주주간계약 세금처리

주주간계약 세금처리란?

주주간계약(Shareholders' Agreement, SHA)은 회사 주주들이 지분 양도·의결권·이익 배분·경영 참여 등에 관해 사전에 합의하는 사적 계약이에요. 이 계약이 실행될 때 — 주식 양도, 증자·감자, 저가 양수, 우선주 전환 등 — 에는 다양한 세금이 발생해요.

주주간계약에서 자주 등장하는 세금 이슈를 4가지로 정리할 수 있어요.

1. 주식 양도 시 양도소득세 — 누가, 얼마에, 어떤 주식을 넘기는지에 따라 세율과 신고 방법이 달라져요.
2. 증자·감자 시 의제배당 과세 — 자본 거래처럼 보여도 경제적 이익이 생기면 배당소득으로 과세돼요.
3. 저가 양수 시 증여세 — 시가보다 낮은 가격으로 주식을 사면 그 차액이 증여로 볼 수 있어요.
4. 창업 투자자·엔젤 세금 특례 — 초기 투자자는 소득공제·과세 이연 혜택을 활용할 수 있어요.

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1. 주식 양도 시 양도소득세 (소득세법 §94)

비상장주식을 양도하면 양도소득세가 부과돼요. 상장주식은 대주주 요건에 해당할 때만 과세되지만, 비상장주식은 소액 주주도 과세 대상이에요.

비상장주식 양도소득세 계산 구조

• 주주간계약에서 콜옵션·풋옵션을 행사해 주식을 양도하는 경우도 동일하게 양도소득세가 과세돼요.
• 시가 인정 범위: 양도일 전후 3개월 이내의 동일 조건 거래, 감정평가액, 또는 상속증여세법 보충적 평가(순자산가치·순손익가치 가중 평균)를 시가로 인정해요.
• 양도가액이 시가의 70% 미만이거나 시가보다 3억 원 이상 낮으면 시가를 양도가액으로 보아 세금을 계산해요(소득세법 §101 부당행위계산 부인).

법인 주주의 주식 양도

법인이 보유한 비상장주식을 양도하면 법인세 과세 대상이에요. 개인 주주와 달리 기본공제나 분리과세 특례가 없고, 양도차익 전액이 각 사업연도 소득에 포함돼요.

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2. 증자·감자 시 의제배당 과세 (소득세법 §17)

의제배당은 실제 배당 결의가 없어도 경제적으로 배당과 같은 효과가 생길 때 배당소득으로 과세하는 제도예요. 주주간계약에서 증자·감자가 발생하면 의제배당 여부를 반드시 검토해야 해요.

의제배당이 발생하는 주요 상황

• 무상증자(잉여금 자본전입)로 받은 무상주는 받는 시점에 배당소득으로 과세돼요. 다만 자본준비금을 자본전입해 받은 무상주는 의제배당에서 제외돼요(소득세법 §17②).
• 주주간계약에서 지분율 유지를 위한 비례적 증자·감자는 세금이 단순해 보이지만, 특정 주주만 참여하거나 행사 가격이 시가와 다를 때 의제배당·증여세 문제가 동시에 발생할 수 있어요.

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3. 주식 저가 양수 시 증여세 (상속세및증여세법 §35)

주주간계약에서 약정된 가격(콜옵션 행사가, 우선매수권 행사가 등)이 당시 시가보다 현저히 낮으면, 매수자(양수인)에게 증여세가 부과될 수 있어요.

증여세 과세 요건

• 콜옵션 계약 시점의 행사 가격이 낮게 책정됐더라도, 실제 옵션을 행사하는 시점의 시가를 기준으로 저가 양수 여부를 판단해요.
• 특수관계가 없는 제3자 간 거래라면 원칙적으로 시가 거래로 추정하지만, 실질이 시가와 현저히 다른 경우 과세 당국이 증여세를 부과할 수 있어요.
• 법인이 저가로 주식을 취득하면 법인세법 §52(부당행위계산 부인)에 따라 세무 조정이 발생해요.

