농공단지·중소기업특별지원지역 입주기업 세액감면 — 5년 50%와 감면한도

농공단지·중소기업특별지원지역 입주기업 세액감면의 뜻과 적용 대상

조세특례제한법 제64조는 정해진 농공단지나 중소기업특별지원지역에 입주한 기업이 감면대상사업에서 번 소득에 대해 소득세 또는 법인세의 50%를 5년 동안 감면해 주는 제도예요. 단지에 입주했다는 사실만으로는 감면되지 않아요. 입주한 단지가 법령에 이름이 오른 곳이어야 하고, 사업 요건을 갖춰야 하며, 감면세액에는 투자와 고용 규모에 따른 한도가 붙어요. 두 갈래 모두 2028년 12월 31일까지 입주한 경우가 대상이에요.

농공단지는 산업입지 및 개발에 관한 법률 제2조 제8호 라목의 산업단지이고, 중소기업특별지원지역은 지역중소기업 육성 및 혁신촉진 등에 관한 법률 제23조에 따라 지정돼요. 농공단지는 시행령 제61조 제1항의 소재지 요건(수도권과밀억제권역 밖, 지정일 현재 인구 20만 미만인 시·군·구)만 갖추면 되고 단지 이름을 따로 열거하지 않아요. 중소기업특별지원지역은 달라서, 시행령 제61조 제2항이 인구 요건을 갖춘 지역 중 재정경제부령으로 정하는 곳만 대상으로 삼고 시행규칙 제25조(2026년 3월 20일 개정본)가 나주일반산업단지, 강진산업단지, 장성 동화농공단지처럼 단지 이름을 하나씩 열거해요. 중소기업특별지원지역으로 지정됐더라도 시행규칙에 이름이 없는 단지는 감면 대상이 아니에요.

제64조와 시행령 제61조에는 농어촌소득원개발사업의 범위를 풀이한 규정이 없어서, 사업 내용이 여기에 해당하는지는 관할 세무서에 확인하는 편이 안전해요. 중소기업특별지원지역 입주 감면에는 조문상 업종 제한이 없고, 시행령 제2조의 중소기업이어야 해요. 개인사업자도 같은 요건으로 소득세를 감면받아요.

핵심 기준

감면율과 감면기간

감면한도

감면기간 동안 감면받는 세액의 총합계액은 다음 두 금액을 합한 한도를 넘을 수 없어요(제64조 제3항). 각 과세연도의 감면세액에 한도를 적용할 때는 투자 한도를 먼저, 고용 한도를 나중에 적용해요(제64조 제4항).

상시근로자는 근로기준법에 따라 근로계약을 체결한 내국인 근로자예요. 근로기간 1년 미만인 근로자, 임원, 최대주주·최대출자자와 그 배우자·직계존비속·친족은 빠져요(시행령 제26조의8 제2항). 월 평균 근로시간이 60시간 이상인 단시간근로자는 포함하되 1명을 0.5명으로 세고, 상시근로자 수가 직전 과세연도보다 줄지 않았고 기간의 정함이 없는 근로계약을 맺었으며 차별적 처우가 없고 시간당 임금이 최저임금의 120%(중소기업) 이상이라는 요건을 모두 갖추면 0.75명으로 세어요(시행령 제11조의2 제8항). 청년 상시근로자는 15세 이상 34세 이하인 사람이고 병역 이행 기간은 6년 한도로 연령에서 빼요(같은 조 제4항 제1호). 서비스업은 농림어업, 광업, 제조업, 전기·가스·증기·수도사업, 건설업, 소비성서비스업을 뺀 사업이에요(시행령 제23조 제4항). 이 범위와 계산 방법은 시행령 제61조 제6항이 시행령 제11조의2 제7항·제8항을 준용하도록 해요.

함께 확인할 규정

최저한세율은 중소기업이 과세표준의 7%예요. 중소기업이 아닌 법인은 과세표준 100억원 이하 부분 10%, 100억원 초과 1천억원 이하 부분 12%, 1천억원 초과 부분 17%예요.

