정부지원금 부가세·법인세 처리
요약
- 정부지원금을 수령했을 때 과세 여부, 비용 대응, 증빙 보관 기준을 점검해요.
추천 대상 · 신입 회계 담당자, 세무 담당자, 소규모 법인 대표
핵심 요약
정부지원금은 먼저 보조금인지, 용역의 대가인지를 구분해야 해요. 조건 없이 사업을 돕는 보조금은 부가세 과세표준에 들어가지 않지만, 정부 기관에 연구·용역을 해 주고 받는 대가는 일반 매출과 같아 세금계산서를 발급해요. 법인세에서는 둘 다 익금이고, 보조금으로 설비를 샀다면 과세를 뒤로 미루는 특례가 있습니다.
보조금과 용역 대가 구분
| 구분 | 예 | 부가세 | 법인세 |
|---|---|---|---|
| 국고보조금·공공보조금 | 고용 지원금, 창업 지원금, 설비 보조금 | 과세표준에 포함 안 함 | 익금 |
| 용역 대가 | 기관 발주 연구용역, 개발 용역 계약 | 과세(세금계산서 발급) | 익금(매출) |
| 출연금(정부 R&D 과제) | 협약에 따른 연구개발비 지원 | 협약 성격에 따라 판단 | 익금 |
협약서나 계약서에 결과물의 소유권이 기관에 넘어가고 대가로 지급된다고 되어 있으면 용역 대가일 가능성이 커요. 애매하면 협약서를 세무대리인에게 보여 판단을 받습니다.
설비 보조금은 과세를 미룰 수 있어요
국고보조금을 받아 사업용 자산을 사거나 개량하면, 그 보조금 상당액을 일시상각충당금(감가상각 자산) 또는 압축기장충당금(토지 등)으로 손금산입해 보조금을 받은 해에 한꺼번에 과세되지 않게 할 수 있습니다. 이후 자산을 감가상각하거나 처분할 때 나눠서 익금에 들어갑니다(정부지원금·보조금 세무: 과세 여부, 자산취득 보조금, 부가세).
예) 설비 100,000,000원을 보조금 50,000,000원과 자부담 50,000,000원으로 샀다면
- 보조금 50,000,000원은 익금이지만 같은 금액을 일시상각충당금으로 손금산입
- 설비를 5년 동안 상각하면 매년 상각비 비율만큼(연 10,000,000원) 충당금을 익금으로 되돌림
매입세액은 공제되나요
보조금으로 산 물품이라도 과세사업에 쓰면 매입세액을 공제받을 수 있습니다. 다만 정부 과제는 공제받은 부가세를 사업비로 인정하지 않는 경우가 많아, 과제 정산 때 부가세를 제외하고 집행해야 해요. 과제 카드 사용과 증빙 기준은 정부과제 카드 사용 증빙을 참고해요.
처리 순서
- 협약서·지원 결정서를 보고 보조금인지 용역 대가인지 정해요.
- 용역 대가면 세금계산서를 발급하고 매출로 잡습니다.
- 보조금이면 부가세 신고에서 제외하고 회계상 정부보조금으로 처리해요.
- 자산 취득에 쓴 보조금은 일시상각충당금 적용 여부를 결산 때 정해요.
- 반납 사유가 생기면 반납액을 확정해 회계 처리합니다(정부지원금 반납 회계처리).
자주 하는 실수
- 기관 발주 용역비를 보조금으로 보고 세금계산서를 발급하지 않는 경우
- 보조금을 비과세로 보고 법인세 신고에서 빼는 경우
- 과제비로 산 물품의 부가세를 공제받고 과제 정산에도 사업비로 넣는 경우