특수관계인간 거래명세서 — 제출 대상과 제출 방법

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요약
  1. 특수관계인과 거래가 있는 내국법인은 거래 금액과 관계없이 법인세 신고와 함께 거래명세서를 내야 해요(법인세법 제52조 제3항, 시행령 제90조 제1항).
  2. 서식은 시행규칙 별지 제52호 특수관계인간 거래명세서(갑)(을)이고, 국제조세조정법 제16조에 따라 내역을 제출한 국제거래는 제외할 수 있어요.
  3. 세무서는 거래에 적용한 시가의 산정 근거 등을 요구할 수 있어서, 시가 근거 자료를 계약서와 함께 보관해 두는 편이 좋아요.

추천 대상 · 특수관계인과 거래가 있는 법인의 법인세 신고 담당 회계 담당자

특수관계인간 거래명세서의 뜻과 제출 대상

특수관계인간 거래명세서는 법인이 그해에 특수관계인과 한 거래의 내용을 법인세 신고와 함께 세무서에 내는 서식이에요. 근거는 법인세법 제52조 제3항이에요. 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 각 사업연도에 특수관계인과 거래한 내용에 관한 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출해야 해요.

제출 대상은 시행령 제90조 제1항이 정해요. 각 사업연도에 특수관계인과 거래가 있는 법인이 대상이고, 법인세법 제60조에 따른 신고와 함께 제출해요. 거래 금액이 얼마 이상이어야 한다는 기준은 조문에 없어서, 거래가 있었다면 금액과 관계없이 대상이에요.

예외는 한 가지예요. 국제조세조정법 제16조에 따라 납세지 관할 세무서장에게 내역을 제출한 국제거래는 이 명세서에서 제외할 수 있어요. 국외 특수관계인과의 거래 서식은 국제거래명세서·요약손익계산서·정상가격 산출방법 신고서에서 다뤄요.

핵심 기준

항목내용근거
제출 의무자사업연도 중 특수관계인과 거래가 있는 내국법인법인세법 제52조 제3항, 시행령 제90조 제1항
제출 시기법인세 과세표준 및 세액 신고와 함께시행령 제90조 제1항
제출처납세지 관할 세무서장법인세법 제52조 제3항
서식별지 제52호서식 특수관계인간 거래명세서(갑)(을)시행규칙 제82조 제1항 제50호
제외 가능한 거래국제조세조정법 제16조에 따라 제출한 국제거래시행령 제90조 제1항 단서
추가 자료 요구거래에 적용한 시가의 산정 및 계산 근거 등시행령 제90조 제2항

신고기한은 사업연도 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내예요. 성실신고확인서를 제출하는 법인은 4개월 이내예요(법인세법 제60조 제1항). 12월 말 결산법인이면 일반적으로 3월 31일이에요.

이 서식은 세무조정계산서 부속서류에 들어가요. 시행규칙 제82조 제1항은 세무조정계산서 부속서류를 구성하는 서식으로 제50호를 포함하고, 그중 해당 법인과 관련된 서류를 내도록 해요. 전자신고를 한 법인이 제출하지 않아도 되는 부속서류의 목록은 같은 조 제3항에 따로 있는데, 이 목록에 제50호는 들어 있지 않아요.

특수관계인의 범위 확인

명세서에 올릴 거래가 있는지는 상대방이 특수관계인인지부터 확인해야 해요. 특수관계인은 법인과 경제적 연관관계 또는 경영지배관계 등이 있는 자로(법인세법 제2조 제12호), 시행령 제2조 제8항이 관계를 열거해요.

관계내용
임원·사실상 영향력 행사자임원의 임면권 행사, 사업방침 결정 등으로 경영에 사실상 영향력을 행사하는 자와 그 친족
비소액주주등소액주주등이 아닌 주주 또는 출자자와 그 친족
임직원 등법인의 임원·직원, 비소액주주등의 직원, 법인이나 비소액주주등의 자산으로 생계를 유지하는 자와 생계를 함께하는 친족
지배적 영향력을 행사하는 관계해당 법인이 직접 또는 특수관계인을 통해 경영에 지배적인 영향력을 행사하는 법인
30% 이상 출자 연결해당 법인에 30% 이상 출자한 법인에 30% 이상 출자하고 있는 법인이나 개인
기업집단독점규제 및 공정거래에 관한 법률상 기업집단 소속 계열회사와 그 임원

본인도 그 특수관계인의 특수관계인으로 봐요(법인세법 제2조 제12호). 특수관계인 판정 전반은 특수관계자 거래 세무에서 더 자세히 볼 수 있어요.