감면 신청과 구분경리

감면은 신청해야 적용돼요. 법인세 과세표준신고와 함께 재정경제부령이 정한 세액감면신청서를 내야 하고, 기한 후 신고나 결정으로 넘어가면 감면을 받을 수 없어요. 경정으로 세액이 늘어나는 경우에도 시행령이 정하는 과소신고금액에는 감면이 배제돼요(제128조 제3항).

감면대상사업과 그 밖의 사업을 함께 하면 구분해 경리해야 해요(제143조 제1항). 서비스업 한도 2,000만원을 적용받는 경우에는 서비스업과 그 밖의 사업의 구분경리 의무가 따로 있어요(제64조 제9항).

사후관리와 추징

납부는 사유가 생긴 과세연도의 과세표준을 신고할 때 해요. 폐업·해산·이전의 경우에는 제12조의2 제8항의 이자상당가산액 규정을 준용해 이자 상당액을 더해요.

계산·처리 예시

㈜예시상사는 12월 결산법인인 제조업 중소기업이에요. 2026년 3월 1일에 수도권과밀억제권역 밖의 인구 15만 명 군에 있는 농공단지에 입주해 농어촌소득원개발사업을 시작했고, 2026 사업연도에 처음으로 소득이 났어요. 감면기간은 소득이 나는 모습에 따라 달라져요.

2026 사업연도의 과세표준이 5억원이고 전부 감면대상사업 소득이면 계산은 다음과 같아요. 세율은 2026년 1월 1일 이후 개시하는 사업연도의 20%와 누진공제 2,000만원이에요.

투자누계액은 300,000,000원이고 상시근로자는 모두 12개월 근무한 10명(청년 3명 포함)이라고 가정했어요. 감면세액 4,000만원이 한도 3억 1,500만원 안이고, 감면 후 세액 4,000만원이 최저한세액 3,500만원보다 크므로 감면은 전액 유지돼요. 다른 감면·공제와 손금산입·소득공제는 없다고 가정했고, 누적 감면세액이 한도 안인지는 해마다 확인해요.

결산 분개는 법인세만 대상으로 하고 중간예납과 원천징수 세액은 없다고 가정해요. 감면이 반영된 40,000,000원이 법인세비용이에요.

자주 하는 실수

• 농공단지에 입주하면 모두 감면된다고 보는 실수가 있어요. 단지가 수도권과밀억제권역 밖의 인구 20만 미만 시·군·구에 있어야 하고, 업종도 농어촌소득원개발사업이어야 해요. 중소기업특별지원지역은 여기에 더해 시행규칙 제25조에 이름이 있어야 해요. 입주 전에 소재지, 지정일 현재 인구, 열거 여부를 확인해야 해요.
• 세액감면신청서를 정기 신고에 넣지 않는 실수가 있어요. 기한 후 신고로 내면 감면을 받지 못하므로 과세표준신고서와 함께 제출해야 해요.
• 다른 사업과 구분경리하지 않고 전체 소득에 50%를 적용하는 실수가 있어요. 감면은 감면대상사업의 소득분에만 적용돼요.
• 투자 한도만 계산하고 고용 한도를 빠뜨리거나 임원·친족·근로기간 1년 미만 근로자를 상시근로자에 넣는 실수가 있어요. 시행령의 상시근로자 범위로 인원을 다시 세어야 해요.
• 감면세액을 최저한세와 비교하지 않거나 농어촌특별세를 따로 계산해 넣는 실수가 있어요. 미달분은 감면되지 않고, 제64조 감면에는 농어촌특별세가 붙지 않아요.
• 상시근로자 수 감소와 폐업·이전을 사후관리로 챙기지 않는 실수가 있어요. 인원은 정해진 기간 동안 해마다 비교하고, 폐업·해산·이전이 생기면 그 과세연도 신고에 추징 세액을 반영해야 해요.

관련 문서

• 중소기업 특별 세액감면 총정리
• 중소기업 특별세액감면 요건 체크
• 최저한세
• 농어촌특별세
• 통합투자세액공제