연구개발특구 첨단기술기업·연구소기업 세액감면 — 3년 100%·2년 50%

연구개발특구 세액감면의 뜻과 적용 대상

연구개발특구에 입주한 기업 가운데 첨단기술기업으로 지정받았거나 연구소기업으로 등록한 기업은, 특구 안 사업장에서 정해진 산업의 사업을 해서 번 소득에 대해 법인세(개인이면 소득세)를 감면받아요. 조세특례제한법 제12조의2가 근거예요. 감면대상사업장에서 난 소득만 대상이라서, 같은 법인이 특구 밖에서 벌인 사업의 소득은 감면 계산에 들어가지 않아요.

지정과 등록은 세법이 아니라 연구개발특구의 육성에 관한 특별법에서 정해요.

• 첨단기술기업은 과학기술정보통신부장관이 지정해요. 정해진 기술분야의 특허권을 가지고, 그 특허권을 활용한 제품을 생산·판매하고, 특구에 입주해 있고, 연간 총매출액에서 연구개발비와 생산·판매 매출액이 차지하는 비율이 시행령 기준에 맞아야 해요(같은 법 제9조 제1항).
• 연구소기업은 공공연구기관, 산학연협력기술지주회사, 신기술창업전문회사, 공공연구기관첨단기술지주회사 가운데 하나가 단독 또는 공동으로 설립하고 과학기술정보통신부장관에게 등록해요. 공공연구기관의 기술을 직접 사업화할 목적으로 특구 안에 설립해야 하고, 설립 주체의 주식 보유 비율도 시행령 기준을 채워야 해요(같은 법 제9조의3).

세법상 감면은 2028년 12월 31일까지 지정받거나 등록한 기업이 대상이에요. 그 이후에 지정·등록받은 기업은 제12조의2의 감면 대상이 아니에요.

핵심 기준

감면대상사업은 시행령 제11조의2 제1항이 정한 산업을 영위하는 사업이에요.

감면율과 기간은 아래와 같아요.

기산점은 감면대상사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도예요. 지정받은 날 또는 등록한 날부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 소득이 없으면, 그 5년이 되는 날이 속하는 과세연도의 개시일부터 센다고 법 제12조의2 제2항에 적혀 있어요. 소득이 나지 않는 해가 길어져도 감면 기간은 늦어도 지정·등록 후 5년이 되는 날이 속하는 과세연도부터는 시작해요.

감면한도

감면 기간 전체에서 받을 수 있는 감면세액의 합계에는 한도가 있어요(제3항). 아래 두 금액을 합한 값이에요.

상시근로자 기준에서 청년 상시근로자, 연구개발 우수 인력 상시근로자, 서비스업 사업장의 상시근로자는 1인당 2,000만 원으로 계산해요. 연구개발 우수 인력은 자연계·이공계·의학계 박사학위 소지자로서 특구 첨단기술기업이나 연구소기업에서 연구원으로 근무하는 사람이에요(시행령 제11조의2 제4항). 이 항목은 2025년 12월 23일 법 개정과 2026년 2월 27일 시행령 개정으로 들어왔으니, 적용 과세연도는 개정 부칙으로 확인하세요.

서비스업은 시행령 제11조의2 제5항에 따라 시행령 제23조 제4항의 서비스업을 말해요. 농업·임업·어업, 광업, 제조업, 전기·가스·증기·수도사업, 건설업, 소비성서비스업을 뺀 나머지 사업이 모두 서비스업이에요.

투자누계액은 감면을 받는 과세연도까지 사업용자산에 투자한 금액의 합계예요(시행령 제11조의2 제3항). 각 과세연도의 감면세액에 한도를 적용할 때는 투자누계액 기준 금액을 먼저 쓰고, 그다음 상시근로자 기준 금액을 쓰도록 순서가 정해져 있어요(법 제12조의2 제4항).

신청과 구분경리

감면은 자동으로 적용되지 않아요. 과세표준신고를 할 때 세액감면신청서를 납세지 관할 세무서장에게 내야 해요(시행령 제11조의2 제11항). 서비스업에 대한 한도를 적용받는 기업은 서비스업과 그 밖의 사업을 구분경리해야 해요(법 제12조의2 제10항, 제143조 준용).

