세무조사 대상 기간의 장부·증빙을 잃어버렸을 때 — 복원 순서와 추계 과세 위험

2. 분실을 확인한 직후의 처리 순서

사전통지는 조사를 시작하기 20일 전에 이루어지는 것이 원칙입니다(국세기본법 제81조의7 제1항). 이 기간에 복원 작업을 끝까지 하기는 어렵기 때문에 순서를 정해 두고 움직여야 해요.

경위 기록은 처음부터 사실대로 일관되게 적어야 해요. 조사 중에 진술이 바뀌면 분실 자체를 의심받기 쉬우므로, 확인되지 않은 추측은 경위서에 넣지 말고 확인된 사실만 적습니다.

3. 외부에 남아 있는 자료로 복원하는 방법

회사 안에 원본이 없어도 거래의 상대방과 공공·금융 기관에는 기록이 남아 있는 경우가 많습니다. 자료 종류별 복원처는 다음과 같습니다. 조회 가능한 기간과 항목은 기관별 서비스 화면에서 직접 확인해야 해요.

복원한 자료가 원본과 같은 효력의 증빙으로 인정된다는 보장은 없습니다. 거래처가 보내 준 사본, 금융기관 거래내역, 홈택스 조회 화면은 거래가 실제 있었다는 사실을 뒷받침하는 보조 자료로 쓰이므로, 한 거래마다 거래 사실을 이중으로 확인하는 방식이 안전해요. 예를 들어 매입 한 건이라면 세금계산서 조회 자료와 대금 지급 거래내역을 함께 묶어 둡니다.

4. 복원하지 못한 부분에 적용되는 추계 과세

장부와 증빙으로 소득금액을 계산할 수 없는 사유는 시행령에서 정해요. 법인은 필요한 장부 또는 증명서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우 등이 해당하고(법인세법 시행령 제104조 제1항 제1호), 개인사업자는 소득세법 시행령 제143조 제1항에서 같은 취지로 정하고 있습니다. 즉 분실로 중요한 부분을 증명할 수 없으면 추계 사유에 해당할 수 있습니다.

법인의 추계 방법은 시행령 제104조 제2항에 있습니다. 첫째 방법은 사업수입금액에서 증명서류로 확인되는 매입비용과 임차료, 증명서류로 확인되는 급여·임금·퇴직급여, 그리고 수입금액에 기준경비율을 곱한 금액을 뺀 값을 과세표준으로 삼는 것입니다. 증빙으로 입증하지 못한 경비는 공제되지 않고 기준경비율에 해당하는 만큼만 인정되므로, 실제 경비가 기준경비율보다 많은 사업자일수록 불리해요.

개인사업자의 추계는 소득세법 시행령 제143조 제3항에 있고, 같은 방식의 기준경비율 방법에 더해 단순경비율 적용 대상자는 수입금액에서 단순경비율을 곱한 금액을 공제하는 방법이 적용될 수 있습니다. 복식부기의무자의 경우 기준경비율 항목에서는 수입금액에 기준경비율의 2분의 1을 곱한 금액을 쓰도록 정하고 있습니다(같은 항 제1호 다목). 기준경비율과 단순경비율은 업종별로 국세청장이 정하여 고시하므로, 해당 과세기간에 적용되는 수치는 고시에서 확인해야 합니다(소득세법 시행령 제145조).

추계로 가면 장부로 신고할 때 받던 혜택도 막혀요. 법인세법 제68조는 추계로 과세표준을 계산하는 경우 제13조 제1항 제1호의 이월결손금 공제 등을 적용하지 않도록 정하고, 소득세법 제45조 제4항도 추계신고나 추계조사결정을 하는 경우 이월결손금 공제 규정을 적용하지 않도록 정해요. 장부를 잃은 사실 하나가 소득금액 계산뿐 아니라 이월결손금 공제 상실로도 이어질 수 있는 것입니다.

5. 분실 원인별로 달라지는 취급

법은 천재지변이나 그 밖의 불가항력으로 장부가 멸실된 경우를 두 군데에서 다르게 대우해요.

• 추계 방법: 법인세법 시행령 제104조 제2항 제2호와 소득세법 시행령 제143조 제3항 제2호는 기준경비율이 정해지지 않았거나 천재지변으로 장부와 증빙이 멸실된 경우, 기장이 가장 정확하다고 인정되는 동일업종 다른 사업자의 소득금액을 참작하는 방법을 정합니다. 동일업종의 다른 사업자가 없고 신고 후 멸실된 때에는 신고서와 첨부서류에 따르고, 신고 전에 멸실된 때에는 직전 과세기간(법인은 직전 사업연도)의 소득률에 따라요.
• 이월결손금 공제: 법인세법 제68조 단서는 천재지변 등으로, 소득세법 제45조 제4항 단서는 천재지변이나 그 밖의 불가항력으로 장부 등이 멸실되어 추계하는 경우에는 이월결손금 공제 배제 규정을 적용하지 않는다고 정해요. 단순 관리 부주의로 잃은 경우에는 이 예외가 적용되지 않습니다.

