통상임금 소송으로 지난해 임금 차액을 지급할 때 — 귀속연도 구분, 연말정산 재정산, 원천세 신고 순서

2. 귀속연도별 처리 방식과 일정

지급하는 달에는 차액을 귀속연도별로 나누어 각각 다르게 처리해요.

2026년 귀속분은 해당 연도 총급여에 들어가므로 지급월의 원천징수액이 다소 달라도 연말정산에서 맞춰집니다. 반면 2024년과 2025년 귀속분은 연말정산이 끝났기 때문에 지급하는 달에 세액을 확정해 징수해야 해요.

3. 직전 연도 귀속분 연말정산 재정산 순서

소득세법 제137조 제1항은 연말정산의 계산 순서를 정해요. 근로소득금액에 직원이 신고한 내용대로 종합소득공제를 적용해 과세표준을 구하고, 기본세율로 산출세액을 계산한 뒤, 이미 원천징수한 세액과 세액공제를 빼서 추가 납부세액을 정해요. 여기서 말하는 재정산은 이 계산 순서를 귀속연도의 자료에 다시 적용한 처리입니다.

1. 직원별 차액 확정: 판결이나 합의에 따른 지급 내역에서 직원별·귀속연도별·월별 차액표를 만들어요. 퇴사자도 같은 표에 넣습니다.
2. 귀속연도 연말정산 자료 확보: 당시 총급여, 직원이 소득공제 신고서로 낸 공제 내용, 세액공제, 결정세액을 꺼내요.
3. 총급여 재계산: 당초 총급여에 차액을 더하고 근로소득공제를 다시 적용합니다. 근로소득공제는 총급여 구간별로 정해지며 2,000만 원이 한도입니다(소득세법 제47조).
4. 비과세 재판정: 연장·야간·휴일근로수당 비과세를 적용하던 생산직 직원은 월정액급여 요건, 직전 과세기간 총급여액 요건, 연 240만 원 한도를 귀속연도에 시행되던 기준으로 다시 확인합니다(소득세법 제12조 제3호 더목, 같은 법 시행령 제17조).
5. 세액 재계산: 종합소득공제는 당초 신고 내용을 그대로 쓰고, 기본세율(소득세법 제55조)로 산출세액을 구한 뒤 세액공제를 빼서 새 결정세액을 정해요.
6. 추가 납부세액 산정: 새 결정세액에서 당초 연말정산으로 확정된 결정세액을 빼요. 환급이 나오면 원천징수해 납부할 소득세에서 조정하여 돌려줍니다(소득세법 시행령 제201조).
7. 지급액에서 징수: 지급하는 차액에서 추가 소득세와 그 10%인 개인지방소득세를 함께 징수합니다(지방세법 제103조의13 제1항). 징수할 세액이 지급할 근로소득보다 크면 초과분은 다음 달 근로소득을 지급할 때 징수하고, 다음 달 지급할 근로소득이 없는 퇴사자는 예외입니다(소득세법 제139조).
8. 영수증과 지급명세서 확인: 금액이 달라진 귀속연도의 원천징수영수증을 다시 발급하고, 지급명세서는 귀속연도분을 정정해 제출하는지 지급연도분에 반영하는지 홈택스나 관할 세무서에서 확인해요.

4. ㈜예시상사 재정산 계산 예시

㈜예시상사가 2026년 7월 31일에 직원 A에게 통상임금 차액 5,400,000원을 지급해요. 귀속연도별로는 2024년분 2,000,000원, 2025년분 2,400,000원, 2026년분(1월~5월) 1,000,000원입니다. 아래에서는 2025년분 재정산만 계산해요. 2024년분도 같은 방식으로 계산하고, 2026년분은 내년 2월 연말정산에 합산해요. 계산은 종합소득공제 합계 12,000,000원이 차액 때문에 변하지 않고, 근로소득세액공제 외의 세액공제는 없다고 가정해요.

