상가 임차인이 월세를 밀릴 때 — 세금계산서 계속 발급, 미수 임대료 대손, 보증금 공제 순서

2026년 10월 12일읽는 데 9분

#상가 월세 연체 #임대료 세금계산서 #대손세액공제 #보증금 공제 #미수 임대료 #차임연체 해지

요약

상가 임차인이 월세를 내지 않아도 세금계산서는 계약상 지급일마다 발급해야 하고, 받지 못한 월세의 부가세도 먼저 신고·납부해요. 보증금에서 공제해 받을 수 있는 연체액은 대손 대상이 아니며, 보증금을 넘는 잔액만 대손세액공제 사유를 갖췄을 때 공제받습니다. 소멸시효가 지난 연체 차임도 보증금에서 충당하지 않고 임대차를 이어 온 경우에는 최종 정산 때 보증금에서 공제할 수 있다는 대법원 판례가 있습니다.

임차인이 4월분부터 월세를 내지 않았는데 5월 지급일이 돌아왔습니다. 입금이 없는 상태에서 부가세가 붙은 세금계산서를 또 발급해야 하는지, 발급하면 받지도 못한 돈의 부가세를 먼저 신고하고 내야 하는지, 보증금이 있으니 정산하면 끝나는지가 한꺼번에 궁금해져요. 세금계산서는 입금과 무관하게 계약상 지급일마다 발급해야 하고, 연체가 3기분에 이르러 임대차를 해지할 수 있게 되어도 해지 효력이 생기기 전까지 발급 의무는 이어져요. 보증금으로 메울 수 있는 연체액은 회수할 수 있는 돈이라 대손으로 볼 수 없고, 보증금을 넘는 잔액만 대손세액공제를 검토해요. 소멸시효가 지난 연체 차임은 상계로는 정산할 수 없지만, 연체 중에도 보증금에서 충당하지 않고 임대차를 이어 온 경우에는 최종 정산 때 보증금에서 공제할 수 있다는 대법원 판례가 있어(2025년 판결이 같은 법리를 다시 확인했습니다) 정산 대상을 좁게 잡으면 안 돼요.

1. 연체 중에도 이어지는 세금계산서 발급 의무

부가가치세법 제34조 제1항은 세금계산서를 재화나 용역의 공급시기에 발급하도록 정해요. 같은 법 시행령 제29조 제1항 제4호는 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 공급시기로 봐요. 상가 임대는 이 규정에 따라 계약서에 적힌 월 차임 지급일이 공급시기가 돼요. 입금 여부는 공급시기를 바꾸지 않으므로 임차인이 내지 않아도 지급일마다 세금계산서를 발급해야 해요. 부가세 과세표준도 해당 과세기간에 공급한 용역의 공급가액을 합한 금액이어서(법 제29조 제1항) 받지 못한 월세의 부가세를 먼저 신고하고 납부하게 돼요. 이 부담을 나중에 돌려받는 절차가 대손세액공제입니다.

상황	세금계산서 처리	근거
계약 유지 중 월 차임 연체	지급일에 발급	법 제34조 제1항, 시행령 제29조 제1항 제4호
한 달 치를 모아 발급	공급일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 발급 가능	법 제34조 제3항
연체를 이유로 미뤘다가 확정신고 기한까지 발급	공급가액의 1% 가산세	법 제60조 제2항 제1호
확정신고 기한까지 발급하지 않음	공급가액의 2% 가산세	법 제60조 제2항 제2호
연체를 이유로 이미 발급한 세금계산서 취소	수정세금계산서 발급 사유에 연체는 없음	시행령 제70조 제1항
임대차 해지	해지는 장래에 대해서만 효력이 있어 해지 전 차임은 그대로 발급	민법 제550조

2. 3기 연체와 임대차 해지 시점

상가건물 임대차보호법 제10조의8은 임차인의 차임연체액이 3기의 차임액에 달하는 때 임대인이 계약을 해지할 수 있다고 정해요. 보증금액이 대통령령으로 정한 금액을 넘는 임대차에도 이 조문은 적용됩니다(같은 법 제2조 제3항). 월 차임으로 계약했다면 3개월분이 쌓인 때가 기준이고, 단계마다 세무 처리가 이어져요.

연체 단계	임대인이 할 수 있는 일	세무 처리
1~2기분 연체	계약 유지, 지급 독촉	매월 세금계산서 발급, 미수금 인식
3기분 도달	임대차 해지 가능	해지 효력이 생기기 전까지 계속 발급
해지와 명도 이후	보증금에서 연체 차임 공제	공제액은 회수 처리, 남은 금액은 대손 검토

3. 미수 임대료의 대손세액공제

대손세액은 대손금액(부가세를 포함한 금액)에 110분의 10을 곱해 계산하고, 대손이 확정된 날이 속하는 과세기간의 매출세액에서 뺍니다(법 제45조 제1항). 대손으로 인정되는 사유는 소득세법 시행령 제55조 제2항과 법인세법 시행령 제19조의2 제1항에 따라 대손금으로 인정되는 경우입니다(부가가치세법 시행령 제87조 제1항 제1호). 임대료 미수금에 적용될 수 있는 사유는 아래와 같습니다.

