조합법인 당기순이익과세 — 대상 조합과 9%·15% 계산

조합법인 당기순이익과세의 뜻과 적용 대상

조합법인 당기순이익과세는 농협·수협·신협·새마을금고 같은 조합이 일반 법인처럼 세무조정을 거쳐 과세표준을 구하지 않고, 결산재무제표의 당기순이익에서 출발해 낮은 세율을 적용받는 특례예요. 근거는 조세특례제한법 제72조(조합법인 등에 대한 법인세 과세특례)이고, 2028년 12월 31일 이전에 끝나는 사업연도까지 적용돼요.

적용 대상은 제72조 제1항 각 호에 적힌 법인이에요.

제3호는 1999년에 삭제됐어요. 협동조합기본법에 따라 설립한 일반 협동조합·사회적협동조합은 이 목록에 없어서 당기순이익과세 대상이 아니에요. 그 조합의 세무는 협동조합 세무에서 따로 다뤄요.

핵심 기준

당기순이익과세는 일반 법인세 계산과 출발점이 달라요. 일반 법인은 세무조정으로 익금·손금을 가감해 과세표준을 구하는데, 조합법인은 결산재무제표상 당기순이익(법인세 등을 공제하지 않은 금액)을 출발점으로 삼아요(제72조 제1항).

더하는 손금불산입액의 범위는 시행령 제69조 제1항이 정해요. 법인세법 제19조의2 제2항(대손금의 손금불산입), 제24조(기부금의 손금불산입)부터 제28조(지급이자의 손금불산입)까지, 제33조(퇴직급여충당금의 손금산입), 제34조 제2항(대손충당금의 손금산입)에 따른 손금불산입액이고, 해당 법인의 수익사업과 관련된 것만 해당해요.

일반 법인의 세율 구조는 법인세율에서 확인할 수 있어요. 조합법인은 위 세율 9%와 15%만 쓰고 일반 누진세율 구간표는 적용하지 않아요.

2016년 12월 31일 이전에 조합법인끼리 합병한 경우에는 합병등기일이 속하는 사업연도와 다음 사업연도에 한해 15% 구분 기준이 20억원이 아니라 40억원이었어요. 이미 지난 사업연도에 관한 규정이라 현재 새로 적용될 일은 없어요.

기부금·기업업무추진비 손금불산입액의 계산

당기순이익에 더하는 기부금·기업업무추진비는 수익사업과 관련된 것만 대상이에요. 시행령 제69조 제3항이 이 범위를 좁혀 주는 규정이에요.

• 조합의 설립 법령이나 정관에 적힌 설립목적을 직접 수행하는 사업(법인세법 시행령 제3조 제1항의 수익사업이 아닌 것)에 쓴 돈은 법인세법 제24조의 기부금이나 제25조의 기업업무추진비로 보지 않아요.
• 조합에 출자한 조합원·회원과 거래해서 생긴 수입금액에는 법인세법 제25조 제4항 제2호 단서를 적용하지 않아요.
• 기부금 손금불산입액을 계산할 때 법인세법 제24조 제2항 제2호의 기준소득금액은 결산재무제표상 당기순이익에 같은 조 제2항 제1호 기부금, 제3항 제1호 기부금, 조세특례제한법 제76조 기부금을 합한 금액으로 봐요(시행령 제69조 제4항).

일반 법인의 기부금 한도 계산은 기부금 손금 한도, 기업업무추진비는 기업업무추진비에서 따로 볼 수 있어요. 조합법인에서는 이 계산을 수익사업 부분에 한정해서 한다는 점이 달라요.

당기순이익과세를 포기하는 절차

당기순이익과세는 포기할 수 있어요. 포기하면 그 이후 사업연도부터 당기순이익과세를 적용하지 않아요(제72조 제1항 단서).

신청서는 재정경제부령으로 정한 서식이고, 국세정보통신망으로 제출해도 돼요(시행령 제69조 제2항). 서식은 신청 전에 시행규칙의 별지 서식에서 현재 양식을 받아 쓰세요.

포기하는 법인은 감면 배제 규정에서도 빠져요. 제72조 제2항은 당기순이익과세를 포기하지 않은 조합법인에게 제7조(중소기업에 대한 특별세액감면), 제24조(통합투자세액공제), 제63조(수도권 밖으로 공장을 이전하는 기업에 대한 세액감면 등) 등 여러 감면·공제 조항을 적용하지 않는다고 정해요. 포기한 법인은 이 배제 대상에서 제외돼서, 일반 법인세 계산 아래에서 해당 요건을 갖춘 감면·공제를 받을 수 있어요.

계산·처리 예시

예시조합(조합법인, 12월 말 결산)의 당기 결산자료가 아래와 같다고 해요.

과세표준은 당기순이익에 손금불산입액을 더한 금액이에요.

2,500,000,000 + 100,000,000 + 50,000,000 = 2,650,000,000원

세액은 20억원까지 9%, 초과분 15%로 나눠 계산해요.

산출세액은 277,500,000원이에요. 법인세 비용을 장부에 반영하는 분개는 아래와 같아요. 다른 세액이 없다고 가정한 단순 예시예요.

중간예납으로 먼저 낸 세액이 있으면 선납세금에서 차감해 미지급법인세를 계산해요. 신고 기한은 사업연도 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월이고, 12월 말 결산이면 3월 31일이에요(법인세법 제60조). 자세한 일정은 법인세 신고 납부 기한에서 볼 수 있어요.

자주 하는 실수

• 협동조합기본법에 따라 설립한 협동조합도 9% 과세 대상이라고 생각하는 실수. 제72조 제1항 각 호는 개별 법률로 설립한 조합만 열거하고 있어서, 협동조합기본법 협동조합은 일반 법인세 계산을 따라야 해요.
• 당기순이익을 곧바로 과세표준으로 쓰는 실수. 수익사업과 관련된 기업업무추진비·기부금 등 손금불산입액을 더해야 해요.
• 15% 적용 기준을 20억원 초과 소득이 아니라 전체 소득으로 착각하는 실수. 15%는 20억원을 넘는 부분에만 적용돼요.
• 조합의 설립목적 사업에 쓴 지출까지 기부금·기업업무추진비로 보는 실수. 시행령 제69조 제3항은 설립목적을 직접 수행하는 사업의 지출을 이 범위에서 빼 줘요.
• 포기 신청 시한을 놓치는 실수. 포기하려는 사업연도의 직전 사업연도 종료일(신설 법인은 사업자등록증 교부 신청일)까지 신청서를 내야 해요.
• 감면·공제를 받을 수 있다고 보고 당기순이익과세를 유지하는 실수. 포기하지 않은 조합법인은 제72조 제2항이 열거한 감면·공제 조항의 적용이 배제돼요.

관련 문서

• 협동조합 세무
• 법인세율
• 법인세 세무조정 핵심
• 기부금 손금 한도
• 농어업 법인 감면