합병·분할 등기 전 거래의 세금계산서 발급 명의 특례

합병·분할 등기 전 세금계산서 특례의 뜻과 적용 대상

합병이나 분할은 계약서나 계획서에 합병기일(분할기일)을 적어 두지만, 등기는 그보다 늦게 끝나요. 그 사이에 소멸하는 법인 앞으로 들어온 주문을 처리하고 매입 거래가 이어지면, 세금계산서를 누구 이름으로 주고받는지가 문제가 돼요. 부가가치세법 시행령 제69조 제21항과 제22항은 이 기간의 거래에 대해 존속법인이나 신설법인이 세금계산서를 발급하거나 발급받을 수 있다고 정해요. 제21항(합병)은 2020년 2월에, 제22항(분할·분할합병)은 2025년 2월 28일 개정으로 들어왔어요. 분할 거래에 적용되는 시점은 부칙으로 따로 확인해요.

이 특례는 세금계산서를 누구 명의로 발급하는지만 정해요. 거래 상대방이 누구인지, 공급시기가 언제인지는 바꾸지 않아요. 공급시기와 발급 기한은 공급시기 일반 원칙과 부가가치세법 제34조의 원칙을 그대로 따라요.

핵심 기준

규정의 구조는 부가가치세법 제32조 제6항이 먼저 열어 줘요. 위탁판매처럼 대통령령으로 정하는 경우에는 재화나 용역을 직접 공급하거나 공급받는 자가 아니어도 세금계산서를 발급하거나 발급받을 수 있다는 내용이에요. 시행령 제69조 제21항과 제22항이 그 대통령령 규정에 해당해요.

두 가지를 구분해서 봐야 해요. 첫째, 합병은 소멸하는 법인의 모든 권리의무가 존속법인이나 신설법인으로 넘어가므로 명의 주체가 하나로 정해져요. 둘째, 분할은 소멸하는 법인의 사업이 어디로 가는지가 분할계획서에 달려 있으므로, 거래의 권리의무를 승계하는 법인을 계획서로 확인해야 해요. 분할 후 존속하는 법인과 분할로 신설되는 법인이 모두 후보이고, 시행령 제69조 제22항 각 호가 두 경우를 나눠 적고 있어요.

등기일 전후의 명의 처리

시행령 제69조 제21항과 제22항은 "발급하거나 발급받을 수 있다"로 적혀 있어요. 존속법인이나 신설법인 명의로 발급하는 것을 허용하는 문장이고, 반드시 그 명의로 해야 한다는 문장은 아니에요. 두 조항 모두 소멸법인 명의로 발급해도 되는지는 따로 정하지 않아요. 거래마다 발급 명의를 하나로 정해 두고, 한 거래를 두 명의로 중복 발급하지 않도록 해요.

등기일 이후 거래는 합병의 효력과 연결해서 봐요. 상법 제234조는 합병이 존속회사나 신설회사의 본점 소재지 합병등기로 효력이 생긴다고 정하고, 제235조는 존속회사나 신설회사가 소멸한 회사의 권리의무를 승계한다고 정해요. 그래서 등기일 이후 거래는 존속법인이나 신설법인이 자기 거래로 처리해요.

발급시기는 부가가치세법 제34조 제1항에 따라 재화 또는 용역의 공급시기예요. 월 합계 발급 등 제34조 제3항 각 호의 경우에는 공급일이 속하는 달의 다음 달 10일(그 날이 공휴일 또는 토요일이면 바로 다음 영업일)까지 발급할 수 있어요.

계산·처리 예시

㈜예시상사가 소멸법인을 흡수합병하는 상황을 가정해요. 합병계약서의 합병기일은 7월 1일, 합병등기일은 7월 10일이에요. 7월 3일에 소멸법인이 거래처에서 소모품을 사고, 7월 5일에 소멸법인이 용역을 공급했어요.

두 거래 모두 시행령 제69조 제21항에 따른 것으로, 합병기일(7월 1일)부터 등기일(7월 10일) 사이의 거래라서 존속법인인 ㈜예시상사 명의로 세금계산서를 주고받아요. 소멸법인의 두 거래를 ㈜예시상사 장부에 반영하는 분개는 아래와 같아요.

매출·매입 금액은 각각 공급가액 합계로 ㈜예시상사의 부가가치세 신고에 포함돼요. 같은 거래로 이미 발급된 세금계산서가 있는지 먼저 확인하고, 있으면 같은 거래를 다시 발급하지 않아요.

자주 하는 실수

• 합병기일 이전 거래까지 존속법인 명의로 발급해요. 특례는 합병계약서에 적은 합병을 할 날부터 합병등기일까지의 거래에만 해당해요. 합병기일 이전 거래는 소멸법인이 당사자이므로 원칙대로 처리해야 해요.
• 분할 때 승계 법인을 확인하지 않고 한 법인으로 몰아서 발급해요. 분할은 분할계획서에서 해당 거래의 권리의무를 승계하기로 한 법인만 발급 주체가 돼요. 존속법인과 신설법인 중 어느 쪽인지 계획서를 먼저 확인해요.
• 한 거래에 소멸법인과 존속법인 두 명의로 이중 발급해요. 합병 전후 업무가 겹치면 같은 거래의 세금계산서가 두 장 나올 수 있어요. 거래마다 명의를 하나로 정하고, 거래처에도 알려 주세요.
• 등기일 이후 거래까지 특례 기간으로 봐요. 특례는 합병등기일(분할등기일)까지의 거래에 적용돼요. 그 이후 거래는 존속법인이나 신설법인이 자기 거래로 발급하고 수취해요(상법 제234조, 제235조).
• 발급 기한을 놓쳐요. 명의만 특례이고 발급시기는 제34조 그대로예요. 기한을 넘기면 부가가치세법 제60조 제2항에 따른 가산세 대상이 될 수 있어요. 해당 조문은 발급시기가 지난 뒤 공급시기가 속하는 과세기간의 확정신고 기한까지 발급하면 공급가액의 1퍼센트, 그때까지 발급하지 않으면 2퍼센트로 정해요(일부 사유는 1퍼센트).

관련 문서

• 합병
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