그래서 화재·침수 같은 사고로 잃었다면 소방서·보험사의 사고 확인 자료, 피해 사진, 복구 업체 견적서 등 객관 자료를 확보하는 것이 중요해요. 같은 맥락에서 조사 연기 신청 사유에도 천재지변으로 납세자의 생명·신체, 재산 등에 상당한 피해가 발생한 경우가 들어 있으므로(국세기본법 제81조의7 제2항 제1호), 복원 시간이 필요한 상황이면 신청 요건을 먼저 검토합니다.

6. 분실과 소각·파기 처벌 규정의 구분

조세범 처벌법 제8조는 조세를 포탈하기 위한 증거인멸의 목적으로 세법에서 비치하도록 한 장부 또는 증빙서류를 해당 국세의 법정신고기한이 지난 날부터 5년 이내에 소각·파기 또는 은닉한 자를 2년 이하의 징역 또는 2천만원 이하의 벌금에 처한다고 정해요. 구성 요건의 핵심은 조세를 포탈하기 위한 증거인멸의 목적과 소각·파기·은닉이라는 행위입니다. 과실로 잃어버렸거나 천재지변으로 멸실된 경우는 이 조항이 정한 행위와 목적이 다르다는 점에서 구분돼요.

다만 조사 현장에서는 시점이 의심 대상이 돼요. 조사 통지 직후 서버를 초기화했거나, 통지 이후에 서류를 폐기했다면 목적이 문제 될 수 있습니다. 통지를 받은 뒤에는 남아 있는 자료를 정리하거나 폐기하지 말고 그대로 보전해야 해요. 특정 사안이 처벌 규정에 해당하는지는 개별 사실관계에 따라 판단되므로, 의심받을 만한 사정이 있다면 조사에 응하기 전에 세무사나 변호사와 상담하는 것이 안전해요.

7. ㈜예시상사 예시로 본 복원 여부별 소득금액 차이

㈜예시상사가 조사 대상 사업연도에 수입금액 12억원을 신고했다고 가정해요. 기준경비율은 설명을 위해 8%로 가정한 값이며 실제 고시 수치가 아닙니다.

복원 여부에 따라 소득금액에서만 2억 8,400만원 차이가 납니다. 입증하지 못한 매입 3억 2,000만원이 공제에서 빠지고, 그 대신 기준경비율로 계산한 경비가 3,600만원 늘어난 결과입니다. 여기에 법인세율을 적용하면 세액 차이가 더 커지고, 추계로 인한 이월결손금 공제 배제 효과까지 더해질 수 있습니다. 반대로 그 매입 3억 2,000만원의 거래처 사본과 대금 지급 거래내역을 확보하면 그만큼 입증 부분이 되살아나요.

8. 자주 하는 실수

• 분실 사실을 숨기고 대충 만든 장부를 제출해요. 조사관이 홈택스 자료와 금융 자료로 대조하면 곧 드러나고, 허위 기장으로 판단되면 추계 사유(시행령 제104조 제1항 제1호)에 더해 신뢰를 잃습니다.
• 분실 경위를 구두로만 설명해요. 사고 확인 자료 없이 말만 하면 소명 효력이 약해요.
• 통지를 받은 뒤 남은 서류를 정리하면서 폐기합니다. 목적과 시점이 의심받을 수 있으므로 일체 손대지 않습니다.
• 복원 자료를 거래 한 건이 아니라 월 합계로만 제출해요. 건별 근거가 없으면 입증 부분으로 인정받기 어렵습니다.
• 세무대리인에게 맡긴 자료가 있는지 확인하지 않습니다. 기장을 맡겼다면 대리인 쪽에 원장과 증빙 사본이 남아 있을 수 있습니다.

9. 체크리스트

• 분실된 사업연도와 자료 종류를 목록으로 만들었다.
• 분실 경위를 날짜순으로 적고 객관 자료를 확보했다.
• 회계 프로그램 백업, 클라우드, 이메일, 세무대리인 보관 자료를 확인했다.
• 홈택스에서 세금계산서·현금영수증·신고 내역을 내려받았다.
• 금융기관 거래내역서와 카드 이용내역서를 발급받았다.
• 거래처에 계약서·세금계산서·거래명세서 사본을 요청했다.
• 복원 원장과 원 신고서의 차이를 내역서로 정리했다.
• 천재지변 사유가 있으면 조사 연기 신청 요건을 검토했다.
• 통지 이후 남은 자료를 폐기하거나 정리하지 않고 보전했다.
• 세무사나 변호사와 소명 방향을 상의했다.