고가 양도 시 증여세

반대로 시가보다 현저히 높은 가격으로 주식을 양도하면, 시가보다 비싸게 판 양도인(매도자)이 이익을 얻은 것으로 보아 양도인에게 증여세를 부과할 수 있어요. 특수관계인 사이의 거래이거나, 특수관계가 없더라도 거래 관행상 정당한 사유 없이 시가보다 높게 판 경우예요(상속증여세법 §35).

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4. 창업 투자자·엔젤투자자의 세금 특례

스타트업에 초기 투자하는 개인 투자자(엔젤)와 벤처조합에는 투자 위험 부담을 낮추기 위한 세제 혜택이 있어요.

엔젤투자 소득공제 (조세특례제한법 §16의3)

• 벤처기업 또는 중소기업창업투자회사를 통해 투자한 금액에 대해 종합소득금액에서 직접 공제해요.
• 투자 후 3년 이상 보유해야 하며, 보유 기간 내 양도 시 추징될 수 있어요.
• 주주간계약에서 엔젤 투자자가 콜옵션을 행사해 지분을 추가 취득하는 경우, 추가 취득분에도 소득공제 요건 충족 여부를 별도로 검토해야 해요.

벤처투자 양도차익 비과세 (조세특례제한법 §14)

• 벤처기업에 직접 또는 벤처조합을 통해 투자한 주식을 양도할 때 발생하는 양도차익을 비과세해요.
• 적용 요건: 중소기업창업투자조합·한국벤처투자조합·신기술사업투자조합 등을 통한 투자이거나, 직접 투자 후 등록 벤처기업 지위를 유지하고 있을 것.
• 비과세 적용 후 추후 지분 양도 시에는 취득가액을 최초 납입가로 다시 기산해요.

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5. 지분율 변동 시 회계처리

주주간계약 실행으로 지분율이 바뀌면 회계 처리가 달라져요.

지배·비지배 기준 변동

• 비지배주주와의 거래(주주간계약에서 약정된 풋백 옵션·드래그얼롱·태그얼롱 행사)는 원칙적으로 자본 거래로 처리해요. 손익을 인식하면 IFRS 10·K-IFRS 위반이 될 수 있어요.
• 장부상 처리와 세무상 처리가 다를 수 있어요. 회계상 자본 거래로 손익을 인식하지 않더라도, 세법에서는 양도소득세 과세 대상일 수 있어요.

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홍길동 사례 — 스타트업 주주간계약 체결 후 지분 양도 세금

상황 요약

• 홍길동(개인, 공동창업자)은 2021년 1월에 비상장 스타트업 ㈜예시테크를 설립했어요. 1,000만 원을 출자해 주당 1,000원에 10,000주를 취득했어요.
• 2022년 3월, 벤처캐피털 A사가 ㈜예시테크에 5억 원을 투자하면서 주주간계약을 체결했어요. 계약에는 A사의 콜옵션(2년 후 시가의 80%에 홍길동 지분 2,000주 추가 취득 가능)이 포함됐어요.
• 2024년 3월, A사가 콜옵션을 행사해 홍길동으로부터 2,000주를 취득했어요.
• 당시 ㈜예시테크의 상속증여세법 보충적 평가액은 주당 50,000원이었어요.

세금 계산

• 홍길동 — 양도소득세 7,550,000원 (반기 신고: 2024년 7월 31일까지)

A사 — 증여세 검토

시가와 취득가액의 차이는 50,000 - 40,000 = 주당 10,000원이에요.

• 증여 이익: 10,000원 × 2,000주 = 20,000,000원
• 증여세 과세 요건: 시가 대비 70% 미만이면 과세 (40,000 ÷ 50,000 = 80%, 70% 이상이므로 요건 미충족)
• A사 — 증여세 해당 없음 (시가의 80%에 취득해 저가 과세 기준 미달)

이처럼 주주간계약의 콜옵션 행사 가격 설정에 따라 양도세만 발생할 수도, 양도세와 증여세가 동시에 발생할 수도 있어요. 계약 체결 시 세금 시뮬레이션을 미리 해두는 것이 중요해요.

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FAQ

Q1. 주주간계약에서 약정한 가격대로 주식을 거래하면 세금은 그 가격 기준으로 내나요?

