관세 수정신고·경정청구 — 보정기간 이후 부족세액 정정과 5년 안 환급 청구

절차수정일 택스위키 편집위원회읽는 데 10분근거 12건
요약
  1. 세액이 부족하면 보정기간 이후 부과제척기간(통상 5년) 전까지 수정신고하고, 부족세액의 10% 가산세와 납부지연 이자가 붙어요.
  2. 세액이 과다하면 최초 납세신고일부터 5년 이내에 경정청구하고, 세관장은 2개월 안에 경정 또는 거부 통지를 해요.
  3. 판결 등 특정 사유로 세액이 과다해진 경우에는 그 사유를 안 날부터 2개월 안에 청구해요.

추천 대상 · 수입 관세를 신고납부한 뒤 세액 부족이나 과다 납부를 발견한 중소기업 회계 담당자와 사업자

관세 수정신고·경정청구 뜻과 적용 대상

수입 관세를 신고납부한 뒤 세액을 바로잡는 방법은 시기와 방향에 따라 세 가지로 나뉘어요. 신고납부일부터 6개월 안에 부족세액을 바로잡는 보정신청은 보정이자만 부담하는 방법이고, 그 기간이 지난 뒤에 세액이 모자라다는 사실을 알았을 때는 수정신고를 해요. 반대로 세금을 더 냈다는 사실을 알았을 때는 경정청구로 돌려달라고 요구해요. 근거는 관세법 제38조의3이에요.

수정신고와 경정청구는 국세기본법의 같은 이름 제도와 기한·절차가 달라요. 관세의 수정신고서와 경정청구서에는 수입신고번호와 품명·규격·수량을 적어요(관세법 시행령 제33조, 제34조).

핵심 기준

구분내용근거
수정신고 대상신고납부한 세액이 부족한 경우관세법 제38조의3 제1항
수정신고 기간보정기간(신고납부일부터 6개월)이 지난 날부터 관세 부과제척기간이 끝나기 전까지관세법 제38조의3 제1항, 제21조 제1항
수정신고 후 납부수정신고한 날의 다음 날까지관세법 제38조의3 제1항
수정신고 가산세부족세액의 10%와 납부지연 이자 상당액관세법 제42조 제1항
경정청구 대상신고납부한 세액, 보정신청한 세액, 수정신고한 세액이 과다한 경우관세법 제38조의3 제2항
경정청구 기간최초로 납세신고를 한 날부터 5년 이내관세법 제38조의3 제2항
세관장의 통지경정청구를 받은 날부터 2개월 이내에 세액을 경정하거나 경정할 이유가 없다는 뜻을 통지관세법 제38조의3 제4항
통지를 못 받은 경우2개월이 되는 날의 다음 날부터 이의신청·심사청구·심판청구 또는 감사원 심사청구 가능관세법 제38조의3 제5항
판결 등 사유가 생긴 경우의 경정청구그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2개월 이내관세법 제38조의3 제3항
환급청구권의 소멸시효권리를 행사할 수 있는 날부터 5년관세법 제22조 제2항

수정신고 절차와 가산세

수정신고는 수정신고서를 세관장에게 제출하는 방식이에요. 신고서에는 다음 사항을 적어요(관세법 시행령 제33조).

  1. 해당 물품의 수입신고번호와 품명·규격·수량
  2. 수정신고 전의 품목분류·과세표준·세율·세액
  3. 수정신고 후의 품목분류·과세표준·세율·세액
  4. 가산세액
  5. 기타 참고사항

세관장이 부족세액을 징수할 때 가산세는 두 가지를 합한 금액이에요(관세법 제42조 제1항).

  • 부족세액의 100분의 10
  • 법정납부기한의 다음 날부터 납부일까지의 기간에 대해 대통령령으로 정하는 이자율을 곱한 납부지연 이자 상당액

부정한 행위로 과소신고한 경우에는 부족세액의 100분의 10이 아니라 100분의 60에 상당하는 금액과 납부지연 이자 상당액을 합해서 징수해요(같은 조 제2항). 체납된 관세가 150만원 미만이면 납부지연 이자 상당액 부분은 적용하지 않아요(같은 조 제5항).

