육아휴직 세무처리 — 급여·4대보험·회계처리

절차수정일 택스위키 편집팀읽는 데 7분근거 7건
요약
  1. 육아휴직 기간에 회사가 의무적으로 월급을 계속 주는 것은 아니며, 직원이 받는 대표 금액은 고용보험 육아휴직급여와 회사 추가 지급분으로 나누어 봐야 합니다.
  2. 고용보험에서 직접 지급하는 육아휴직급여는 비과세이므로 회사 원천징수와 원천징수이행상황신고서 작성법 대상에 넣지 않고, 회사가 별도로 주는 보전금은 과세 근로소득으로 따로 처리합니다.
  3. 육아휴직은 퇴사가 아니어서 산전후휴가·육아휴직 4대보험: 납부예외·유예·휴직신고 흐름에 따라 국민연금 납부예외, 건강보험 납입고지 유예, 고용·산재 휴직 신고, 복직 후 정산을 나누어 관리해야 합니다.

추천 대상 · 신입 회계 담당자, 회계 담당자

육아휴직 세무처리란?

육아휴직 세무처리는 직원이 육아휴직에 들어갔을 때 회사 급여, 고용보험 육아휴직급여, 4대보험 신고, 복직 후 정산을 서로 섞이지 않게 맞추는 일입니다. 가장 먼저 기억할 점은 육아휴직이 퇴사가 아니라는 점입니다. 그래서 급여가 줄거나 없어져도 곧바로 상실신고부터 하는 것이 아니라, 휴직 상태를 반영하면서 무엇이 과세이고 무엇이 비과세인지부터 나누어 봐야 해요.

육아휴직 기간 급여는 무엇이 과세이고 무엇이 비과세인가요?

육아휴직 기간에 직원이 받는 돈은 보통 회사 지급분과 고용보험 지급분으로 나뉘어요. 회사가 육아휴직 기간 내내 급여를 지급할 법적 의무가 있는 것은 아니어서, 실제 실무에서는 무급 처리 후 직원이 고용보험 육아휴직급여를 신청하는 구조가 많습니다. 지급률, 상한, 특례는 제도 개정이 잦으므로 최신 수치는 육아휴직 급여 회사 처리 절차와 육아휴직급여 세무: 받는 급여는 비과세예요에서 다시 확인하는 편이 안전해요.

지급 주체실무상 성격세무 처리
회사휴직 중 별도로 주는 보전금, 복지성 지원금, 일부 유급분보통 과세 근로소득
고용보험육아휴직급여비과세
회사 없음, 고용보험만 수령급여대장상 회사 지급액 없음회사 원천징수 없음

정리하면 비과세인 것은 고용보험이 직접 지급하는 육아휴직급여이고, 회사가 직원에게 직접 주는 금액은 이름이 보전금이든 지원금이든 먼저 과세 근로소득 여부를 검토해야 해요. 이 구분을 흐리면 연말정산, 원천세, 4대보험 자료가 한꺼번에 틀어질 수 있습니다. 기본 구분은 출산 육아 휴직급여 비과세와 육아휴직급여 세무: 받는 급여는 비과세예요를 함께 보면 빠르게 정리돼요.

회사 지급분과 고용보험 급여는 급여대장에서 어떻게 다루나요?

회사가 주는 돈과 고용보험이 주는 돈은 급여대장에서 같은 줄로 합치지 않는 것이 안전해요. 회사가 추가로 지급한 금액은 회사 지급분이므로 급여대장에 반영하고, 실제 지급월의 근로소득으로 원천징수 여부를 검토해요. 반면 직원이 고용보험에서 직접 받은 육아휴직급여는 회사가 지급한 소득이 아니므로 회사 급여대장과 원천징수이행상황신고서 작성법에 넣지 않습니다.

간단히 보면 다음과 같습니다.

  • 회사 보전금 지급: 급여 항목 또는 회사 내부 규정에 맞는 별도 항목으로 반영
  • 고용보험 육아휴직급여: 회사 급여대장 외부 항목으로 관리
  • 같은 달에 일부 근무분 급여가 있으면: 실제 근무분만 근로소득으로 계산

회계도 같은 원리입니다. 회사가 직접 지급한 금액만 회사 비용과 지급분개가 생기고, 고용보험이 직원에게 직접 지급한 금액은 회사가 대신 준 돈이 아니므로 일반적으로 회사 장부에 급여 비용으로 잡지 않습니다.

[회사가 육아휴직 중 보전금을 지급한 경우]
(차) 급여 또는 복리후생비 xxx
  (대) 보통예금 xxx

핵심은 고용보험 지급분을 회사 인건비처럼 잡지 않는 것입니다. 회사 지급분과 고용보험 지급분을 구분하는 더 자세한 흐름은 육아휴직 급여·4대보험 처리 실무 — 신청·납부 유예·복직 정산와 육아휴직 급여 회사 처리 절차에서 이어서 볼 수 있습니다.

4대보험은 어떻게 신고하고 납부하나요?

육아휴직은 퇴사가 아니므로 4대보험 자격을 한 번에 끊지 않습니다. 보험마다 보는 기준이 달라서, 육아휴직이면 모두 면제라고 단정하면 오히려 복직 후 정산이 꼬일 수 있습니다.

