벤처기업 출자자의 제2차 납세의무 면제 — 연구개발비 5% 이상 소기업, 출자자 1명당 2억 원 한도
- 두 요건(연구·인력개발비 5% 이상, 소기업)을 사업연도마다 갖추면 법인세·농어촌특별세·강제징수비의 제2차 납세의무가 면제돼요.
- 면제 금액은 2018년 1월 1일~2028년 12월 31일 성립분에 대해 출자자 1명당 2억 원 한도예요.
- 출자자가 납부고지를 받은 날부터 90일 안에 면제신청서를 내야 하고, 조세범 처벌 이력 등이 있으면 배제돼요.
추천 대상 · 벤처기업 대표·과점주주와 법인 체납 가능성을 점검하는 회계 담당자
벤처기업 출자자 제2차 납세의무 면제의 뜻과 적용 대상
법인이 법인세를 내지 못하면 국가는 먼저 법인 재산에서 받아 가고, 모자라는 금액을 출자자에게 청구할 수 있어요. 이것이 국세기본법 제39조(출자자의 제2차 납세의무)예요. 무한책임사원과 과점주주가 대상이고, 과점주주는 주주 1명과 특수관계인의 지분 합계가 50%를 넘으면서 경영에 지배적인 영향력을 행사하는 사람들이에요. 과점주주의 책임은 부족액에 자기 지분율을 곱한 금액까지로 한정돼요. 대통령령으로 정하는 증권시장에 주권이 상장된 법인은 이 조항 대상에서 빠져요.
조세특례제한법 제15조는 이 책임을 일정한 벤처기업에 한해 줄여 줘요. 다음 두 요건을 사업연도마다 모두 갖추면, 그 사업연도의 법인세와 이에 붙는 농어촌특별세·강제징수비에 대해 출자자가 제2차 납세의무를 지지 않아요.
- 수입금액(법인세법 제43조의 기업회계기준으로 계산한 매출액) 대비 연구·인력개발비 비율이 5% 이상이에요.
- 대통령령으로 정하는 소기업에 해당해요.
혜택을 받는 사람은 법인이 아니라 출자자예요. 법인의 납세의무는 그대로이고, 법인 재산으로 못 낸 부분을 출자자에게 넘기지 않는다는 뜻이에요. 벤처기업의 일반 확인 요건과 법인세 감면은 벤처기업 — 확인 요건과 세제 혜택에서 다루고, 과점주주의 일반 책임은 과점주주: 간주취득세와 제2차 납세의무 주의점에서 다뤄요.
핵심 기준
| 구분 | 내용 | 근거 |
|---|---|---|
| 적용 기간 | 2018년 1월 1일부터 2028년 12월 31일까지 법인세 납세의무가 성립한 사업연도 | 조세특례제한법 제15조 제1항 |
| 대상 법인 | 벤처기업 | 같은 항 |
| 요건 1 | 수입금액 대비 연구·인력개발비 비율 5% 이상 | 같은 항 제1호 |
| 요건 2 | 중소기업 중 매출액이 업종별 소기업 규모 이내 | 같은 항 제2호, 시행령 제13조의2 제1항 |
| 면제 대상 세목 | 해당 사업연도의 법인세, 농어촌특별세, 강제징수비 | 같은 항 |
| 면제 한도 | 출자자 1명당 2억 원 | 같은 항 후단 |
| 출자자 범위 | 국세기본법 제39조 각 호의 사람 | 같은 항 |
소기업 요건은 시행령 제13조의2 제1항이 중소기업기본법 시행령 별표 3을 준용해요. 이때 평균매출액등 대신 매출액을 기준으로 봐요. 업종별 금액 기준은 별표에서 정해지므로 신청 전에 해당 업종 칸을 직접 확인해야 해요. 중소기업 해당 여부는 중소기업 확인서 발급 절차로 확인하는 서류를 참고할 수 있어요. 다만 이 특례는 평균매출액등이 아니라 매출액으로 소기업 규모를 따지므로, 확인서의 소기업 판정을 그대로 가져다 쓰지 말고 해당 사업연도 매출액을 별표 기준과 직접 비교해야 해요.