경정청구 절차와 처리 기한

경정청구는 경정청구서를 세관장에게 제출해요. 청구서에는 수입신고번호와 품명·규격·수량, 경정 전후의 품목분류·과세표준·세율·세액, 경정사유, 그 밖의 참고사항을 적어요(관세법 시행령 제34조 제1항).

기간이 5년인 일반 경정청구와 달리, 다음 사유로 세액이 과다하다는 사실을 알았을 때는 그 사유를 안 날부터 2개월 안에 청구해요(관세법 제38조의3 제3항, 같은 법 시행령 제34조 제2항).

  • 거래나 행위가 소송 판결(판결과 같은 효력의 화해 등 포함)로 다른 것으로 확정된 경우
  • 최초 신고 때 장부와 증거서류의 압수 등 부득이한 사유로 세액을 계산할 수 없었는데 그 사유가 없어진 경우
  • 원산지증명서 등의 진위 여부를 회신받은 세관장으로부터 회신 내용을 통보받은 경우

세관장이 경정을 하면 환급해야 할 금액은 관세환급금으로 결정해서 30일 이내에 환급해요. 환급받을 사람이 납부해야 할 관세나 가산세 등이 있으면 환급액에서 충당할 수 있어요(관세법 제46조). 환급할 때는 관세환급가산금이 더해져요(같은 법 제48조).

수입물품의 거래가격을 국세 쪽에서 조정한 경우에는 별도의 경정청구 규정이 있어요. 지방국세청장이나 세무서장의 결정·경정 처분을 안 날(통지를 받은 날)부터 3개월 또는 최초로 납세신고를 한 날부터 5년 안에 청구할 수 있어요(관세법 제38조의4 제1항).

관세 부과제척기간

관세는 부과할 수 있는 날부터 5년이 지나면 부과할 수 없어요. 다만 수입신고를 하지 않고 수입한 경우에는 7년, 부정한 방법으로 관세를 포탈하거나 환급·감면받은 경우에는 10년이에요(관세법 제21조 제1항). 관세를 부과할 수 있는 날은 원칙적으로 수입신고한 날의 다음 날이에요(관세법 시행령 제6조).

경정청구가 있으면 제척기간이 지났더라도 경정청구일부터 2개월까지는 경정이나 그 밖의 필요한 처분을 할 수 있어요(관세법 제21조 제2항 제3호). 수정신고는 이 제척기간이 끝나기 전까지만 할 수 있어요(관세법 제38조의3 제1항).

계산·처리 예시

수정신고 예시

㈜예시상사가 2024년 4월 10일에 수입신고를 하고 관세 12,000,000원을 냈어요. 2026년 10월에 점검하다가 과세가격 신고가 잘못돼서 관세가 15,000,000원이 맞다는 사실을 알았어요. 신고납부일부터 6개월이 지났으므로 보정신청은 안 되고 수정신고를 해요.

항목계산금액
당초 납부 관세신고서 기준12,000,000원
수정신고 후 관세과세가격 정정 후15,000,000원
부족세액15,000,000원 - 12,000,000원3,000,000원
가산세 중 부족세액 10%3,000,000원 × 10%300,000원
가산세 중 납부지연 이자 상당액법정납부기한 다음 날부터 납부일까지 × 대통령령 이자율별도 계산(이율은 세관 확인)
수정신고 가능 기간수입신고한 날의 다음 날부터 5년2029년 4월 안(정확한 만료일은 세관 확인)

수정신고한 날의 다음 날까지 부족세액과 가산세를 내요. 분개는 다음과 같아요. 수입 원재료가 아직 재고에 있다고 가정해요.

구분차변대변
부족 관세 납부원재료 3,000,000보통예금 3,000,000
부족세액 10% 가산세 납부세금과공과 300,000보통예금 300,000

경정청구 예시

㈜예시상사가 2022년 6월 20일에 수입신고를 하고 관세 9,000,000원을 냈어요. 2026년 10월에 품목분류가 잘못돼서 세율이 높게 적용됐고, 맞는 관세는 6,500,000원이라는 사실을 알았어요.

