첨단의료복합단지·국가식품클러스터 입주기업 세액감면 — 3년 100%·2년 50%와 감면한도

첨단의료복합단지·국가식품클러스터 입주기업 세액감면의 뜻과 적용 대상

조세특례제한법 제121조의22는 두 곳의 지정 단지에 입주한 기업이 그 단지 안 사업장에서 하는 사업의 소득에 대해 법인세(개인이면 소득세)를 감면해 줘요. 두 곳은 첨단의료복합단지 육성에 관한 특별법 제6조에 따라 지정된 첨단의료복합단지와 식품산업진흥법 제12조에 따른 국가식품클러스터예요. 국가식품클러스터에 입주한 식품회사도 이 조문의 대상이 돼요.

감면을 받으려면 세 가지가 모두 맞아야 해요.

• 입주 시기: 2028년 12월 31일까지 입주한 기업이어야 해요.
• 사업장 위치: 단지 안에 있는 사업장에서 하는 사업이어야 해요.
• 사업의 종류: 시행령 제116조의27이 정한 사업이어야 해요.

감면은 감면대상사업장의 감면대상사업에서 난 소득에만 적용돼요. 같은 법인이 단지 밖에서 벌인 사업이나 단지 안에서 하는 다른 종류의 사업은 감면 계산에서 빠져요. 이 조문은 기업의 규모를 제한하지 않아서, 중소기업이 아니어도 요건만 맞으면 대상이 돼요. 다만 뒤에서 보듯 최저한세 적용에서는 기업 규모가 영향을 줘요.

핵심 기준

감면 기간은 최초 소득이 난 과세연도부터 5년이고, 앞 3년은 전액, 뒤 2년은 절반이에요.

기산점은 사업개시일 이후 감면대상사업에서 최초로 소득이 난 과세연도예요. 사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 소득이 없으면, 그 5년이 되는 날이 속하는 과세연도를 기산점으로 삼아요. 입주 직후 적자가 이어지는 기업은 소득이 나는 해까지 감면 기간이 시작되지 않지만, 사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도에는 소득이 없어도 감면 기간이 시작돼요.

감면에는 총액 한도가 있어요. 제3항은 감면 기간에 받는 법인세 감면액의 총합계액이 다음 두 금액을 합한 금액을 넘지 못하게 해요.

투자누계액은 감면을 받는 과세연도까지 재정경제부령으로 정하는 사업용자산에 투자한 합계액이에요(시행령 제116조의27 제3항). 서비스업은 농업·임업·어업, 광업, 제조업, 전기·가스·증기·수도사업, 건설업, 소비성서비스업을 뺀 사업이에요(시행령 제23조 제4항). 한도는 투자 기준을 먼저 적용하고 고용 기준을 나중에 적용해요(제4항).

최저한세와 다른 감면의 선택

최저한세는 감면을 많이 받아도 최소한 내야 하는 세액을 정해 두는 제도예요. 제121조의22의 감면은 조세특례제한법 제132조 제1항 제4호에 열거된 감면이라서 원칙적으로 최저한세 적용 대상이에요. 다만 같은 호 가목이 법인세 100%를 감면받는 과세연도는 제외한다고 정하고 있어요. 그래서 이 감면은 앞 3년(100%)에는 최저한세 없이 전액 감면되고, 뒤 2년(50%)에는 최저한세 적용을 받아요. 최저한세율은 기업 규모에 따라 달라서 중소기업은 과세표준의 100분의 7을 곱한 세액이고, 중소기업이 아니면 과세표준 구간별로 100분의 10부터 100분의 17까지예요. 계산 방법은 최저한세 세무에서 이어서 볼 수 있어요.

같은 사업장·같은 과세연도에 다른 감면이 겹칠 수 있어요. 제127조 제5항은 제121조의22 제2항 감면과 제6조(창업중소기업 감면), 제7조(중소기업 특별세액감면), 제12조의2(연구개발특구 감면) 등 같은 항에 나열된 감면 중 둘 이상이 적용될 수 있을 때 하나만 선택하도록 정해요. 같은 조 제4항은 감면과 세액공제를 동시에 받을 수 있을 때도 하나를 선택하도록 하는데, 열거된 공제 규정이 정해져 있으니 구체적인 조합은 제127조 제4항 원문으로 확인해야 해요(중복지원 배제 참고).

