내국법인 벤처기업 출자 세액공제 — 신주 취득가액의 5%

벤처기업 출자 세액공제의 뜻과 적용 대상

내국법인이 창업기업, 신기술사업자, 벤처기업, 신기술창업전문회사에 출자해서 주식이나 출자지분을 취득하면, 취득가액의 5%를 그 사업연도의 법인세에서 공제받아요. 조세특례제한법 제13조의2가 정한 제도로, 2028년 12월 31일까지 취득하는 분이 대상이에요. 투자자가 개인이면 소득공제(엔젤투자 소득공제 세무)가 적용되고, 법인이 투자자일 때는 이 세액공제가 적용돼요.

출자 대상 기업은 각각 다른 법률로 정해져요.

• 창업기업은 중소기업창업 지원법에 따른 창업기업이에요.
• 신기술사업자는 기술보증기금법에 따른 신기술사업자예요.
• 벤처기업은 벤처기업육성에 관한 특별법에 따른 벤처기업이에요.
• 신기술창업전문회사는 벤처기업육성에 관한 특별법에 따른 회사로서 중소기업기본법상 중소기업에 한정돼요(법 제13조 제1항 제1호).

투자 법인 쪽에서는 시행령 제12조의2 제1항이 일부를 제외해요. 벤처투자회사와 창업기획자, 신기술사업금융업자, 벤처기업출자유한회사, 기금운용법인등, 그리고 시행령 제12조 제3항에 해당하는 법인은 이 공제 대상이 아니에요. 이들은 법 제13조의 주식양도차익 비과세 대상으로 따로 열거된 법인이에요. 일반 사업법인이 스타트업에 지분 투자하는 경우가 이 공제의 주된 대상이에요.

핵심 기준

출자는 신주를 인수하는 방식으로만 인정돼요. 조세특례제한법 제13조의2 제4항이 출자를 기업 설립 시 자본금 납입과 설립 후 7년 이내 유상증자 납입, 두 가지로 한정하고, 타인 소유의 주식을 사서 취득하는 경우는 빼기 때문이에요. 구주를 사들인 투자는 대상이 아니에요.

간접 출자

직접 출자 말고 조합을 거치는 경로도 있어요.

제2항은 2025년 12월 23일 개정으로 신설됐고, 제3항은 2023년 12월 31일 신설 후 2025년 12월 23일에 개정됐어요. 제3항의 두 금액은 첫째, 주식 취득가액과 민간재간접벤처투자조합 투자금액의 100분의 60 중 큰 금액의 5%예요. 둘째, 해당 사업연도 취득가액이 직전 3개 사업연도 평균 취득가액을 넘는 경우 그 초과액의 5%예요. 제2항에서 시행령이 정하는 금액의 계산식(시행령 제12조의2 제3항)과 두 항의 적용 시기는 시행령과 부칙을 확인해야 해요.

신청

세액공제를 받으려면 세액공제신청을 해야 해요(법 제13조의2 제6항). 제1항 공제는 과세표준신고와 함께 세액공제신청서를 납세지 관할 세무서장에게 내요(시행령 제12조의2 제7항).

사후관리와 한도

5년 안에 지배주주가 되면 추징돼요. 공제를 받은 법인이 주식을 취득한 후 5년 이내에 피출자법인의 지배주주등에 해당하게 되면, 그날이 속하는 사업연도의 과세표준신고를 할 때 공제받은 세액에 이자상당가산액을 더해 법인세로 내야 해요(법 제13조의2 제5항). 지배주주등의 범위는 법인세법 시행령 제43조 제7항을 따라요(시행령 제12조의2 제6항). 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 1 이상을 소유한 주주등으로서, 특수관계에 있는 자와의 소유 합계가 주주등 가운데 가장 많은 경우의 그 주주등이에요. 이자상당가산액은 공제받은 세액에, 공제받은 사업연도의 과세표준신고일 다음 날부터 사유 발생일이 속하는 사업연도의 과세표준신고일까지의 기간과 1일 10만분의 22를 곱해요(시행령 제12조의2 제5항).

최저한세가 적용돼요. 제13조의2는 조세특례제한법 제132조 제1항 제3호에 열거된 세액공제여서, 공제 후 세액이 최저한세액에 못 미치면 못 미치는 부분의 공제는 배제돼요. 자세한 계산은 최저한세에 있어요.

못 받은 공제는 이월돼요. 납부할 세액이 없거나 최저한세에 미달해서 공제받지 못한 금액은 다음 과세연도 개시일부터 10년 이내에 끝나는 과세연도에 넘겨 공제받아요(제144조 제1항).

계산·처리 예시

㈜예시상사는 중소기업이고, 설립 3년 된 벤처기업 ㈜예시벤처의 유상증자에 참여해 신주 2억 원어치를 대금 납입으로 취득했어요. 특수관계는 없고 다른 감면과 공제는 없다고 가정해요.

• 공제액: 2억 원 × 5% = 1,000만 원

사례 1: 한도 안에서 전액 공제

• 과세표준이 3억 원이면 산출세액은 2억 원 × 10% + 1억 원 × 20% = 4,000만 원이에요(2026년 1월 1일 이후 개시 사업연도 세율).
• 공제 후 세액은 4,000만 원 - 1,000만 원 = 3,000만 원이에요.
• 중소기업 최저한세는 3억 원 × 7% = 2,100만 원이에요. 3,000만 원이 이보다 크니 배제되는 부분이 없어요. 납부할 법인세는 3,000만 원이에요.

사례 2: 최저한세 때문에 일부 이월

• 과세표준 1억 원이면 산출세액은 1억 원 × 10% = 1,000만 원이고, 최저한세는 1억 원 × 7% = 700만 원이에요.
• 신주 8억 원을 취득했다면 공제액은 4,000만 원이에요. 그런데 공제 후 세액이 최저한세 700만 원 아래로 내려가면 안 되므로 이번 사업연도에 공제받는 금액은 1,000만 원 - 700만 원 = 300만 원이 한도예요.
• 못 받은 3,700만 원은 10년 이내에 끝나는 과세연도에 이월돼서, 이후 사업연도의 법인세에서 같은 방식으로 공제받아요.

회계 처리는 주식 취득만 분개하고, 세액공제는 법인세 신고 단계에서 반영해요.

자주 하는 실수

• 구주를 사고도 공제를 받는다. 타인이 가진 주식을 매입해서 취득한 경우는 제외돼요. 유상증자나 설립 시 납입으로 취득한 신주만 대상이에요.
• 설립 후 7년이 지난 회사의 증자에 참여한다. 유상증자는 기업이 설립된 후 7년 이내에 해야 해요. 법에 따른 기업 구분(창업기업, 벤처기업 등)에 해당해도 7년이 지난 증자는 요건에 안 맞아요.
• 특수관계인 주식 취득분까지 공제한다. 법인세법 시행령 제2조 제8항의 특수관계인 소유 주식을 취득한 금액에는 공제가 없어요.
• 5년 안에 지배주주가 되는 것을 놓친다. 추가 투자로 지분이 늘어 지배주주등이 되면 공제액 전부에 이자상당가산액이 붙어 추징돼요.
• 최저한세를 빼놓고 계산한다. 공제액을 산출세액에서 그대로 빼면 최저한세 배제분을 놓쳐요. 못 받은 부분은 이월 대상으로 관리해요.
• 세액공제신청서를 내지 않는다. 제1항 공제는 과세표준신고와 함께 제출해야 해요.

관련 문서

• 최저한세
• 벤처기업 — 확인 요건과 세제 혜택
• 법인세 세액공제·감면
• 엔젤투자 소득공제 세무