항목계산금액
당초 납부 관세신고서 기준9,000,000원
경정 후 관세품목분류 정정 후6,500,000원
환급 청구액9,000,000원 - 6,500,000원2,500,000원
청구 기한최초 납세신고일 2022년 6월 20일부터 5년2027년 6월 20일 이내
세관장 처리 기한청구일부터 2개월10월 20일에 청구하면 12월 20일

환급받을 때의 분개는 다음과 같아요. 해당 원재료가 아직 재고에 남아 있다고 가정해요. 이미 사용하거나 판매한 부분은 원재료 대신 매출원가에서 줄이는 방식으로 반영해요.

구분차변대변
관세 환급보통예금 2,500,000원재료 2,500,000
환급가산금 수령보통예금 환급가산금 상당액이자수익 환급가산금 상당액

환급가산금의 기산일은 경정에 따라 발생한 환급금이면 납부일의 다음 날이에요(관세법 시행령 제56조 제3항 제1호). 이율은 재정경제부령으로 정하는 이자율을 쓰므로(같은 조 제2항) 금액은 환급 결정 때 확인해요.

수입 부가가치세의 과세표준에는 관세가 들어가므로(부가가치세법 제29조 제2항), 관세 세액이 달라지면 수입 부가가치세 매입세액도 달라질 수 있어요. 이 부분은 세관의 경정통지서와 수입 세금계산서를 함께 확인해요.

자주 하는 실수

  • 보정기간이 지났는데 보정신청을 하려고 해요. 신고납부일부터 6개월이 지나면 수정신고로 바로잡아야 하고 부족세액의 10% 가산세가 붙어요.
  • 경정청구 5년의 시작일을 납부일이나 수리일로 잡아요. 경정청구 5년은 최초로 납세신고를 한 날부터 세요(관세법 제38조의3 제2항). 수정신고 가능 기간은 수입신고한 날의 다음 날부터 세는 제척기간에 묶여 있어요. 만료일이 가까우면 마지막 날까지 기다리지 말고 세관에 만료일을 확인해요.
  • 과다 납부를 수정신고로 처리해요. 수정신고는 세액이 부족할 때 쓰는 제도이고, 세액이 많을 때는 경정청구로 환급을 요구해요.
  • 판결이나 회신으로 사유가 생겼는데 5년만 보고 기다려요. 시행령 제34조 제2항의 사유로 세액이 과다한 것을 알았을 때는 그 사유를 안 날부터 2개월 안에 청구해야 해요.
  • 세관장의 통지가 없으면 그냥 기다려요. 청구일부터 2개월이 지나도 통지가 없으면 그 2개월이 되는 날의 다음 날부터 이의신청이나 심판청구 등으로 다툴 수 있어요(관세법 제38조의3 제5항).
  • 환급액만 확인하고 가산금을 놓쳐요. 관세환급금에는 관세환급가산금이 더해져요. 환급 결정서에서 가산금이 포함됐는지 확인해요.

관련 문서

출처와 이력
근거·출처
  • 관세법 제38조의3(수정 및 경정)
  • 관세법 제21조(관세부과의 제척기간)
  • 관세법 제22조(관세징수권 등의 소멸시효)
  • 관세법 제42조(가산세)
  • 관세법 제46조(관세환급금의 환급)
  • 관세법 제48조(관세환급가산금)
  • 관세법 제38조의4(수입물품의 과세가격 조정에 따른 경정)
  • 관세법 시행령 제6조(관세부과 제척기간의 기산일)
  • 관세법 시행령 제33조(수정신고)
  • 관세법 시행령 제34조(세액의 경정)
  • 관세법 시행령 제56조(관세환급가산금 등의 결정)
  • 부가가치세법 제29조(과세표준)
개정 이력 (1건)
  • 2026-10-13문서 발행

목차

  • 관세 수정신고·경정청구 뜻과 적용 대상
  • 핵심 기준
  • 수정신고 절차와 가산세
  • 경정청구 절차와 처리 기한
  • 관세 부과제척기간
  • 계산·처리 예시
  • 수정신고 예시
  • 경정청구 예시
  • 자주 하는 실수
  • 관련 문서