근로소득공제는 총급여 4,500만 원 초과 구간에서 1,200만 원에 초과분의 5%를 더해 계산합니다. 48,000,000원은 12,000,000원에 3,000,000원의 5%인 150,000원을 더한 12,150,000원이고, 50,400,000원은 12,000,000원에 5,400,000원의 5%인 270,000원을 더한 12,270,000원입니다. 산출세액은 과세표준 1,400만 원 초과 5,000만 원 이하 구간의 기본세율에 따라 840,000원에 1,400만 원 초과분의 15%를 더해요. 당초는 840,000원에 9,850,000원의 15%인 1,477,500원을 더한 2,317,500원이고, 재정산은 840,000원에 12,130,000원의 15%인 1,819,500원을 더한 2,659,500원입니다.

근로소득세액공제에는 한도가 있습니다. 총급여 3,300만 원 초과 7,000만 원 이하 구간의 한도는 74만 원에서 총급여 중 3,300만 원을 넘는 금액의 8/1000을 뺀 금액이고, 그 금액이 66만 원보다 적으면 66만 원입니다(소득세법 제59조 제2항). 48,000,000원은 740,000원에서 120,000원을 뺀 620,000원, 50,400,000원은 740,000원에서 139,200원을 뺀 600,800원이어서 두 경우 모두 한도는 66만 원입니다. 산출세액으로 계산한 공제액이 한도보다 크므로 660,000원을 적용했습니다.

2025년분 차액 2,400,000원을 지급할 때의 분개는 다음과 같습니다. 계정과목과 비용을 귀속시킬 기간은 회사의 회계정책(전기 오류수정 여부 등)에 따라 달라지므로 급여로 단순화했고, 4대보험 직원 부담분은 넣지 않았습니다.

소득세 342,000원은 2026년 8월 10일까지 납부해요. 지방소득세 34,200원도 지방세법 제103조의13 제2항에 따라 징수일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 납부해요. 소득세 납부가 늦어지면 국세기본법 제47조의5 제1항에 따라 미납세액의 3%인 10,260원에 법정납부기한 다음 날부터 1일 10만분의 22(같은 법 시행령 제27조의4 제1항)가 더해집니다. 342,000원의 1일분은 약 75원입니다. 3%와 일수에 따른 금액을 합한 가산세는 미납세액의 10%가 한도입니다.

5. 원천세 신고와 지급명세서 처리

지급월 신고

7월에 지급한 차액은 8월 10일까지 원천징수이행상황신고서로 신고해요. 귀속연월과 지급연월이 다르면 신고서를 각각 따로 작성해요. 국세상담센터 안내도 8월 귀속·8월 지급분과 8월 귀속·9월 지급분을 각각 소득 지급일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 신고하도록 안내해요. 귀속연월은 차액이 속하는 달로 정확히 적어야 하고, 연말정산이 끝난 귀속연도의 재정산분을 신고서 어느 칸에 넣을지는 홈택스 입력 화면과 관할 세무서 안내로 확인하시기 바라요. 반기별로 납부하는 사업장은 귀속연월을 1월 또는 7월로만 입력할 수 있어 입력 방법이 다르므로 신고 전에 확인이 필요해요.

수정신고가 필요한 경우

수정신고는 이미 낸 신고서에 오류가 있을 때 써요. 국세상담센터 안내에 따르면 신고서의 귀속연월과 지급연월은 수정할 수 없어서, 잘못 적었다면 삭제요청서로 신고서를 삭제한 뒤 다시 신고하며, 삭제 요청은 원천세 신고 마감 후 2일 이내에만 할 수 있습니다. 정기신고 기한 안에는 같은 귀속·지급월로 다시 전송하면 마감일까지 최종분만 남습니다. 기한이 지난 뒤 이미 낸 신고서를 고치는 방법은 홈택스 안내나 관할 세무서에서 확인해요. 재정산 세액을 잘못 징수해 신고했다면 이 경우에 해당해요.

