구도 제7항에는 없습니다. 복직한 직원이 곧 퇴사할 가능성이 있다면 공제를 반영하기 전에 이 부담을 함께 고려해야 해요.
7. 이미 신고를 마쳤다면: 경정청구
복직한 연도의 법인세 또는 소득세를 신고하면서 공제를 반영하지 않았다면 국세기본법 제45조의2 제1항에 따라 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 경정을 청구할 수 있습니다. 같은 항 제2호는 신고서에 기재된 세액공제액이 세법에 따라 신고해야 할 세액공제액에 미치지 못할 때를 사유로 정해요. 경정청구서와 함께 세액공제신청서, 공제세액계산서, 상시근로자 명세서를 준비하면 돼요.
8. 자주 하는 실수
- 전체 상시근로자 수가 늘어야 공제를 받는다고 생각해 신청하지 않습니다. 제5항 단서는 직전 과세연도보다 줄었을 때만 배제하므로 늘어날 필요는 없습니다.
- 육아휴직 기간이 연속하여 6개월 이상이어야 하는데, 나누어 쓴 기간을 합산해 요건을 채운 것으로 판단해요.
- 대표자의 배우자나 자녀의 복직 건을 일반 직원처럼 공제 대상에 넣습니다.
- 복직일이 아니라 휴직 종료일이나 급여 지급일을 기준으로 과세연도를 판단해요.
- 같은 자녀로 이미 공제를 받았는데 같은 직원의 다음 복직에서 다시 공제를 신청합니다. 제6항은 자녀 1명당 한 차례로 제한해요.
- 공제만 챙기고 2년 안 퇴사 시 추징 규정을 장부와 일정표에 남기지 않습니다.
9. 체크리스트
- 회사가 중소기업 또는 중견기업에 해당하는지 확인했다.
- 복직일이 2026년 12월 31일 이전인지 확인했다.
- 복귀자가 해당 기업에서 1년 이상 근무했고 근로소득원천징수부로 입증된다.
- 육아휴직이 남녀고용평등과 일ㆍ가정 양립 지원에 관한 법률 제19조 제1항에 따른 것이고 연속하여 6개월 이상이다.
- 복귀자가 최대주주(대표자)나 그 친족이 아니다.
- 해당 과세연도 상시근로자 수가 직전 과세연도보다 줄지 않았다.
- 같은 자녀로 이전에 공제받은 적이 없다.
- 신청서류 3종을 신고서와 함께 제출할 준비를 마쳤다.
- 복직일부터 2년이 지나기 전까지 근로관계 종료 시 추징된다는 점을 기록해 두었다.