보험기본 흐름실무 포인트
국민연금납부예외 검토신청하지 않으면 체납처럼 남을 수 있고, 복직 시 납부재개를 챙겨야 합니다.
건강보험직장가입 자격 유지 + 납입고지 유예·경감 검토유예만 보고 끝내지 말고 복직 후 정산 공제까지 같이 봐야 합니다.
고용보험피보험자격 유지 + 육아휴직급여 신청 관련 확인직원 수급용 확인과 회사 휴직 반영 일정이 늦지 않아야 합니다.
산재보험근로관계 유지 전제로 휴직 반영휴직 중 보수 지급 여부와 보수총액 정산 자료를 같이 봅니다.

즉, 육아휴직 중 4대보험 처리는 상실신고가 아니라 휴직 신고와 납부예외·유예 검토가 중심입니다. 보험별 순서와 신고서 이름은 산전후휴가·육아휴직 4대보험: 납부예외·유예·휴직신고을 기준으로 맞추고, 보수 기준이 실제로 어떻게 흔들리는지는 4대보험 보수월액 산정에서 함께 확인하는 편이 안전합니다.

육아휴직 기간 원천세 신고

원천세는 회사가 실제로 지급한 과세 급여를 기준으로 봅니다. 따라서 육아휴직 기간에 회사 지급분이 없고 직원이 고용보험 육아휴직급여만 받았다면, 그 비과세 급여를 회사 원천세 신고 자료에 넣지 않습니다. 반대로 회사가 휴직 중 일부 유급분이나 보전금을 줬다면 그 부분은 근로소득 여부를 검토해 해당 월 급여에 반영합니다.

실무에서는 아래 세 가지를 같이 확인하면 실수가 줄어듭니다.

  1. 회사가 실제 지급한 금액이 있는지
  2. 그 금액이 과세 급여인지 비과세 항목인지
  3. 원천징수이행상황신고서 작성법에 들어갈 월 급여와 별도 비과세 수급액을 섞지 않았는지

연말정산도 같은 원리입니다. 고용보험 육아휴직급여는 비과세이므로 근로소득 합산 대상이 아니고, 회사가 지급한 과세 급여만 그 해의 근로소득 정산 흐름에 들어갑니다.

퇴직급여와 연차에는 어떤 영향이 있나요?

육아휴직 기간은 퇴직금 계산에서 끊기지 않습니다. 남녀고용평등법 제19조 제4항에 따라 육아휴직 기간은 근속기간에 포함되므로 계속근로기간에 그대로 넣습니다. 평균임금을 낼 때는 근로기준법 시행령 제2조에 따라 육아휴직 기간과 그 기간에 받은 임금을 평균임금 산정기간에서 빼고 계산하므로, 퇴직 직전에 휴직이 있었다고 평균임금이 낮아지지 않습니다. 퇴직소득세 처리는 퇴직금·퇴직소득세 세무: 지급 요건, 분류과세, 퇴직연금 기준을 따릅니다.

연차도 같습니다. 근로기준법 제60조 제6항에 따라 육아휴직 기간은 연차 출근율을 계산할 때 출근한 것으로 보므로, 휴직했다고 연차를 0으로 처리하면 안 됩니다. 발생일수 계산은 연차유급휴가 발생 기준을 따릅니다. 복직 후 미사용 연차를 수당으로 정산하면 그 연차수당은 비과세가 아니라 근로소득 과세 항목이므로 연차수당 과세 구분 — 의무 부여분 vs 미사용 보상분까지 이어서 보는 것이 좋습니다.

자주 틀리는 회계·세무 처리

  • 고용보험 육아휴직급여를 회사 급여대장에 넣습니다.
  • 회사 보전금을 비과세처럼 처리합니다.
  • 육아휴직 직원을 퇴사처럼 보고 4대보험 상실 흐름으로 처리합니다.
  • 건강보험 유예나 국민연금 납부예외 신청을 놓친 채 복직 후 정산만 맞이합니다.
  • 퇴직금, 연차, 복직월 급여 재개 시점을 각각 따로 보지 않아 월마감 자료가 어긋납니다.

이 다섯 가지가 현장에서 가장 자주 겹칩니다. 육아휴직은 급여가 없거나 줄어드는 달이 생겨서 단순히 쉬운 달처럼 보이지만, 실제로는 회사 지급분과 공적 급여의 구분, 보험 신고, 복직 정산이 동시에 얽혀 있기 때문에 체크리스트 없이 처리하면 오류가 커지기 쉽습니다.

출처와 이력
근거·출처
개정 이력 (3건)
  • 2026-10-06본문 수정 (문서 928편을 함께 고친 작업)
  • 2026-06-12본문 수정 (문서 153편을 함께 고친 작업)
  • 2026-05-25문서 발행

목차

  • 육아휴직 세무처리란?
  • 육아휴직 기간 급여는 무엇이 과세이고 무엇이 비과세인가요?
  • 회사 지급분과 고용보험 급여는 급여대장에서 어떻게 다루나요?
  • 4대보험은 어떻게 신고하고 납부하나요?
  • 육아휴직 기간 원천세 신고
  • 퇴직급여와 연차에는 어떤 영향이 있나요?
  • 자주 틀리는 회계·세무 처리