직원이 줄어든 해의 법인세 신고 — 감면 한도 축소, 공제 배제, 이미 받은 공제 점검
- 상시근로자 수가 직전 과세연도보다 줄어든 해에는 중소기업 특별세액감면 한도가 감소 인원 1명당 5백만원씩 줄어들고, 근로소득 증대 세액공제와 경영성과급 세액공제 등은 적용되지 않습니다. 이미 받은 정규직 전환 공제와 육아휴직 복귀자 공제는 2년 안에 근로관계가 끝나면 납부 대상이 돼요.
올해 말 상시근로자 수를 세어 보니 작년보다 줄어 있는 회사가 법인세 신고서를 앞에 두면, 이미 받은 고용 관련 세액공제를 토해 내야 하는지부터 걱정하게 돼요. 그런데 인원 감소의 영향은 한 곳에서만 나타나지 않습니다. 이번 연도에 새로 받으려던 공제가 아예 막히는 경우, 공제는 받되 금액이 줄어드는 경우, 이전 연도에 받은 공제를 다시 납부하는 경우로 갈려요. 어느 조문이 어느 방식으로 반응하는지를 신고 전에 한 번에 점검하면 누락도, 과다 공제도 막을 수 있습니다.
먼저 인원 감소를 확정하는 기준
대부분의 조문은 해당 과세연도의 상시근로자 수와 직전 과세연도의 상시근로자 수를 비교해요. 상시근로자의 범위와 수의 계산 방법은 조문마다 대통령령에 위임되어 있어서(조세특례제한법 제7조 제5항, 제29조의4 제8항, 제29조의8 제9항), 급여 대장의 단순 재직 인원과 다를 수 있습니다. 통합고용세액공제의 상시근로자에서는 근로기간이 1년 미만인 근로자, 임원, 최대주주와 그 배우자·친족, 근로소득세 원천징수와 국민연금·건강보험료 납부가 모두 확인되지 않는 사람이 빠지고, 단시간근로자는 월 평균 근로시간이 60시간 이상이어야 포함됩니다(조세특례제한법 시행령 제26조의8 제2항). 중소기업 특별세액감면은 같은 취지의 시행령 제23조 제10항부터 제13항을 준용하는데(시행령 제6조 제7항), 제외 대상의 세부 문구가 조문마다 조금씩 다르므로 비교 기준표를 먼저 만들어요.
- 직전 과세연도와 해당 과세연도의 상시근로자 수를 같은 방식으로 계산했는지 확인해요.
- 근로자별 근무 개월 수를 기준으로 합산하며 매월 말 현재 근무하고 있는 달을 근무 개월 수에 넣습니다. 계산한 수는 100분의 1 미만을 버려요. 그래서 연말 시점 인원만 보고 판단하지 않습니다.
- 인원이 줄었는지 여부는 조문별로 따로 판단해요. 같은 회사라도 청년 등 상시근로자 수와 전체 상시근로자 수가 다르게 움직일 수 있습니다.
영향 방식별로 나눈 점검 대상
아래 표는 이번 신고에서 확인할 조문을 인원 감소가 미치는 영향별로 묶은 것입니다.
| 영향 방식 | 조문 | 인원이 줄었을 때 |
|---|---|---|
| 감면 한도 축소 | 조특법 제7조 제1항 제3호(중소기업 특별세액감면) | 한도 1억원에서 감소 인원 1명당 5백만원을 뺌, 음수면 0원 |
| 공제 배제 | 조특법 제29조의4 제1항·제3항·제5항(근로소득 증대 세액공제) | 상시근로자 수가 직전 과세연도보다 크거나 같아야 하므로 감소하면 공제 불가 |
| 공제 배제 | 조특법 제29조의8 제4항(2024년 정규직 전환 인원 공제), 제5항(육아휴직 복귀자 공제) | 상시근로자 수가 직전 과세연도보다 감소하면 공제하지 않음 |
| 공제 배제 | 조특법 제19조 제1항 단서(성과공유 중소기업 경영성과급 세액공제) | 상시근로자 수가 감소하면 공제하지 않음 |
| 증가분 공제 없음 | 조특법 제29조의8 제1항(통합고용세액공제) | 상시근로자 수가 증가한 과세연도에만 적용하므로 감소 연도에는 공제 대상 없음 |
| 추가납부 | 조특법 제29조의8 제7항, 제29조의4 제4항 | 제29조의8은 정규직 전환일·육아휴직 복직일부터 2년 안에, 제29조의4 제4항은 근로소득 증대 세액공제(정규직 전환 근로자분)를 받은 과세연도 종료일부터 1년이 되는 날이 속하는 과세연도 종료일까지 근로관계를 종료한 경우 이미 받은 공제액 납부 |
중소기업 특별세액감면 한도 축소
조특법 제7조 제1항은 감면 업종을 경영하는 중소기업의 소득세 또는 법인세에 업종·지역·규모별 감면 비율을 곱한 세액을 감면하되, 제3호에 따른 금액을 한도로 둬요. 한도는 상시근로자 수가 직전 과세연도보다 줄었는지에 따라 달라져요.