조문은 2018년 1월 1일부터 2028년 12월 31일 사이에 납세의무가 성립한 법인세등에 대해 제2차 납세의무를 지지 않는 금액의 한도를 출자자 1명당 2억 원으로 정해요. 사업연도별 한도가 아니라 이 기간에 성립한 법인세등을 대상으로 한 한도이므로, 여러 사업연도에 걸쳐 면제를 받았다면 이미 면제받은 금액이 있는지 합산해서 확인해야 해요.
면제가 배제되는 경우
두 요건을 갖춰도 아래에 해당하면 제1항을 적용하지 않아요.
| 배제 사유 | 판단 시점 | 근거 |
|---|---|---|
| 직전 3년 이내 조세범 처벌법에 따른 처벌·처분을 받았거나 관련 재판이 진행 중 | 체납일 현재, 벤처기업 또는 출자자 | 제15조 제2항 제1호 |
| 조세범 처벌법에 따른 범칙사건 조사가 진행 중 | 체납일 현재, 벤처기업 또는 출자자 | 같은 항 제2호 |
| 직전 3년 이내 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 사실 | 체납일 현재, 벤처기업 또는 출자자 | 같은 항 제3호 |
| 면제 대상 사업연도 법인세를 부정한 행위로 포탈하거나 환급·공제받은 사실이 나중에 확인됨 | 확인된 때 | 제15조 제3항 |
여기서 체납일은 국세기본법 제27조 제3항 각 호의 날이에요. 신고한 세액은 법정 신고납부기한의 다음 날, 정부가 결정·경정해 고지한 세액은 고지서 납기의 다음 날이에요(시행령 제13조의2 제2항).
신청 절차와 기한
면제는 자동으로 적용되지 않고 출자자가 신청해야 해요.
| 단계 | 내용 | 기한 | 근거 |
|---|---|---|---|
| 1. 납부고지 | 세무서가 출자자에게 제2차 납세의무자 납부고지서를 발급해요. 납세자인 법인에도 그 사실을 통지해요. | 납기는 고지일부터 30일 이내 범위 | 국세징수법 제7조 |
| 2. 면제 신청 | 출자자가 제2차 납세의무 면제신청서를 관할 세무서장에게 제출해요. | 납부고지를 받은 날부터 90일 이내 | 시행령 제13조의2 제3항 |
| 3. 결과 통지 | 세무서장이 면제 여부를 출자자에게 알려요. | 신청받은 날부터 1개월 이내 | 같은 조 제4항 |
| 4. 사후 취소 통지 | 면제 결정 뒤 배제 사유가 생기면 그 사실을 출자자에게 알려요. | 사유 발생 후 | 같은 조 제5항 |
납부고지서의 납기는 최장 30일인데 면제 신청 기한은 90일이라서, 납기가 지나도 신청 기한은 남아 있을 수 있어요. 다만 납기를 넘기면 체납 상태가 될 수 있으니, 고지서를 받으면 곧바로 면제 요건부터 확인해야 해요. 신청서 서식은 재정경제부령인 조세특례제한법 시행규칙 제61조 제1항 제5호의3에 따른 별지 제4호의3서식(제2차 납세의무 면제신청서)이에요. 면제 여부를 알리는 통지서는 같은 항 제5호의4의 별지 제4호의4서식이에요.
계산·처리 예시
㈜예시상사는 벤처기업이고, 대표 김대표 씨가 지분 70%를 가진 과점주주예요. 해당 사업연도 수입금액은 40억 원, 연구·인력개발비는 2억 4천만 원이고 소기업 규모 이내예요. 법인세 신고 후 자금난으로 법인세 등을 못 냈고, 법인 재산으로 강제징수를 해도 3억 5천만 원이 모자라는 상황이에요.