사유	요건	근거(법인세법 시행령 제19조의2 제1항)
중소기업 미수금의 2년 경과	중소기업의 외상매출금 및 미수금으로 회수기일이 2년 이상 지난 것, 특수관계인과의 거래 제외	제9의2호
소액 채권	회수기일이 6개월 이상 지난 채권 중 채무자별 합계 30만원 이하	제11호
채무자의 사업 폐지 등	파산, 강제집행, 형의 집행, 사업의 폐지, 사망, 실종 또는 행방불명으로 회수할 수 없는 채권	제8호
소멸시효 완성	상법에 따른 소멸시효가 완성된 미수금, 월 차임에는 민법 제163조 제1호의 3년 단기시효가 문제될 수 있어 적용 규정은 세무서에 확인	제1호
재판상 화해 등	확정판결과 같은 효력으로 회수불능이 확정된 채권	제10호

공제를 받으려면 확정신고서에 대손세액 공제(변제)신고서와 대손사실을 증명하는 서류를 첨부해 제출합니다(시행령 제87조 제4항).
공급일부터 10년이 지난 날이 속하는 과세기간의 확정신고 기한까지 확정되는 대손세액까지만 공제 대상입니다(시행령 제87조 제2항).
국세상담센터는 결산에서 대손금으로 계상하지 않은 채권도 대손 사유에 해당하면 대손세액공제가 가능하고, 확정신고 때 공제하지 못했다면 경정청구로 공제받을 수 있다고 안내해요.
임차인이 폐업해 소멸시효 완성 전이라도 회수 불능이 객관적으로 입증되면 대손이 확정된 날이 속하는 과세기간의 확정신고에서 공제받을 수 있다는 국세상담센터 답변이 있습니다.
연체 차임 일부를 받고 나머지를 면제해 주었다면 면제한 금액은 대손세액공제 사유가 아니라는 국세상담센터 답변이 있습니다.
공제받은 뒤 대손금액을 회수하면 회수한 날이 속하는 과세기간의 매출세액에 관련 대손세액을 더합니다(법 제45조 제1항 단서).
임차인이 폐업하기 전에 임대인이 대손세액공제를 받았고 임차인이 그 세액을 매입세액으로 공제받았다면, 임차인은 대손이 확정된 날이 속하는 과세기간에 같은 금액을 매입세액에서 빼야 해요. 공급자의 관할 세무서장이 공제 사실을 임차인의 관할 세무서장에게 통지합니다(법 제45조 제3항, 시행령 제87조 제3항).

4. 보증금 공제와 대손의 순서

법 제45조 제1항은 회수할 수 없는 경우를 대손세액공제의 요건으로 하므로, 보증금에서 공제해 받을 수 있는 연체액은 대손 대상이 아닙니다. 대법원 2025. 3. 27. 선고 2024다302217 판결은 임대인의 보증금 반환의무가 임대차 종료 후 목적물을 돌려받을 때까지 생긴 연체 차임 등 모든 채무를 공제한 나머지에 대해서만 이행기에 이른다고 보았습니다. 또 시효가 지난 연체 차임을 자동채권으로 삼은 상계는 인정되지 않지만, 연체 중에도 보증금에서 연체 차임을 충당하지 않은 임대인의 신뢰와 연체 상태로 임대차를 이어 온 임차인의 묵시적 의사를 감안하면 민법 제495조를 유추적용해 임대차가 최종 종료되어 목적물이 반환될 때 보증금에서 공제할 수 있다고 보았습니다(대법원 2016. 11. 25. 선고 2016다211309 판결을 인용). 이 사건에서 대법원은 공제 여부를 따지지 않은 원심을 파기·환송했으며, 실제 공제가 인정되는지는 사안마다 달라지므로 정산 전에 세무사·변호사에게 확인해요. 월 차임 채권은 3년이면 시효가 완성될 수 있으므로(민법 제163조 제1호, 위 사건에서도 계약 종료일부터 3년이 지나 시효가 완성된 것으로 원심이 판단), 오래된 연체분이 있어도 보증금 정산 목록에는 모두 올리고 공제 가능 여부를 따로 검토해요.