- 상시근로자 수가 감소하지 않은 경우: 1억원
- 감소한 경우: 1억원에서 감소한 상시근로자 1명당 5백만원씩을 뺀 금액이며, 계산 결과가 음수이면 0원
이 규정은 감면 자체를 없애는 것이 아니라 한도만 깎습니다. 그러므로 감면 계산 세액이 한도보다 작으면 인원이 줄어도 실제 감면액은 달라지지 않습니다. 반대로 감면 계산 세액이 큰 회사일수록 인원 감소의 영향이 크게 나타납니다. 20명 이상 줄면 한도가 0원이 되어 감면을 받을 수 없습니다.
근로소득 증대 세액공제와 경영성과급 공제의 배제
근로소득을 증대시킨 기업에 대한 세액공제는 직전 3년 평균 초과 임금증가분의 100분의 20(중견기업은 100분의 10)을 공제하는 제도입니다(조특법 제29조의4 제1항, 2028년 12월 31일이 속하는 과세연도까지). 요건 중 하나가 해당 과세연도의 상시근로자 수가 직전 과세연도의 상시근로자 수보다 크거나 같을 것입니다(제1항 제2호). 같은 조 제3항 제2호(정규직 전환 근로자 임금증가분 공제)와 제5항 제2호(전체 중소기업 평균임금증가분 초과분 공제)에도 같은 요건이 있습니다. 한 명이라도 줄었다면 임금이 많이 올랐더라도 이 공제는 적용되지 않습니다.
성과공유 중소기업(중소기업 인력지원 특별법 제27조의2 제1항에 따른 중소기업)이 상시근로자에게 2027년 12월 31일까지 경영성과급을 지급하면 그 금액의 100분의 10을 공제하는 제도도 같은 구조입니다. 조특법 제19조 제1항 단서에 따라 해당 과세연도의 상시근로자 수가 직전 과세연도보다 감소하면 공제하지 않습니다.
통합고용세액공제와 추가납부
통합고용세액공제의 기본 공제(조특법 제29조의8 제1항)는 해당 과세연도의 상시근로자 수가 직전 3개 과세연도 중 1개 이상 과세연도의 상시근로자 수보다 증가한 경우에 적용해요. 감소한 연도에는 증가 인원이 없으므로 이 항으로 받을 공제도 없습니다.
인원이 줄었을 때 구분해서 볼 부분은 아래 두 가지입니다.
- 정규직 전환 공제(제4항)와 육아휴직 복귀자 공제(제5항): 해당 과세연도의 상시근로자 수가 직전 과세연도보다 감소하면 그 연도에는 공제하지 않습니다. 제4항은 2024년 1월 1일부터 12월 31일까지 전환한 인원이 대상이어서 2026년 과세연도 신고에서 새로 받을 일은 없고, 제5항은 2026년 12월 31일까지 복직시킨 육아휴직 복귀자가 대상입니다.
- 이미 받은 제4항·제5항 공제의 추가납부(제7항): 정규직 전환일 또는 육아휴직 복직일부터 2년이 지나기 전에 해당 근로자와의 근로관계를 종료하면, 근로관계가 종료한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 공제받은 세액에 상당하는 금액을 납부해요. 이월되어 아직 공제받지 못한 금액이 있으면 그 금액을 뺀 나머지가 납부 대상입니다.