제출 후 점검과 시가 근거 보관

명세서를 낸 뒤에 세무서장이나 관할지방국세청장이 내역을 확인하려고 할 때는 그 거래에 적용한 시가의 산정 및 계산 근거, 그 밖에 필요한 자료의 제출을 요구할 수 있어요(시행령 제90조 제2항). 시가는 불특정 다수와 거래한 가격, 제3자 간 일반 거래가격을 먼저 보고, 그것이 없으면 감정가액 등 순서로 정해요(시행령 제89조).

그래서 특수관계인과 거래할 때는 계약서와 함께 시가 근거를 같은 폴더에 모아 두는 편이 좋아요.

확인 대상모아 둘 자료
자산 매매계약서, 감정평가서 또는 비교 거래 자료
금전 대여·차입대여 약정서, 이자율 산정 자료, 이자 수수 내역
용역·임대차용역 계약서, 임대료 비교 자료, 대금 지급 내역

계산·처리 예시

㈜예시상사(12월 말 결산)는 올해 대표이사가 100% 출자한 ㈜예시물산과 거래했어요. 아래는 신고 전에 정리하는 거래 목록 예시예요.

거래상대방연간 금액
상품 매출㈜예시물산300,000,000원
사무실 임차대표이사 개인24,000,000원
단기 대여금㈜예시물산50,000,000원

목록의 합계는 300,000,000원 + 24,000,000원 + 50,000,000원 = 374,000,000원이에요. 세 거래 모두 상대방이 특수관계인이어서 ㈜예시상사는 명세서 제출 대상 법인에 해당해요. 이 목록을 바탕으로 별지 제52호서식을 작성하고, 시가와 다른 조건이 있는지 함께 점검해요.

시가보다 낮은 이자율로 50,000,000원을 빌려줬다면 부당행위계산 부인 대상이 되어 시가와의 이자 차액이 익금에 산입될 수 있어요(시행령 제88조 제1항 제6호, 제89조 제5항). 이 경우의 세무조정은 부당행위계산 부인 점검 항목에서 확인할 수 있어요.

자주 하는 실수

  • 거래 금액이 작으면 명세서를 안 내도 된다고 보는 실수. 시행령 제90조 제1항은 거래가 있는 법인이면 제출하라고만 정해요.
  • 법인세 신고와 따로 나중에 내도 된다고 보는 실수. 법인세 신고와 함께 제출하는 서류예요.
  • 국외 특수관계인 거래를 이 서식에 중복해서 적어야 한다고 보는 실수. 국제조세조정법 제16조에 따라 내역을 제출한 국제거래는 이 명세서에서 제외할 수 있어요.
  • 특수관계인을 지분율이나 가족 관계만으로 판단하는 실수. 임원 임면권 행사, 생계 유지, 기업집단 소속처럼 시행령 제2조 제8항이 열거한 관계를 모두 봐야 해요.
  • 시가 근거 없이 거래해 두고 세무서의 요구를 받고서야 자료를 만드는 실수. 시행령 제90조 제2항에 따라 시가 산정 근거를 요구받을 수 있어요.
  • 전자신고를 했으니 부속서류 제출이 모두 면제된다고 보는 실수. 시행규칙 제82조 제3항이 정한 목록에 제50호는 포함되지 않아요.

관련 문서

출처와 이력
근거·출처
개정 이력 (1건)
  • 2026-10-13문서 발행

목차

  • 특수관계인간 거래명세서의 뜻과 제출 대상
  • 핵심 기준
  • 특수관계인의 범위 확인
  • 제출 후 점검과 시가 근거 보관
  • 계산·처리 예시
  • 자주 하는 실수
  • 관련 문서