중복지원 배제 — 같은 해 세액감면과 투자·고용 세액공제 동시 적용 제한

중복지원 배제의 뜻과 적용 대상

중복지원 배제는 같은 과세연도에 세액감면과 세액공제를 함께 받을 수 있는 상황에서, 법이 정한 조합이면 하나만 골라서 적용하게 하는 규정이에요. 근거는 조세특례제한법 제127조(중복지원의 배제)예요.

창업중소기업 세액감면(제6조)을 받는 법인이 같은 해에 통합투자세액공제(제24조)도 받으려는 경우가 대표적이에요. 두 조문이 모두 제4항의 목록에 들어 있어서 둘 중 하나만 선택해야 해요. 다만 감면받는 사업과 공제받는 투자가 서로 다른 사업이고 구분경리를 하고 있다면 제10항에 따라 중복지원이 아니에요.

핵심 기준

제4항의 선택 규칙

같은 과세연도에 아래 두 목록에서 각각 하나 이상을 동시에 적용받을 수 있다면, 그중 하나만 선택해요(조세특례제한법 제127조 제4항). 목록은 2025년 12월 23일 개정이 반영된 현행 조문 기준이에요.

감면 목록의 조문 하나와 공제 목록의 조문 하나가 같은 과세연도에 동시에 적용될 수 있으면 하나만 선택해요. 위 표는 대표적인 조문만 적었고 실제 목록은 더 길고 적용기한이 끝난 조문(제26조의 2017년 12월 31일까지 투자분, 제104조의14의 2020년 12월 31일 이전 과세연도분 등)도 남아 있어서, 신고 전에 제127조 제4항 원문과 각 조문의 적용기한을 확인해요.

조합별 허용과 배제

고용증대(제29조의7)와 통합고용(제29조의8)은 제4항의 선택 목록에는 없지만, 제6조 감면과 함께 쓰는 것만은 단서가 직접 막아요. 제7조 감면 법인은 이 점이 다르니 어느 조문으로 감면받는지부터 확인해요.

적용기한도 달라요. 제29조의7과 제30조의4는 2024년 12월 31일이 속하는 과세연도까지의 상시근로자 증가분이 대상이에요. 제30조의4 공제는 증가한 해와 그다음 과세연도까지, 제29조의7 공제는 중소기업의 경우 증가한 해와 그 뒤 2년 안의 과세연도까지 받아요. 제29조의8 제1항은 2026년 12월 31일이 속하는 과세연도부터 2028년 12월 31일이 속하는 과세연도까지의 증가분에 적용해요(2025년 12월 23일 개정).

같은 사업장 감면끼리의 선택

같은 사업장에 같은 과세연도로 제6조, 제7조 등 감면 규정이 둘 이상 적용될 수 있으면 하나만 선택해요(제127조 제5항). 창업 후 5년 안의 중소기업이 제6조와 제7조 요건을 모두 갖췄다면 둘 중 유리한 쪽을 골라요. 창업감면은 창업중소기업 세액감면 세무: 창업 후 5년 소득세·법인세 감면, 특별세액감면은 중소기업 특별세액감면 — 조특법 제7조 적용 전 확인할 것에서 요건을 확인해요.

구분경리 예외

감면받는 사업과 그 밖의 사업을 구분경리하고, 그 밖의 사업에 공제 규정이 적용되는 경우 해당 세액감면과 공제는 중복지원이 아니에요(제127조 제10항). 구분경리는 세액감면을 적용받는 사업과 그 밖의 사업을 겸영할 때 대통령령에 따라 구분해서 경리하는 것이에요(제143조 제1항). 제4항뿐 아니라 제3항을 적용할 때도 같은 예외가 적용돼요.

예외가 생기는 조건은 세 가지예요.

• 감면대상사업과 그 밖의 사업을 겸영하고 있어요.
• 구분경리를 하고 있어요.
• 공제는 그 밖의 사업에 대해서 적용돼요.

감면대상사업에 들어간 투자에 대한 공제는 이 예외로 살아나지 않아요. 투자 자산이 어느 사업에 쓰이는지에 따라 판단이 갈리므로 자산별 사용처를 장부에서 구분해 둬요.

계산·처리 예시

㈜예시상사는 제조업을 하는 창업 3년차 중소기업이에요. 같은 해에 제6조 감면 대상 소득과 통합투자세액공제 대상 설비투자가 모두 생겼어요. 아래 금액은 비교를 위한 가정이에요.

선택 비교 (구분경리를 하지 않는 경우)

두 금액을 합쳐서 6,300만원을 공제할 수 없어요. 비교 후 유리한 쪽을 골라 신고서에 한 가지만 적어요. 다만 선택은 해당 과세연도 신고 기준이고 사후관리 의무가 따로 있을 수 있어서, 선택 전에 각 규정의 사후관리 요건도 확인해요.

결산 분개 (기납부세액 2,000만원 가정)

구분경리를 하는 경우: ㈜예시상사가 감면대상사업 외에 별도 사업을 구분경리하고, 신규 설비를 그 별도 사업에 투자했다면 제10항에 따라 감면과 통합투자세액공제는 중복지원에 해당하지 않아요. 이때는 감면세액 3,500만원과 별도 사업의 공제세액을 각각 계산해서 함께 적용해요.

자주 하는 실수

• 창업감면과 고용증대를 함께 신청하는 경우: 제6조 감면을 받는 해에는 제29조의7과 제29조의8 공제를 동시에 적용하지 않아요. 제7조 감면과 같은 방식으로 처리하면 안 돼요.
• 선택 목록에 없는 공제까지 선택 대상으로 보는 경우: 제4항 목록에 없는 조문은 같은 해에 함께 적용할 수 있어요. 목록은 원문으로 확인해요.
• 구분경리 없이 예외를 적용하는 경우: 제10항은 구분경리를 하는 경우에만 적용돼요. 장부상 구분이 없으면 제4항에 따라 하나만 선택해야 해요.
• 감면 사업의 투자에 공제를 얹는 경우: 예외는 그 밖의 사업의 공제에만 해당해요. 감면대상사업에 쓰는 설비의 공제는 여전히 선택 대상이에요.
• 가장 큰 금액만 보고 선택하는 경우: 감면과 공제는 사후관리 요건과 최저한세 적용 여부가 달라서 금액만 비교하면 틀릴 수 있어요. 최저한세는 최저한세에서 확인해요.

관련 문서

• 중소기업 특별세액감면 — 조특법 제7조 적용 전 확인할 것
• 창업중소기업 세액감면 세무: 창업 후 5년 소득세·법인세 감면
• 통합투자세액공제
• 통합고용세액공제
• 중소기업 사회보험료 세액공제