현행 제29조의8에는 제1항 공제에 대한 추가납부 규정이 없고, 제3항은 2025년 12월 23일 개정으로 삭제되었습니다. 다만 2025년 이전 과세연도에 통합고용세액공제나 그 전신인 고용증대세액공제(조특법 제29조의7, 2024년 12월 31일이 속하는 과세연도까지), 중소기업 사회보험료 세액공제(조특법 제30조의4)를 받았다면 개정 부칙의 경과규정에 따라 당시 조문의 사후관리가 계속 적용되는지 법령 원문의 부칙에서 확인해야 해요. 제29조의7 제2항은 최초 공제 과세연도의 종료일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도의 종료일까지 전체 상시근로자 수가 최초 공제 과세연도보다 감소하면 감소한 과세연도부터 공제를 적용하지 않고 공제받은 세액을 납부하도록 해요. 제30조의4 제2항은 같은 취지로 1년이 되는 날이 속하는 과세연도의 종료일까지를 봅니다. 예를 들어 12월 결산 법인이 2024년 과세연도에 고용증대세액공제를 처음 받았다면 2년이 되는 날이 속하는 과세연도는 2026년이므로, 이번 신고에서도 전체 상시근로자 수가 최초 공제 과세연도보다 줄었는지 확인해요.
㈜예시상사 숫자 예시
㈜예시상사는 본점과 사업장이 모두 수도권 밖에 있는 제조업 소기업입니다. 직전 과세연도 상시근로자는 20명, 이번 과세연도는 17명으로 3명이 줄었습니다. 감면 대상 사업장에서 발생한 소득에 대한 법인세가 3억원이고 감면 비율은 100분의 30(소기업·수도권 외·제조업)입니다.
| 항목 | 계산 | 금액 |
|---|---|---|
| 감면 계산 세액 | 3억원 × 30% | 9,000만원 |
| 감면 한도 | 1억원 - (3명 × 5백만원) | 8,500만원 |
| 실제 감면액 | 9,000만원과 8,500만원 중 작은 금액 | 8,500만원 |
| 인원이 줄지 않았다면 감면액 | 9,000만원과 1억원 중 작은 금액 | 9,000만원 |
| 인원 감소로 줄어든 감면액 | 9,000만원 - 8,500만원 | 500만원 |
같은 회사가 이번 연도에 근로소득 증대 세액공제와 경영성과급 세액공제를 신청하려 했다면 두 공제 모두 적용할 수 없습니다. 상시근로자 수가 직전 과세연도보다 3명 감소했기 때문입니다.
자주 하는 실수
- 감면 한도가 줄어든다는 사실을 놓치고 한도 1억원을 그대로 적용해요. 감소 인원 수를 곱해 한도를 다시 계산해요.
- 인원이 줄지 않았다는 이유만으로 고용 관련 공제를 모두 받을 수 있다고 판단해요. 근로소득 증대 세액공제는 크거나 같으면 되지만, 통합고용세액공제 제1항은 직전 3개 과세연도 중 한 해보다 늘어야 하고, 청년 등 상시근로자 수와 전체 상시근로자 수도 따로 비교해요.
- 임금이 올랐으니 근로소득 증대 세액공제가 된다고 봅니다. 상시근로자 수가 줄면 임금증가율 요건을 충족해도 공제되지 않습니다.
- 전기에 받은 정규직 전환 공제를 올해 신고에서 점검하지 않습니다. 전환 후 2년이 지나기 전에 근로관계를 종료한 근로자가 있는지 신고 전에 확인해요.
- 이미 받은 공제의 사후관리 기간을 현행 조문만 보고 판단해요. 최초 공제를 받은 과세연도와 당시 조문을 기준으로 기간을 계산해요.
신고 전 점검표
- 직전 과세연도와 해당 과세연도의 상시근로자 수를 같은 기준으로 다시 계산했습니다.
- 감소 인원 수를 확정하고 중소기업 특별세액감면 한도(1억원 - 감소 인원 × 5백만원)를 계산했습니다.
- 근로소득 증대 세액공제, 경영성과급 세액공제, 정규직 전환·육아휴직 복귀자 공제를 신청 목록에서 뺐습니다.
- 전기 이전에 받은 통합고용·고용증대·사회보험료 세액공제의 사후관리 기간과 요건을 확인했습니다.
- 정규직 전환일·육아휴직 복직일부터 2년 안에 퇴사한 근로자가 있는지 확인했습니다.
- 세액감면신청서, 세액공제신청서, 공제세액계산서(통합고용세액공제는 상시근로자 명세서 포함)에 감소를 반영한 숫자를 넣었습니다.