합병

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요약
  1. 둘 이상의 회사가 하나로 통합되는 조직 재편
  2. 흡수합병(존속 + 소멸)과 신설합병(새 회사 설립)으로 구분
  3. 주주총회 특별결의 + 채권자 보호 절차 + 등기

추천 대상 · M&A 담당자, 경영자

합병이란?

합병은 둘 이상의 회사가 하나의 회사로 통합되는 조직 재편이에요(상법 제522조 이하). 회사 간 자산·부채·권리·의무가 포괄적으로 승계돼요.

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합병 유형

흡수합병

  • 존속회사가 소멸회사를 흡수해요.
  • 실무에서 가장 많이 쓰이는 방식이에요(모회사가 자회사 흡수 등).

신설합병

  • 모든 합병 회사가 소멸하고 새 회사가 설립돼요.
  • 실무에서는 드문 방식이에요.

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절차 요약

  1. 합병계약서 작성
  2. 이사회 결의 — 합병계약 승인
  3. 주주총회 특별결의 — 합병 승인
  4. 채권자 보호 절차 — 1개월 이상 공고 및 이의 처리
  5. 주식 교부 비율 결정
  6. 반대 주주 주식매수청구권 처리
  7. 합병 등기

> 소규모 합병의 경우 합병 대가가 합병법인 발행주식 총수의 10% 이하이면 이사회 결의만으로 합병이 가능하고 주주총회 특별결의를 생략할 수 있어요(상법 제527조의3).

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세무 효과

원칙적으로 과세 거래이지만, 적격합병 요건을 충족하면 과세 이연이 가능해요.

구분비적격합병적격합병
피합병법인 자산 이전시가로 양도 — 양도차익 과세장부가액 이전 — 과세 이연
이월결손금 승계불가제한적 허용
사후관리없음합병일로부터 2년

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실전 사례 — ㈜예시상사 소규모 흡수합병 절차

㈜예시상사(존속법인, 자본금 10억 원)가 자회사 ㈜예시물산(소멸법인, 자본금 8,000만 원)을 흡수합병하는 사례예요. 합병 대가가 ㈜예시상사 발행주식의 5%에 해당해 소규모 합병 요건에 해당해요.

1단계 — 이사회 결의

㈜예시상사 이사회에서 합병계약서를 승인해요. 소규모 합병 요건을 충족하므로 주주총회 특별결의 없이 진행할 수 있어요.

㈜예시물산(주식회사)도 이사회 결의로 합병 승인을 완료해요.

2단계 — 합병계약서 작성

합병기일, 합병비율(교부 주식 수), 합병 후 존속 법인명, 양도할 자산·부채 범위를 명기해요.

3단계 — 채권자 보호 절차

합병공고를 관보·일간지에 게재하고, 알려진 채권자에게 개별 통지해요. 이의 신청 기간은 최소 1개월이에요. 이의 채권자에게는 변제 또는 상당한 담보를 제공해야 해요.

4단계 — 합병 등기

합병기일 이후 2주 내에 존속법인(㈜예시상사) 변경 등기, 소멸법인(㈜예시물산) 해산 등기를 완료해요.

5단계 — 세무 처리

  • ㈜예시물산은 합병 등기일을 기준으로 사업연도가 종료해요. 사업연도 종료일로부터 3개월 내에 법인세 신고·납부가 필요해요.
  • 적격합병 요건(사업 목적·지분 연속성·사업 계속·고용 유지)을 모두 충족하면 ㈜예시물산의 자산 이전에 대한 양도차익 과세가 이연돼요.
  • 부가가치세: 사업 포괄 양수도에 해당하면 부가세가 면제돼요.

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FAQ

Q1. 합병 시 세무상 어떤 처리가 필요한가요?

합병이 이루어지면 세무상 피합병법인(소멸회사)의 청산과 합병법인(존속회사)의 자산 승계라는 두 가지 이슈가 동시에 발생해요.

피합병법인은 합병 등기일을 기준으로 사업연도가 종료된 것으로 봐요(법인세법 제44조). 자산 이전은 원칙상 시가 양도로 보아 양도차익에 과세하나, 적격합병 요건 충족 시 과세를 이연할 수 있어요. 합병법인은 승계 자산·부채를 비적격합병이면 시가, 적격합병이면 장부가액으로 계상해요.