순서	할 일	세무·회계 처리
1	연체 차임과 부가세 합계 확정, 월별 세금계산서 발급 여부 대조	미발급 월분은 먼저 발급하고 가산세 여부 점검
2	임대차 종료와 목적물 반환 시 보증금에서 연체 차임 공제	임대보증금 감소, 미수금 회수 처리
3	보증금으로 메우지 못한 잔액 확정	임차인 재산·폐업 여부 확인, 회수 노력 기록
4	잔액에 대한 대손 사유 충족 판단	확정신고에서 대손세액공제
5	공제 후 회수되는 금액 관리	회수한 과세기간의 매출세액에 가산

5. ㈜예시상사의 연체 5개월 계산

㈜예시상사는 상가를 임대하는 일반과세 법인사업자입니다. 월 차임은 공급가액 3,000,000원에 부가세 300,000원, 합계 3,300,000원이고, 임차인 A는 2026년 4월분부터 8월분까지 5개월을 내지 않았습니다. 4~6월분이 쌓여 해지할 수 있게 됐고, 임차인이 8월 말에 건물을 비워 8월분까지 세금계산서를 발급했습니다. 금액은 원 단위입니다.

구간	개월	공급가액	세액	합계	신고
4~6월분	3	9,000,000	900,000	9,900,000	1기 확정신고 매출세액
7~8월분	2	6,000,000	600,000	6,600,000	2기 신고 매출세액
합계	5	15,000,000	1,500,000	16,500,000	입금 없이 신고·납부

경우 가. 보증금이 30,000,000원이면 연체 차임 16,500,000원을 공제하고 13,500,000원을 돌려줘요. 미수금이 전액 회수되므로 대손세액공제 대상이 없습니다.

차변 계정	차변 금액	대변 계정	대변 금액
임대보증금	30,000,000	미수금	16,500,000
		보통예금	13,500,000

경우 나. 보증금이 5,500,000원이면 같은 공제로 5,500,000원을 회수하고 11,000,000원(공급가액 10,000,000원, 세액 1,000,000원)이 남습니다. 이 잔액이 대손 사유를 갖추면 대손세액은 11,000,000원 × 10/110으로 1,000,000원입니다. 사유를 갖춘 날이 속하는 과세기간의 확정신고에서 대손세액 공제(변제)신고서와 증명서류를 내면 그 과세기간 매출세액에서 1,000,000원이 빠집니다.

시점	차변	대변
보증금 공제	임대보증금 5,500,000	미수금 5,500,000
대손 확정	대손상각비 10,000,000, 부가세예수금 1,000,000	미수금 11,000,000

대손충당금이 있다면 대손상각비 대신 충당금을 먼저 줄입니다. 법인세에서 대손금을 손금으로 인정받는 사업연도는 사유에 따라 사유가 발생한 날 또는 손비로 계상한 날이 속하는 사업연도로 갈리므로(법인세법 시행령 제19조의2 제3항) 부가세 공제 시기와 따로 확인해요.

6. 자주 하는 실수와 연체 대응 체크리스트

자주 하는 실수

입금이 없다고 세금계산서 발급을 미룸 — 확정신고 기한까지 늦게 발급하면 공급가액의 1%, 끝내 발급하지 않으면 2%가 가산세입니다.
연체분을 깎아 주고 대손세액공제를 신청 — 면제한 금액은 대손세액공제 사유가 아니라는 국세상담센터 답변이 있으므로 감액 합의가 있었다면 사유를 따로 확인해요.
보증금이 있는데 연체 전액을 대손으로 처리 — 보증금에서 공제해 받을 수 있는 금액은 회수할 수 있는 돈이라 대손 대상이 아닙니다.
시효가 지난 연체 차임을 정산 목록에서 뺌 — 연체 중 보증금에서 충당하지 않고 임대차를 이어 온 경우에는 시효가 지난 연체 차임도 최종 반환 때 보증금에서 공제할 수 있다는 판례가 있으므로 목록에 올리고 공제 가능 여부를 검토해요.
폐업·행방불명 임차인의 회수 불능을 입증할 자료를 남기지 않음 — 강제집행불능조서처럼 회수할 재산이 없음을 객관적으로 보여 주는 자료가 필요합니다.
대손세액공제를 받은 채권의 회수분을 매출세액에 더하지 않음 — 회수한 날이 속하는 과세기간에 더해야 해요.

연체 대응 체크리스트

연체 월분마다 계약상 지급일 기준으로 세금계산서를 발급했다
연체액이 3기분에 이른 날과 해지 통지일, 해지 효력일을 기록했다
미수금 원장과 세금계산서 발급 내역의 월·공급가액·세액이 일치한다
보증금 정산서에 시효가 지난 월분을 포함한 연체 차임 전체를 올리고 시효 지난 분의 공제 가능 여부를 검토했다
보증금으로 메운 금액을 뺀 잔액만 대손 검토 대상으로 확정했다
잔액에 적용할 대손 사유와 증빙을 갖췄다
확정신고서에 대손세액 공제(변제)신고서와 증명서류를 첨부했다
공제 후 회수되는 금액을 회수한 과세기간 매출세액에 더할 일정을 정했다

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