합병·분할 취득세 — 적격합병 세율 특례와 중소기업 합병·적격분할 감면

합병·분할 취득세의 뜻과 적용 대상

합병이나 분할로 부동산을 넘겨받는 법인은 그 부동산을 취득한 것이 되어 취득세 납세의무가 생겨요. 법인이 합병 또는 분할로 부동산을 취득하면 지방세법 제11조 제1항 제7호(그 밖의 원인으로 인한 취득)의 세율이 적용돼요(제11조 제5항). 농지가 아닌 부동산이면 1천분의 40, 즉 4%예요.

이 4%를 그대로 내는 경우는 비적격 합병과 비적격 분할이에요. 법인세법에서 적격합병 요건을 갖추면 취득세 세율 자체가 낮아지고, 거기에 중소기업 감면까지 겹칠 수 있어요. 분할은 세율 특례는 없고 적격분할 요건을 갖췄을 때 감면만 있어요. 법인세 과세이연 요건은 적격합병·분할 요건에서 다루고, 여기서는 그 요건이 취득세에 어떻게 이어지는지를 봐요.

핵심 기준

합병 취득세율

적격합병이어도 취득물건이 지방세법 제13조 제2항(대도시에서 법인을 설립하거나 지점을 설치한 뒤의 부동산 취득 등)에 해당하면 제15조 제1항 단서에 따라 세율의 100분의 300이 적용돼요. 이 글의 예시는 이런 중과가 없는 경우예요.

적격합병은 법인세법 제44조 제2항(요건을 모두 갖춘 합병) 또는 제3항(완전 모자회사 간 합병 등)에 해당하는 합병이에요. 법인세법 제44조 제2항의 요건은 합병등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 합병일 것, 합병대가 중 합병법인 주식 등이 100분의 80 이상일 것, 승계한 사업을 사업연도 말까지 계속할 것, 승계 근로자 비율이 100분의 80 이상일 것이에요.

중소기업 합병 60% 경감의 범위

지방세특례제한법 제57조의2 제1항은 법인세법상 적격합병 중 다음 합병으로 양수하는 사업용 재산을 2027년 12월 31일까지 취득할 때 적격합병 취득세의 100분의 60을 경감해요.

분할과 그 밖의 구조개편 감면

지방세특례제한법 제57조의2 제3항은 2027년 12월 31일까지 취득하는 다음 사업용 재산의 취득세를 100분의 50 경감해요.

부동산 임대 및 공급업에 해당하는 중소기업이 양수하는 재산은 중소기업 통합 감면에서 빠져요. 부동산임대업을 주업으로 하는 사업부문 등 법인세법 제46조 제3항에 해당하는 분할은 적격분할로 보지 않으므로 감면 대상이 아니에요.

사후관리와 추징

추징 대상이 되면 사유 발생일부터 60일 이내에 추징세액을 신고하고 납부해야 해요(지방세법 제20조 제3항). 지방세특례제한법에 따라 감면된 취득세(중소기업 합병 60% 경감, 적격분할 50% 경감 등)를 추징할 때는 당초 취득세 납부기한 다음 날부터 추징 사유 발생일까지의 이자상당액이 더해져요(지방세특례제한법 제178조 제2항, 같은 법 시행령 제123조의2). 부득이한 사유로 법인세법상 사후관리를 적용받지 않는 경우(같은 항 각 호 외의 부분 단서)는 추징에서 제외돼요.

신고·납부 시기

취득세는 취득일부터 60일 이내에 신고하고 납부해요(지방세법 제20조 제1항). 등기나 등록을 그 기한 안에 하려면 등기·등록 신청서를 접수하는 날까지 신고·납부해야 해요(같은 조 제4항). 신고 방법은 취득세 신고 납부 기한과 같아요.

지방교육세는 취득세와 함께 신고해요. 지방교육세는 표준세율에서 1천분의 20을 뺀 세율로 계산하므로 적격합병 세율 특례와 무관하게 같고, 감면이 있으면 지방교육세도 같은 감면율로 줄어요(지방세법 제151조 제1항 제1호 다목 1)). 적격합병 취득세(제15조 제1항 제1호부터 제3호)는 농어촌특별세 비과세예요(농어촌특별세법 제4조 제10의4호). 비적격 합병 등 농어촌특별세를 내는 경우는 취득세 표준세율 2%로 산출한 세액의 10%가 기준이에요(같은 법 제5조 제1항 제6호).

계산·처리 예시

㈜예시상사가 같은 중소기업인 ㈜예시전자를 흡수합병하면서 취득 당시 가액 10억 원의 공장 건물(과밀억제권역 밖, 농지 아님)을 넘겨받았어요. 법인세법 적격합병 요건은 모두 갖췄다고 가정해요.

비적격 합병이었다면 농어촌특별세는 10억 원 × 2% × 10% = 200만 원이에요. 적격합병은 농어촌특별세 비과세라 0원이에요. 합병 후 부담은 비적격 합병 기준 취득세·지방교육세·농어촌특별세 합계 4,600만 원에서 적격 중소기업 합병 기준 취득세·지방교육세 합계 960만 원으로 줄어요.

합병등기 후 2년 만에 ㈜예시상사가 승계한 사업을 폐지하면 법인세법 제44조의3 제3항 제1호 사유가 3년 이내에 발생해요. 이때 추징 대상은 다음과 같아요.

사유 발생일부터 60일 이내에 3,200만 원을 신고하고 납부해야 해요. 이 가운데 지방세특례제한법으로 감면받은 1,200만 원에는 당초 납부기한 다음 날부터 사유 발생일까지의 이자상당액이 더해져요. 지방교육세도 감면분이 사라지는 만큼 다시 계산돼요.

자주 하는 실수

• 법인세 과세이연만 챙기고 취득세는 4%로 그대로 신고해요. 적격합병이면 세율 특례가 있으니 합병등기 전에 적격 여부를 확정해 신고서에 반영해요.
• 중소기업 간 합병 60% 경감을 적격합병과 상관없이 받을 수 있다고 봐요. 지방세특례제한법 제57조의2 제1항은 법인세법상 적격합병(제44조 제2항·제3항)을 전제로 해요.
• 3년 사후관리를 법인세만의 문제로 봐요. 근로자 수가 합병 전 합계의 100분의 80 밑으로 떨어지거나 승계 사업을 폐지하면 취득세도 추징돼요. 추징 신고는 사유 발생일부터 60일 이내예요.
• 분할도 합병처럼 세율이 낮아진다고 생각해요. 분할은 제15조 제1항 세율 특례가 없고, 적격분할 요건을 갖췄을 때 지방세특례제한법 제57조의2 제3항에 따라 50%를 경감받아요.
• 적격분할로 부동산임대업 사업부문을 나누고 감면을 기대해요. 법인세법 제46조 제3항에 해당하는 분할은 적격분할이 아니라 감면 대상도 아니에요.
• 일몰 시한을 놓쳐요. 이 감면은 2027년 12월 31일까지 취득한 사업용 재산에 적용되므로 합병·분할 일정을 그 안에 맞춰요.

관련 문서

• 적격합병 분할 요건
• 합병
• 분할
• 취득세 신고 납부 기한
• 지방세법