법인세를 기한 후 신고하게 됐을 때 — 창업·중소기업 특별세액감면이 빠지는 범위와 남는 세액공제

배제 목록에 오른 감면의 범위

제128조 제2항에 열거된 조문 중 법인 실무에서 자주 만나는 것은 다음과 같습니다.

같은 항에는 이 밖에 제31조 제4항·제5항, 제32조 제4항, 제62조 제4항, 제85조의6 제1항·제2항 같은 규정도 올라 있습니다. 자신의 법인이 어떤 감면을 적용받아 왔는지는 직전 사업연도 법인세 신고서에 첨부한 세액감면신청서를 보면 알 수 있으므로, 그 서류의 조문 번호를 제128조 제2항 열거 목록과 하나씩 대조하는 방식이 가장 정확해요.

창업중소기업 세액감면(제6조)의 감면 비율은 창업 시기와 지역, 청년창업 여부에 따라 갈려요. 2026년 1월 1일 이후 창업한 경우 수도권 외의 지역 또는 수도권 인구감소지역에서 창업한 청년창업중소기업은 100분의 100, 수도권(과밀억제권역과 인구감소지역 제외)의 청년창업중소기업은 100분의 75이고, 수도권과밀억제권역의 청년창업중소기업과 수도권 외의 지역 또는 수도권 인구감소지역의 창업중소기업은 100분의 50, 수도권(과밀억제권역과 인구감소지역 제외)의 창업중소기업은 100분의 25입니다. 중소기업 특별세액감면(제7조 제1항 제2호)은 소기업이 도매업·소매업·의료업을 뺀 감면 업종을 수도권 외의 지역에서 경영하면 100분의 30, 수도권에서 경영하면 100분의 20이고, 소기업을 제외한 중소기업이 수도권 외의 지역에서 같은 업종을 경영하면 100분의 15입니다. 법인의 본점이나 주사무소가 수도권에 있으면 모든 사업장이 수도권에 있는 것으로 보고 비율을 적용해요. 이런 감면은 해당 사업연도 소득이 클수록 금액이 커지므로, 신고기한을 놓쳤을 때 잃는 금액도 같이 커집니다.

감면은 빠지고 세액공제는 남는 구조

제128조 제2항의 열거 목록에는 세액공제 조문이 거의 없습니다. 중소기업 실무에서 자주 쓰는 다음 공제는 이 열거 목록에 없습니다.

• 제10조 연구·인력개발비에 대한 세액공제
• 제24조 통합투자세액공제
• 제29조의8 통합고용세액공제

이 조문들이 제2항 열거 목록에 없다는 말은 기한후신고라는 사실만으로는 배제되지 않는다는 뜻입니다. 각 조문이 요구하는 요건은 그대로 충족해야 하고, 증빙과 신청 서류도 각 조문과 시행령이 정하는 대로 갖춰야 해요. 제128조 제1항(추계과세)의 열거 목록에는 위 공제 조문이 모두 포함돼 있으므로, 기한후신고를 하면서 추계로 결정되는 상황이라면 별도로 제1항까지 확인해야 해요. 장부를 갖추고 실액으로 신고하는 법인은 제1항이 적용되지 않습니다.

감면과 공제를 함께 쓸 수 있는지는 제127조 제4항이 따로 정해요. 같은 과세연도에 제6조·제7조 감면과 제24조 통합투자세액공제를 모두 적용받을 수 있으면 하나만 선택해야 하고, 제6조 감면을 받는 경우에는 제29조의8 통합고용세액공제를 함께 적용하지 않습니다. 제10조 연구·인력개발비 세액공제는 이 항의 공제 목록에 없습니다. 기한후신고에서는 제6조·제7조 감면 자체가 적용되지 않으므로 이런 선택 문제가 생기지 않고, 공제 요건만 따로 확인하면 됩니다.

세액공제가 남는다고 해서 감면 배제로 늘어난 세액이 모두 상쇄되는 것은 아닙니다. 공제액이 최저한세(제132조)에 걸리거나 해당 과세연도에 납부할 세액이 없어 다 쓰지 못한 부분은 제144조 제1항에 따라 다음 과세연도 개시일부터 10년 이내에 끝나는 과세연도로 이월해 공제할 수 있습니다. 제10조, 제24조, 제29조의8 모두 제144조 제1항 열거 목록에 있습니다. 통합고용세액공제의 적용 과세연도 구분은 제29조의8 제1항과 부칙에서 따로 확인해야 해요.

기한후신고를 하면서 세액공제를 빠뜨렸다면 경정청구가 가능해요. 국세기본법 제45조의2 제1항은 기한후과세표준신고서를 제출한 자도 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 경정을 청구할 수 있다고 하고, 같은 항 제2호는 신고서에 적은 세액공제액이 신고해야 할 세액공제액에 미치지 못하는 경우를 청구 사유로 들고 있습니다.

기한후신고 가산세와 납부

감면이 빠진 세액을 기준으로 가산세가 계산된다는 점이 중요해요. 기한후신고를 하면 신고로 납부해야 할 세액을 납부해야 하고(국세기본법 제45조의3 제2항), 다음 두 가지 가산세가 따라붙습니다.

