제주투자진흥지구·제주첨단과학기술단지 입주기업 세액감면

제주투자진흥지구·제주첨단과학기술단지 감면의 뜻과 적용 대상

제주특별자치도의 두 구역에 입주해서 정해진 사업을 하는 기업은 그 사업에서 난 소득에 대한 법인세(개인사업자는 소득세)를 5년 동안 감면받아요. 첫 3년은 100%, 다음 2년은 50%예요. 중소기업 요건이 조문에 없어서 기업 규모와 관계없이 구역과 사업이 맞으면 적용돼요.

제주첨단과학기술단지는 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제161조, 제주투자진흥지구는 같은 법 제162조에 따라 지정된 구역이에요.

핵심 기준

감면기간은 입주일이나 사업개시일이 아니라 소득이 처음 생긴 과세연도부터 세요.

투자진흥지구 입주기업의 투자 기준

제주투자진흥지구 입주기업은 업종마다 최소 투자금액을 채워야 감면을 받아요(시행령 제116조의15 제1항). 아래는 대표적인 업종이고, 목록 전체는 조문으로 확인해요.

투자는 해당 시설을 새로 설치하는 경우여야 해요. 개발사업시행자는 총개발사업비가 1천억 원 이상이어야 해요(같은 조 제3항).

감면한도와 상시근로자 수

감면율이 100%여도 감면기간 동안 받는 감면세액 총합계액에는 한도가 있어요. 한도는 아래 두 금액의 합이에요(제121조의8 제2항, 제121조의9 제4항).

각 과세연도에 감면을 적용할 때는 투자누계액 기준을 먼저 적용한 뒤 상시근로자 기준을 적용해요. 투자누계액은 감면받는 과세연도까지 사업용자산에 투자한 금액의 합계예요(시행령 제116조의14 제2항, 제116조의15 제4항). 상시근로자와 청년 상시근로자의 범위, 인원 계산 방법은 시행령 제11조의2 제7항·제8항을 따르고요. 서비스업은 시행령 제23조 제4항이 농업·임업·어업, 광업, 제조업, 전기·가스·증기·수도사업, 건설업, 소비성서비스업을 뺀 나머지로 정해요. 서비스업 한도를 적용받는 기업은 서비스업과 그 밖의 사업을 구분해서 경리해야 해요(제143조 준용).

최저한세·농어촌특별세·중복지원 배제

제132조 제1항 제4호가 두 조문(제121조의8·제121조의9)을 최저한세 적용 대상 감면으로 열거해요. 다만 같은 호 가목에 따라 법인세의 100%를 감면받는 과세연도는 최저한세를 적용하지 않아요. 그래서 첫 3년 동안은 최저한세와 무관하고, 50% 감면을 받는 뒤의 2년에는 적용돼요. 법인세 최저한세율은 중소기업 7%이고, 그 밖의 법인은 과세표준 100억 원 이하 부분 10%, 100억 원 초과 1천억 원 이하 부분 12%, 그 위 17%예요. 배제 순서는 최저한세 감면세액 배제 순서에서 볼 수 있어요.

농어촌특별세법 제3조 제1호는 조세특례제한법에 따라 법인세·소득세를 감면받는 자를 납세의무자로 정해요. 농어촌특별세법 제4조와 같은 법 시행령 제4조의 비과세 열거에는 제121조의8·제121조의9가 없어서, 이 감면도 감면세액의 20%를 농어촌특별세로 내요(농어촌특별세법 제5조 제1항 제1호). 자세한 계산은 농어촌특별세 — 세금 감면액과 취득세·증권거래 등에 덧붙는 농어촌 지원 목적세에서 볼 수 있어요.

중복지원은 제127조가 막아요. 같은 과세연도에 통합투자세액공제(제24조) 같은 열거된 세액공제와 이 감면을 함께 적용할 수 있으면 하나만 골라요(제4항). 같은 사업장·같은 과세연도에 제6조·제7조 등 다른 감면과 겹쳐도 하나만 골라요(제5항).

사후관리와 감면세액 추징

제121조의8 제6항에 따른 추징은 사유가 생긴 과세연도의 과세표준신고 때 내고, 제12조의2 제8항의 이자상당가산액 규정을 준용해서 이자 상당액이 붙어요.

계산·처리 예시

㈜예시상사는 12월 결산 중소기업이고 화장품제조업이에요. 2026년 3월 제주투자진흥지구에 입주해서 미화 500만 달러 이상을 투자해 공장을 새로 설치했어요(시행령 제116조의15 제1항 제2호 타목). 2026 사업연도에는 소득이 없었고 2027 사업연도에 처음 소득이 생겼다고 가정해요.

2028 사업연도는 투자누계액 30억 원, 상시근로자 20명(청년 4명), 산출세액 40,000,000원으로 가정해요. 제조업이라 서비스업 한도는 적용하지 않아요.

2030 사업연도(50% 감면)는 산출세액 50,000,000원, 최저한세 계산용 과세표준 250,000,000원으로 가정해요.

농어촌특별세를 법인세비용으로 보는지 세금과공과로 보는지는 회사 계정과목 체계에 따라 달라서, 아래 분개는 법인세비용으로 둔 2028 사업연도 예시예요.

자주 하는 실수

• 제주자유무역지역 입주분은 2021년 12월 31일까지 입주한 기업만 대상인데, 지금 입주해도 받을 수 있다고 보는 실수. 지금 새로 입주해서 받을 수 있는 구역은 제주첨단과학기술단지와 제주투자진흥지구예요.
• 감면기간을 입주일이나 사업개시일부터 세는 실수. 최초로 소득이 발생한 과세연도 개시일부터 3년과 2년이에요.
• 투자진흥지구 입주만 하면 감면된다고 보는 실수. 업종별 최소 투자금액을 채워야 하고, 최초 소득 발생 과세연도 종료일 이후 2년 안에 못 채우면 감면이 끊겨요.
• 100% 감면 연도에도 최저한세를 계산하는 실수, 또는 50% 감면 연도에는 최저한세가 걸리지 않는다고 보는 실수. 100% 연도만 적용 제외예요.
• 감면세액의 20%인 농어촌특별세를 빠뜨리는 실수. 법인세가 0원이어도 농어촌특별세는 내요.
• 서비스업 사업장인데 구분경리를 하지 않는 실수. 서비스업 한도(1인당 2천만 원)를 적용받으려면 사업별로 구분해서 경리해야 해요.
• 통합투자세액공제 등과 같은 과세연도에 함께 적용하는 실수. 제127조에 따라 하나만 골라요.

관련 문서

• 기회발전특구 창업기업 세액감면: 구조가 비슷한 지역 감면
• 농공단지·중소기업특별지원지역 입주기업 세액감면
• 최저한세 감면세액 배제 순서
• 농어촌특별세
• 법인세 세액공제·감면