1단계: 요건 확인
| 항목 | 계산 | 결과 |
|---|---|---|
| 연구·인력개발비 비율 | 2.4억 ÷ 40억 = 6% | 5% 이상 충족 |
| 소기업 요건 | 업종별 매출액 기준 이내 | 충족(가정) |
| 배제 사유 | 직전 3년 조세범 처벌·조사 없음 | 해당 없음 |
2단계: 면제 전 제2차 납세의무 한도
국세기본법 제39조에 따라 과점주주의 책임은 부족액에 지분율을 곱한 금액이 상한이에요.
| 항목 | 계산 | 금액 |
|---|---|---|
| 부족액 | 법인 재산으로 못 채운 금액 | 3억 5천만 원 |
| 김대표 씨 한도 | 3억 5천만 원 × 70% | 2억 4천 5백만 원 |
3단계: 특례 적용
| 항목 | 계산 | 금액 |
|---|---|---|
| 면제 금액 | 2억 4천 5백만 원 중 한도 2억 원까지 | 2억 원 |
| 김대표 씨가 지는 책임 | 2억 4천 5백만 원 − 2억 원 | 4천 5백만 원 |
이 예시에서는 면제를 받아도 4천 5백만 원은 출자자 책임으로 남아요. 반대로 한도 계산이 1억 8천만 원이었다면 전액이 면제돼요. 면제로 줄어든 금액을 출자자가 낼 필요가 없으므로 출자자 쪽 분개는 없고, 법인이 나중에 체납세를 직접 납부할 때만 아래처럼 처리해요.
| 시점 | 차변 | 대변 |
|---|---|---|
| 법인세 확정 시 | 법인세비용 | 미지급법인세 |
| 체납세 납부 시 | 미지급법인세 | 보통예금 |
자주 하는 실수
1. 신청 없이 자동으로 면제된다고 보는 실수 제15조 요건을 갖췄어도 출자자가 납부고지를 받은 날부터 90일 안에 면제신청서를 내야 해요. 고지서만 받아 두고 신청을 놓치면 면제를 주장하기 어려워져요. 고지서를 받은 날짜를 달력에 적고, 신청서 제출 기한을 같이 적어 두세요.
2. 모든 세금이 면제된다고 보는 실수 면제 대상은 해당 사업연도의 법인세와 이에 붙는 농어촌특별세·강제징수비뿐이에요. 부가가치세나 원천징수한 소득세 같은 다른 세목의 체납은 이 특례로 면제되지 않아요. 건강보험료·국민연금 같은 사회보험료의 제2차 납부의무도 국세기본법 제39조가 아니라 각 보험법으로 따로 정해지므로 건강보험·국민연금 보험료 제2차 납부의무를 별도로 확인해야 해요.
3. 벤처기업 확인서만 있으면 된다고 보는 실수 벤처기업이라는 사실만으로는 부족하고, 해당 사업연도에 연구·인력개발비 비율 5% 이상과 소기업 요건을 모두 충족해야 해요. 요건은 법인세 납세의무가 성립한 사업연도별로 판단하므로, 어느 해에 연구개발비를 줄였다면 그 해의 법인세는 면제를 받지 못해요. 연구·인력개발비에 무엇이 들어가는지는 연구·인력개발비 세액공제에서 다루는 범위를 먼저 확인해 보세요.
4. 2억 원이 한 해 한도라고 보는 실수 조문은 2018년 1월 1일부터 2028년 12월 31일까지 성립한 법인세등에 대한 면제 금액의 한도를 출자자 1명당 2억 원으로 정해요. 사업연도마다 새로 2억 원이 적용된다고 보면 안 되고, 이미 면제받은 금액이 있는지 합산해 확인해야 해요.
5. 체납 전에 대표 처벌 이력을 확인하지 않는 실수 체납일 현재 직전 3년 이내 조세범 처벌·처분 이력이나 조사 진행 사실이 있으면 법인뿐 아니라 출자자 본인 사유로도 면제가 배제돼요. 면제를 받은 뒤라도 해당 사업연도 법인세를 부정한 행위로 포탈한 사실이 나중에 확인되면 면제가 취소돼요.