무신고가산세는 기한후신고 시점에 따라 감면돼요. 국세기본법 제48조 제2항 제2호에 따라 법정신고기한이 지난 후 1개월 이내에 기한후신고를 하면 무신고가산세의 100분의 50, 1개월 초과 3개월 이내이면 100분의 30, 3개월 초과 6개월 이내이면 100분의 20을 감면합니다. 6개월을 넘기면 감면이 없습니다. 과세표준과 세액을 결정할 것을 미리 알고 기한후신고서를 제출한 경우에는 이 감면이 적용되지 않습니다. 감면은 대통령령이 정하는 바에 따라 신청하는 방식입니다(같은 조 제3항).

12월 말 결산 법인의 법정신고기한이 3월 31일이므로, 1개월 이내 기한은 4월 30일 무렵, 3개월 이내는 6월 30일 무렵, 6개월 이내는 9월 30일 무렵으로 가늠하면 돼요. 기한후신고는 관할 세무서장이 결정하여 통지하기 전까지만 할 수 있고(국세기본법 제45조의3 제1항), 신고일부터 3개월 이내에 결정 또는 경정하여 통지해야 하므로(같은 조 제3항) 신고 후 처리 결과도 이 기간 안에 나와요. 부득이한 사유가 있으면 지연 사유를 통지하는 방식으로 늦어질 수 있습니다.

㈜예시상사 계산 예시

㈜예시상사는 본점과 사업장이 모두 수도권 외 지역에 있는 제조업 소기업이고, 12월 말 결산 법인입니다. 해당 사업장 소득에 대한 법인세 산출세액은 40,000,000원, 수입금액은 20억원입니다. 상시근로자 수는 줄지 않았고, 과세표준이 커서 최저한세(제132조)에는 걸리지 않으며, 다른 공제는 없다고 가정해요. 제7조 제1항 제2호 다목에서 소기업이 수도권 외 지역에서 도매업·소매업·의료업이 아닌 감면 업종을 경영하면 감면 비율은 100분의 30이고, 감면한도는 1억원입니다.

법정신고기한(3월 31일)까지 신고했다면 감면액은 40,000,000원 × 30% = 12,000,000원이고, 납부할 세액은 28,000,000원입니다. 신고기한을 놓치고 4월 25일에 기한후신고를 하는 경우는 다음과 같이 계산해요.

정상 신고였다면 28,000,000원이던 부담이 44,211,200원으로 16,211,200원 늘어납니다. 늘어난 금액 중 12,000,000원은 감면 배제로, 4,211,200원은 가산세로 인한 것입니다. 같은 기한후신고를 6월 중에 했다면 무신고가산세 감면이 100분의 30으로 줄어 가산세 부담이 더 커져요. 8,000,000원 × 70% = 5,600,000원이 되기 때문입니다. 지연된 일수가 늘면 납부지연가산세도 같이 늘어나요.

이 법인이 같은 사업연도에 연구·인력개발비 세액공제(제10조) 3,000,000원을 받을 요건을 갖췄다면, 공제는 제128조 제2항 열거 목록에 없으므로 기한후신고서에서도 반영할 수 있습니다. 이 경우 납부할 세액은 40,000,000원이 아니라 37,000,000원이 되고, 무신고납부세액도 같이 줄어 무신고가산세와 납부지연가산세의 기준액도 낮아져요. 기한후신고서를 쓰기 전에 공제 요건을 다시 점검해 공제를 빠뜨리지 않아야 합니다.

신고 전에 확인할 순서

기한이 이미 지났다고 판단되면 다음 순서로 확인하면 시행착오를 줄일 수 있습니다.

자주 하는 실수

• 기한후신고 후에도 감면은 그대로 적용된다고 보는 경우: 제128조 제2항에 따라 제6조·제7조 감면은 배제돼요. 감면을 반영해 세액을 적은 기한후신고서는 나중에 과소신고로 경정될 수 있습니다.
• 가산세만 걱정하고 감면 상실액을 계산하지 않는 경우: 앞의 예시에서 보듯 감면 상실액이 가산세보다 큰 경우가 흔해요.
• 가산세 감면 구간을 서류 작성일로 보는 경우: 감면 구간은 기한후신고를 한 날, 곧 접수일 기준으로 정해져요. 작성은 4월에 끝냈어도 접수가 5월이면 감면이 100분의 50에서 100분의 30으로 줄어들어요.
• 세액공제까지 함께 포기하는 경우: 공제는 제128조 제2항에 열거되어 있지 않아 요건만 갖추면 반영할 수 있습니다. 누락했다면 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 경정청구가 가능합니다.
• 과세관청 결정을 앞두고 신고한 경우를 일반 기한후신고와 같게 보는 경우: 결정할 것을 미리 알고 낸 기한후신고서는 무신고가산세 감면 대상이 아닙니다.

체크리스트

• 법정신고기한(사업연도 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월, 성실신고확인서 제출 법인은 4개월)을 넘겼는지 확인했습니까
• 세무서 결정 통지가 도착하지 않았는지 확인했습니까
• 직전 신고서의 세액감면신청서에서 적용 조문을 확인했습니까
• 제128조 제2항 열거 조문에 해당하는 감면을 신고서에서 뺐습니까
• 열거되지 않은 세액공제의 요건과 증빙을 점검했습니까
• 기한후신고일 기준의 가산세 감면 구간을 계산했습니까
• 납부일까지의 납부지연가산세를 포함해 납부액을 확정했습니까