감면 신청과 구분경리

세액감면은 신청해야 받아요. 제121조의22 제8항과 시행령 제116조의27 제8항에 따라 과세표준신고와 함께 세액감면신청서를 납세지 관할 세무서장에게 내요.

감면대상사업과 다른 사업을 함께 하면 구분경리를 해야 해요. 조세특례제한법 제143조 제1항은 세액감면 사업과 그 밖의 사업을 겸영하는 내국인에게 구분경리를 요구해요. 제121조의22 제9항은 고용 한도에서 서비스업 기준을 적용받는 기업이 서비스업과 그 밖의 사업을 따로 구분해 경리하도록 정해요. 구분경리한 사업 중 결손이 난 사업이 있으면 제143조 제3항에 따라 결손금 합계에서 소득이 난 사업의 소득 비율로 안분한 금액을 공제한 금액이 감면대상사업의 소득금액이 돼요.

사후관리와 추징

감면을 받은 뒤에도 세 가지 이유로 감면세액을 도로 내야 해요.

폐업·해산·이전 사유는 그 사유가 생긴 과세연도의 과세표준신고 때 납부하며, 이때 이자상당가산액 규정(제12조의2 제8항)을 준용해요. 이 가산액 계산은 조문을 직접 확인해야 해요.

계산·처리 예시

㈜예시상사는 국가식품클러스터 안 사업장에서 식품을 제조해요. 입주 시기와 사업 종류가 모두 요건에 맞고, 서비스업이 아닌 제조업이에요. 최초로 소득이 난 첫 과세연도(100% 감면 1년차)에 감면대상소득에 대한 법인세가 300,000,000원이라고 가정해요. 감면을 받는 해까지의 투자누계액은 200,000,000원, 감면대상사업장의 상시근로자는 8명(청년·서비스업 아님)이에요.

감면율은 100%여도 감면액은 한도 220,000,000원까지만 인정되고, 나머지 80,000,000원은 법인세로 내요. 제3항은 한도를 감면 기간 전체에 받는 감면액의 총합계액에 걸어요. 그래서 1년차에 받은 220,000,000원은 감면 기간 한도에서 이미 쓴 금액이에요. 2년차부터 남는 한도는 제3항과 제4항에 따라 그 과세연도의 투자누계액과 상시근로자 수를 넣어 다시 계산하고, 앞서 감면받은 금액을 뺀 뒤 확인해야 해요.

1년차 법인세 비용의 분개는 아래와 같아요. 선납세금 등은 생략했어요.

자주 하는 실수

• 입주 사실만으로 사업 전체가 감면된다고 봐요. 감면은 단지 안 감면대상사업장의 감면대상사업 소득에만 적용돼요. 단지 밖 사업이나 다른 종류의 사업 소득은 구분경리로 따로 계산해야 해요.
• 감면율만 보고 감면액을 계산해요. 100% 감면이어도 감면액은 제3항의 감면한도를 넘지 못하고, 한도는 감면 기간 동안 받는 감면액의 총합계액에 걸려요. 앞 연도에 많이 받으면 뒤 연도에 쓸 수 있는 한도가 줄어들어요.
• 5년간 늘 최저한세가 없다고 생각해요. 100% 감면 과세연도는 최저한세에서 제외되지만, 뒤 2년의 50% 감면 과세연도는 최저한세 적용 대상이에요.
• 감면신청서를 빠뜨려요. 제121조의22 제8항은 신청하는 자에게 감면을 적용하는 구조라서, 과세표준신고 때 세액감면신청서를 함께 내야 해요.
• 상시근로자를 줄이고도 사후관리를 놓쳐요. 고용 기준 한도로 감면을 받았다면 감면받은 과세연도 종료일부터 3년이 되는 날이 속하는 과세연도 종료일까지 상시근로자 수가 줄지 않았는지 해마다 확인해야 해요.
• 단지를 옮기거나 사업을 접을 때 추징을 몰라요. 폐업이나 해산은 소급 3년, 단지 밖 이전은 소급 5년의 감면세액을 도로 내요.

관련 문서

• 연구개발특구 첨단기술기업·연구소기업 세액감면 — 3년 100%·2년 50%
• 농공단지·중소기업특별지원지역 입주기업 세액감면 — 5년 50%와 감면한도
• 기회발전특구 창업기업 세액감면 — 5년 100%·2년 50%와 감면한도
• 최저한세 세무: 감면 많이 받아도 최소한 내야 하는 세금
• 중복지원 배제 — 같은 해 세액감면과 투자·고용 세액공제 동시 적용 제한