부가가치세는 사업 포괄 양수도 요건을 충족하면 면제돼요. 취득세는 부동산 승계 취득 시 과세될 수 있으나 일부 감면 특례가 적용돼요.

Q2. 합병 후 피합병법인의 이월결손금 공제를 받을 수 있나요?

합병법인이 피합병법인의 이월결손금을 공제받는 것은 원칙적으로 허용되지 않아요(법인세법 제45조). 이는 세금 부담이 큰 회사가 결손금이 많은 회사와 합병해 세금을 줄이는 남용을 막기 위한 규정이에요.

다만 사업 목적 합병, 합병 후 일정 기간 사업 계속 등 적격합병 요건을 모두 충족하면 일정 범위에서 결손금 승계가 허용돼요. 단, 승계된 결손금은 피합병법인으로부터 인수한 사업에서 발생한 소득 범위 내에서만 공제할 수 있어요.

Q3. 소규모 합병에서 주주총회를 생략할 수 있는 정확한 기준은 무엇인가요?

상법 제527조의3에 따라 합병 대가로 교부하는 주식 수가 합병법인의 발행주식 총수의 10% 이하이면 합병법인의 주주총회 특별결의를 생략하고 이사회 결의만으로 합병을 진행할 수 있어요. 소멸법인도 발행주식 총수의 90% 이상을 합병법인이 보유하고 있으면 소멸법인의 주주총회도 생략 가능해요. 다만 소멸법인의 반대 주주 수가 발행주식 총수의 20%를 초과하면 주주총회 생략 불가 등 요건이 구체적으로 달라질 수 있으므로 상법 원문을 확인하는 것이 좋아요.

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자주 하는 실수

실수 1 — 채권자 보호 절차 기간을 짧게 잡는 경우

채권자 이의 신청 기간은 공고일로부터 최소 1개월이에요. 실무에서 일정을 촉박하게 잡아 1개월 미만으로 공고하면 합병 절차 자체가 무효가 될 수 있어요. 공고 게재 확인, 개별 통지 발송일, 이의 처리 기간을 역산해 충분한 여유를 두고 일정을 짜야 해요.

실수 2 — 합병 등기 후 법인세 신고를 잊는 경우

피합병법인은 합병 등기일을 기준으로 사업연도가 종료되므로, 일반 결산 일정(12월 말)과 무관하게 등기일로부터 3개월 이내에 별도로 법인세 신고·납부를 해야 해요. 이를 놓치면 무신고 가산세가 부과돼요.

실수 3 — 적격합병 사후관리 요건을 간과하는 경우

적격합병으로 과세 이연을 받더라도 합병일로부터 2년 내에 피합병법인의 사업을 폐지하거나 주요 자산을 처분하면 이연된 세액이 추징돼요. 합병 후 구조조정·사업 통폐합 계획이 있다면 사후관리 기간을 반드시 사전에 검토해야 해요.

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체크리스트

합병 진행 전 아래 5가지를 확인해 보세요.

  • 합병 유형(흡수합병·신설합병), 소규모 합병 해당 여부를 먼저 판단했나요?
  • 채권자 보호 공고 기간을 1개월 이상 확보하고 개별 통지 대상 채권자를 빠짐없이 파악했나요?
  • 피합병법인의 법인세 별도 신고·납부 기한(합병 등기일로부터 3개월)을 캘린더에 등록했나요?
  • 적격합병 4가지 요건(사업 목적·지분 연속성·사업 계속·고용 유지 80%)을 모두 충족하는지 검토했나요?
  • 적격합병 사후관리 기간(2년) 내 사업 폐지·자산 처분 계획이 없는지 확인했나요?

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출처와 이력
근거·출처
개정 이력 (1건)
  • 2026-05-23문서 발행

목차

  • 합병이란?
  • 합병 유형
  • 흡수합병
  • 신설합병
  • 절차 요약
  • 세무 효과
  • 실전 사례 — ㈜예시상사 소규모 흡수합병 절차
  • 1단계 — 이사회 결의
  • 2단계 — 합병계약서 작성
  • 3단계 — 채권자 보호 절차
  • 4단계 — 합병 등기
  • 5단계 — 세무 처리
  • FAQ
  • 자주 하는 실수
  • 체크리스트