계약서상 가격이 세법상 시가와 크게 차이 나면 세법이 개입해요. 비상장주식의 시가는 상속증여세법 보충적 평가액(순자산가치·순손익가치 가중 평균)을 기준으로 해요. 양도 가격이 시가의 70% 미만이거나 시가와의 차액이 3억 원 이상이면 세무상 시가를 기준으로 양도소득세를 계산해요. 주주간계약 체결 전 시가 산정을 먼저 해두면 세금 충격을 줄일 수 있어요.

Q2. 드래그얼롱(drag-along)이나 태그얼롱(tag-along) 권리를 행사해 주식을 파는 경우에도 양도소득세를 내야 하나요?

네, 내야 해요. 드래그얼롱·태그얼롱은 매각 의무·참여 권리를 규정한 계약 조항이지, 과세를 면제해 주는 근거가 아니에요. 실제로 주식이 이전되는 시점에 양도소득세 신고 의무가 발생해요. 단체 매각 시에는 여러 주주가 동시에 신고 의무를 지게 되므로, 매각 완료 후 즉시 세무사에게 알려야 해요.

Q3. 창업 초기 엔젤 투자자가 소득공제를 받았는데, 나중에 콜옵션으로 주식을 일부 양도하면 추징이 되나요?

소득공제 받은 주식을 투자일로부터 3년 내 양도하면 공제받은 세액이 추징돼요. 다만 콜옵션 행사로 인한 강제 양도인지, 자발적 양도인지에 따라 해석이 달라질 수 있어요. 콜옵션 조항이 계약에 명시돼 있고 행사 주체가 상대방이라면 비자발적 양도로 보아 추징 예외를 인정받을 여지가 있으므로, 과세 당국에 사전에 질의하거나 세무사 의견을 받는 것이 안전해요.

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자주 하는 실수

실수 1 — 콜옵션·풋옵션 행사 시점을 신고 기산점으로 모름

주주간계약 체결 시점이 아니라 옵션을 실제로 행사해 주식이 이전되는 시점에 양도소득세 신고 의무가 발생해요. 계약서 작성일·등기일과 혼동해 반기 신고 기한(양도일이 속한 반기 말일 다음 달 말일)을 놓치는 경우가 있어요. 신고 지연 시 무신고 가산세(20%)와 납부 지연 가산세(하루 0.022%)가 붙어요.

실수 2 — 저가 양수인데 증여세를 혼자 부담

저가 양수로 인한 증여세는 이익을 얻은 매수자(양수인)에게 부과돼요. 주주간계약에서 특정 주주에게 저가 매수권이 부여돼 있다면 그 권리를 행사할 때 증여세가 발생할 수 있어요. 계약서에 세금 부담 주체를 명시하지 않으면 이후 분쟁이 생길 수 있으니, 계약 단계에서 증여세 귀속 조항을 넣어두는 것이 좋아요.

실수 3 — 감자 시 의제배당 누락

회사 입장에서 감자는 자본 거래라서 손익이 발생하지 않아요. 하지만 주주 입장에서는 소각 대가가 취득가를 초과하면 그 초과분이 배당소득으로 과세돼요. 특히 불균등 감자(특정 주주만 감자 대상)나 고가 소각(시가보다 높은 금액 지급)을 주주간계약에 넣으면 의제배당과 증여세가 동시에 발생할 수 있어요. 감자 구조 설계 시 반드시 세무 검토를 해야 해요.

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체크리스트

주주간계약 체결 및 실행 전 세금 확인 사항이에요.

• 주식 양도 시 비상장주식 시가(상속증여세법 보충적 평가액)를 사전에 산정했나요?
• 콜옵션·풋옵션 행사 가격이 시가의 70% 이상인지 확인해 저가 양수 증여세 리스크를 점검했나요?
• 양도소득세 반기 신고 기한(양도일이 속한 반기 말일 다음 달 말일)을 달력에 표시했나요?
• 감자 시 주주별 의제배당 발생 여부를 세무사와 사전에 검토했나요?
• 엔젤투자 소득공제를 받은 투자자가 있다면 3년 보유 요건 준수 여부와 옵션 행사 시 추징 가능성을 확인했나요?

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