부가세 납부세액 재계산
- 과세·면세 사업을 함께 하는 회사가 공통으로 산 건물·기계 같은 감가상각자산은, 나중에 면세 비율이 5% 이상 달라지면 확정신고 때 공제받은 매입세액을 다시 계산해 더 내거나 돌려받아요.
납부세액 재계산이 뭐예요?
과세 사업과 면세 사업을 함께 하는 회사(겸영사업자: 과세·면세 겸업 시 매입세액 안분)가 두 사업에 같이 쓰는 건물·기계를 사면, 매입세액을 면세 비율만큼 빼고 공제받아요(공통매입세액 안분). 그런데 건물·기계는 몇 년씩 쓰니까, 나중에 면세 사업 비중이 커지거나 작아지면 처음 공제액이 맞지 않게 돼요.
그래서 면세 비율이 5% 이상 달라진 과세기간의 확정신고 때 공제받은 매입세액을 다시 계산해 차이만큼 더 내거나 돌려받아요. 이것이 납부세액 재계산이에요(부가가치세법 제41조, 시행령 제83조).
재계산 요건 3가지
| 요건 | 내용 | 해당 안 되는 경우 |
|---|---|---|
| 대상 자산 | 감가상각자산(건물·구축물·기계·차량·비품 등) | 원재료·상품·소모품 |
| 처음 처리 | 공통매입세액을 안분해 일부만 공제받았음 | 전액 과세사업용으로 공제받았거나 전액 불공제 |
| 비율 변동 | 면세 비율이 취득한 과세기간(재계산했으면 마지막 재계산 과세기간)보다 5% 이상 증가·감소 | 5% 미만 변동 |
| 신고 시기 | 확정신고 때만 | 예정신고 때는 하지 않음 |
면세 사업에 완전히 전용한 경우는 재계산이 아니라 간주공급으로 처리해요(부가가치세 간주공급).
계산 공식
건물·구축물 > 재계산 세액 = 해당 자산 매입세액 × (1 − 5% × 경과된 과세기간 수) × 증감된 면세 비율
그 밖의 감가상각자산(기계·차량·비품 등) > 재계산 세액 = 해당 자산 매입세액 × (1 − 25% × 경과된 과세기간 수) × 증감된 면세 비율
| 자산 | 과세기간당 차감률 | 재계산이 끝나는 시점 |
|---|---|---|
| 건물·구축물 | 5% | 20과세기간(10년) 경과 후 |
| 그 밖의 감가상각자산 | 25% | 4과세기간(2년) 경과 후 |
- 경과된 과세기간 수는 취득한 과세기간부터 재계산하는 과세기간 직전까지 센 수예요. 과세기간 중간에 샀어도 그 과세기간 개시일에 산 것으로 봐요.
- 면세 비율이 늘면 계산한 세액을 납부세액에 더하고, 줄면 납부세액에서 빼요.
- 면세 비율 = 해당 과세기간 면세 공급가액 ÷ 총공급가액
:::tip 예시 ㈜예시상사(가공)는 교재 판매(과세)와 도서 판매(면세)를 함께 해요.
- 2025년 1기(1~6월): 공용 물류창고(건물) 취득, 매입세액 1억원
- 2025년 1기 면세 비율 30% → 공제 7,000만원, 불공제 3,000만원
- 2025년 2기·2026년 1기: 면세 비율 32%·33%(변동 5% 미만 → 재계산 없음)
- 2026년 2기(7~12월): 면세 비율 40%(취득 기간보다 10%p 증가)
경과된 과세기간 수: 2025년 1기 → 2026년 2기 = 3
재계산 세액 = 1억원 × (1 − 5% × 3) × 10% = 1억원 × 85% × 10% = 850만원
→ 2027년 1월 25일 2026년 2기 확정신고 때 850만원을 납부세액에 더해요. 다음 재계산은 2026년 2기 면세 비율 40%와 비교해 판단해요. :::
신고 방법
- 과세기간별 면세 비율 표 만들기 — 과세기간마다 면세 공급가액 ÷ 총공급가액을 기록해요.
- 대상 자산 목록 관리 — 공통매입세액을 안분한 감가상각자산의 취득 과세기간·매입세액·당시 면세 비율을 고정자산 대장에 적어요.
- 확정신고 때 비교 — 1기 확정(7월 25일), 2기 확정(다음 해 1월 25일) 신고 전에 비율 변동이 5% 이상인지 확인해요.
- 공제받지 못할 매입세액 명세서 작성 — 서식의 '납부세액 또는 환급세액 재계산 내역'란에 자산별로 적어요.
- 홈택스 입력 — 홈택스 → 신고/납부 → 세금신고 → 부가가치세 → 일반과세자 → 정기신고(확정) → 신고서 작성 중 '공제받지못할매입세액명세서' 선택 → 재계산 내역 입력.
자주 묻는 질문 (FAQ)
Q1. 예정신고 때 면세 비율이 크게 바뀌었어요. 그때 해야 하나요?
아니요. 재계산은 확정신고 때만 해요. 예정신고 기간 비율이 아니라 과세기간 전체(6개월) 비율로 판단해요.
Q2. 비율이 5% 넘게 떨어졌는데도 해야 하나요?
네. 증가뿐 아니라 감소도 대상이에요. 감소하면 공제세액이 늘어 납부세액이 줄어요. 빠뜨리면 돌려받을 돈을 놓쳐요.
Q3. 노트북 같은 비품도 해당되나요?
감가상각자산이면 해당돼요. 다만 25%씩 줄어서 취득 후 2년(4과세기간)이 지나면 재계산할 금액이 0이 돼요.
Q4. 면세 공급가액이 없는 과세기간은요?
해당 과세기간에 공급가액이 없으면 공급가액 비율 대신 매입가액 비율·예정공급가액 비율·예정사용면적 비율 중 처음 안분할 때 쓴 기준으로 판단해요(부가가치세법 시행령 제81조·제83조). 처음 안분한 기준을 자산 목록에 적어 두면 헷갈리지 않아요.
자주 하는 실수
취득 때 안분만 하고 자산 목록을 안 남기는 실수 — 몇 년 뒤 비율이 바뀌어도 대상 자산을 모르니 재계산을 빠뜨려요. 증가분을 빠뜨리면 과소신고가산세 10%와 하루 0.022% 납부지연가산세가 붙어요.
직전 과세기간과 비교하는 실수 — 비교 기준은 직전 과세기간이 아니라 취득한 과세기간(또는 마지막으로 재계산한 과세기간)의 비율이에요.
경과 과세기간을 연 단위로 세는 실수 — 부가세 과세기간은 6개월이에요. 1년은 2과세기간으로 세야 해요.
실무 체크리스트
- 공통매입세액을 안분한 감가상각자산 목록 만들기
- 자산별 취득 과세기간·매입세액·당시 면세 비율 적기
- 과세기간마다 면세 비율 계산해 기록하기
- 확정신고 전 비교 기준 비율과 5% 이상 차이 나는지 확인하기
- 공제받지 못할 매입세액 명세서 재계산란 작성하기
- 재계산한 과세기간의 면세 비율을 다음 비교 기준으로 갱신하기