감면이 끊기거나 되돌려지는 경우

세 가지 경로가 있어요.

폐업이나 해산이면 폐업일 또는 해산일부터 거슬러 3년 이내에 감면받은 세액을, 특구 밖으로 이전하면 이전일부터 거슬러 5년 이내에 감면받은 세액을 내요. 이자상당가산액은 1일 10만분의 22 율로 계산해요(시행령 제11조의2 제9항·제10항). 법인의 합병·분할·분할합병으로 인한 소멸은 추징 사유에서 빠져요.

최저한세와의 관계

법인세 100% 감면을 받는 과세연도는 최저한세 적용에서 빠져요. 조세특례제한법 제132조 제1항 제4호 단서가 제12조의2에 따라 법인세의 100%를 감면받는 과세연도를 제외 대상으로 적어 놓았기 때문이에요. 반대로 50% 감면 과세연도는 최저한세가 적용돼서, 감면 후 세액이 최저한세액에 못 미치면 그 부족분만큼 감면이 배제돼요. 중소기업의 최저한세율은 7%예요. 자세한 계산 순서는 최저한세 글에 있어요.

계산·처리 예시

㈜예시상사는 연구소기업으로 등록한 중소기업이고, 특구 안 감면대상사업장에서 정보통신서비스업만 해요. 정보통신서비스업은 제조업 등을 뺀 서비스업에 들어가요. 다른 감면과 공제는 없다고 가정해요.

감면 1~3년차(100% 감면)

• 과세표준 3억 원이면 산출세액은 2억 원 × 10% + 1억 원 × 20% = 4,000만 원이에요(2026년 1월 1일 이후 개시 사업연도 세율).
• 100% 감면이라 감면세액은 4,000만 원이에요.
• 한도는 투자누계액 4억 원의 50%인 2억 원에, 상시근로자 8명 기준 금액 1억 6,000만 원(서비스업이라 1인당 2,000만 원 × 8명)을 합한 3억 6,000만 원이에요. 4,000만 원은 한도 안이에요.
• 최저한세 적용을 받지 않으므로 납부할 법인세는 0원이에요.

감면 4년차(50% 감면)

• 같은 과세표준 3억 원이면 산출세액 4,000만 원의 50%인 2,000만 원이 감면 후 세액이에요.
• 최저한세는 3억 원 × 7% = 2,100만 원이에요. 감면 후 세액 2,000만 원이 이보다 100만 원 적어서, 100만 원만큼 감면이 배제돼요.
• 납부할 법인세는 2,100만 원이고, 실제 감면은 1,900만 원이에요.

신고할 때는 제12조의2 감면액을 반영하고 세액감면신청서를 함께 내요. 회계 처리는 감면 후 확정된 법인세를 기준으로 해요.

자주 하는 실수

• 감면 기간을 설립일부터 센다. 기산점은 감면대상사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도예요. 설립일이나 지정일이 아니에요. 지정·등록 후 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 소득이 없으면 그 과세연도부터 세요.
• 100% 감면 때처럼 50% 감면 연도에도 최저한세를 빼놓는다. 최저한세 적용 제외는 100% 감면 과세연도에만 해당해요. 4~5년차는 최저한세 검토가 필요해요.
• 특구 밖 사업의 소득까지 감면에 넣는다. 감면대상사업장에서 영위하는 감면대상사업의 소득만 대상이에요. 사업장이 여러 곳이거나 업종이 섞이면 구분경리가 필요해요.
• 신청서를 빼먹는다. 세액감면신청서는 과세표준신고와 함께 제출해야 해요. 신고서에 감면액만 적고 신청서가 없으면 적용을 다투게 될 수 있어요.
• 사업장을 특구 밖으로 옮기는 일을 가볍게 본다. 이전일부터 거슬러 5년 이내 감면세액과 이자상당가산액을 한꺼번에 내야 해요.
• 채용 인원을 늘려 한도를 키운 뒤 곧바로 줄인다. 상시근로자 기준 한도를 쓴 기업은 감면 과세연도 종료일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 인원이 줄면 추징 대상이에요.

관련 문서

• 최저한세
• 창업 중소기업 세액감면
• 고용증대 세액공제
• 법인세 세액공제·감면
• 벤처기업 — 확인 요건과 세제 혜택