지급명세서 정정

근로소득 지급명세서의 제출 기한은 지급일이 속하는 과세기간의 다음 연도 3월 10일입니다(소득세법 제164조 제1항). 이미 제출한 2024년·2025년 귀속 지급명세서와 원천징수영수증의 총급여·결정세액은 재정산 결과와 달라져요. 귀속연도분을 정정해 제출하는지, 지급연도분에 반영하는지는 확인하지 못했으므로 홈택스 안내나 관할 세무서에서 확인하시기 바라요. 지급금액이 사실과 다르게 제출된 지급명세서에는 그 금액의 1%가 가산세로 정해져 있으므로(소득세법 제81조의11 제1항 제2호) 달라진 금액이 그대로 남지 않도록 제출 방식을 먼저 확인해요.

6. 자주 하는 실수

• 지급한 해의 소득으로 한꺼번에 처리: 차액 전부를 올해 급여로 보고 간이세액표로 원천징수하면 이미 끝난 연도의 연말정산이 틀린 채 남고, 올해 총급여도 과대하게 잡혀요. 일한 해별로 나누어 처리해요.
• 재정산을 수정신고로 처리: 추가 지급분은 이미 낸 신고서의 오류가 아니라 새로 지급한 소득이므로 지급월의 신고로 내요. 수정신고는 이미 낸 신고서에 오류가 있을 때만 써요.
• 퇴사자 원천징수 생략: 퇴사한 직원에게 지급해도 근로소득 원천징수 대상입니다(소득세법 제127조 제1항 제4호). 퇴사자의 귀속연도 연말정산 자료도 함께 확보해 재정산해요.
• 퇴직금 차액을 근로소득에 합산: 통상임금이 늘어 평균임금과 퇴직금이 늘었다면 그 차액은 퇴직소득이고 수입시기는 퇴직한 날입니다(소득세법 시행령 제50조 제2항). 근로소득 재정산과 분리해 별도로 처리합니다.
• 지연손해금을 임금 차액과 합쳐 처리: 판결문이나 합의서에 지연이자가 따로 적혀 있으면 임금 차액과 분리해 금액을 확인해요. 소득 구분은 관할 세무서에 확인한 뒤 처리해요.
• 직원 본인의 신고 필요성 미안내: 이미 종합소득세 확정신고를 마친 직원은 소득이 늘어 신고한 세액이 신고해야 할 세액에 미치지 못하게 되므로 수정신고 대상일 수 있습니다(국세기본법 제45조 제1항 제1호). 같은 귀속연도에 2개 이상의 회사에서 근로소득을 받은 직원은 합산 정산 여부에 따라 확정신고가 필요할 수 있습니다(소득세법 제73조 제2항).

7. 체크리스트

• 판결·합의 지급 내역으로 직원별·귀속연도별·월별 차액표를 만들었습니다.
• 2024년·2025년 귀속분은 재정산 대상, 2026년 귀속분은 내년 2월 연말정산 합산 대상으로 나누었습니다.
• 귀속연도별 당초 연말정산 자료(총급여, 소득공제 신고 내용, 결정세액)를 확보했습니다.
• 연장·야간·휴일근로 비과세를 적용한 직원의 요건을 귀속연도 기준으로 다시 확인했습니다.
• 추가 소득세와 지방소득세(10%)를 지급액에서 징수하고, 지급월 다음 달 10일 납부 일정을 잡았습니다.
• 귀속연월과 지급연월이 다른 신고서를 따로 작성했습니다.
• 금액이 달라진 귀속연도의 원천징수영수증을 다시 발급하고, 지급명세서 정정·제출 방식을 홈택스나 세무서에서 확인했습니다.
• 퇴사자·이직자·이미 확정신고를 한 직원에게 소득 증가 사실과 신고 필요성을 안내했습니다.
• 퇴직금 차액과 지연손해금은 근로소득과 분리해 별도로 확인했습니다.