기업부설연구소 취득세·재산세 감면 — 중소기업 60%·수도권 45%
- 기업부설연구소에 직접 쓰는 부동산은 중소기업이 취득세·재산세를 각 60%(수도권 45%), 상호출자제한기업집단은 35%(수도권 부동산 제외), 그 밖의 기업은 45%(수도권 30%) 경감받아요(2028년 12월 31일까지).
- 신성장·원천기술 또는 국가전략기술 연구소는 취득세·재산세를 100분의 15 더 경감받고, 인정일부터 3년 이내에 심의 결과를 받아야 해요. 부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내만 인정돼요.
- 취득 후 1년(신축 토지 2년) 안에 연구소로 인정받지 못하거나 설치 후 4년 이내에 폐쇄하면 경감분을 추징하고 이자상당액이 더해져요.
추천 대상 · 기업부설연구소로 쓸 건물이나 토지를 취득했거나 취득하려는 기업의 대표와 회계 담당자
기업부설연구소 지방세 감면의 뜻과 적용 대상
기업부설연구소로 쓸 부동산을 사면 취득세를, 그 부동산을 연구소로 쓰는 동안은 재산세를 감면받을 수 있어요. 지방세특례제한법 제46조 제1항이 근거이고, 감면 대상은 연구소에 직접 사용하기 위해 취득하는 부동산이에요. 부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내만 인정돼요.
연구소는 기업부설연구소등의 연구개발 지원에 관한 법률 제7조 제1항에 따라 인정받은 기업부설연구소여야 해요(지방세특례제한법 시행령 제23조 제1항). 연구소 설립 요건과 연구개발 세액공제는 기업부설연구소 세금혜택에서 다루고, 여기서는 부동산을 취득하거나 보유할 때의 지방세만 봐요.
핵심 기준
기업 유형별 감면율(제46조 제1항)
2028년 12월 31일까지 경감해요. 취득세는 취득하는 부동산에, 재산세는 과세기준일 현재 연구소에 직접 사용하는 부동산에 적용돼요.
| 기업 유형 | 수도권 밖(또는 수도권 중 인구감소지역) | 수도권(인구감소지역 제외) |
|---|---|---|
| 중소기업기본법상 중소기업 | 취득세·재산세 각 100분의 60 | 각 100분의 45 |
| 상호출자제한기업집단 소속 기업 | 각 100분의 35 | 감면 제외 |
| 그 밖의 기업(중견기업 등) | 각 100분의 45 | 각 100분의 30 |
수도권은 수도권정비계획법 제2조 제1호의 수도권이고, 인구감소지역은 지방자치분권 및 균형성장에 관한 특별법 제2조 제12호의 지역이에요(지방세특례제한법 제2조 제1항 제4호·제5호의2).
신성장·국가전략기술 연구소 추가 경감(제46조 제2항)
| 연구소 유형 | 추가 경감 | 요건 |
|---|---|---|
| 신성장·원천기술 분야 연구소 | 취득세·재산세의 100분의 15 | 연구산업진흥법상 연구산업을 영위하는 국내 소재 기업이 신성장·원천기술연구개발업무를 수행하고, 연구소 인정일부터 3년 이내에 연구개발세액공제기술심의위원회에서 해당 기술이라는 심의 결과를 통지받을 것 |
| 국가전략기술 분야 연구소 | 취득세·재산세의 100분의 15 | 같은 방식으로 국가전략기술연구개발업무를 수행하고 3년 이내 심의 결과를 통지받을 것 |
요건은 지방세특례제한법 시행령 제23조 제2항·제3항이 정하고, 심의 대상 기술은 조세특례제한법 시행령 별표 7(신성장·원천기술)과 별표 7의2(국가전략기술)예요.
추징 사유(제46조 제3항)
| 추징 사유 | 추징 범위 |
|---|---|
| 정당한 사유 없이 부동산을 취득한 후 1년(건축물을 신축하는 경우 해당 토지는 2년) 이내에 기업부설연구소로 인정받지 못한 경우 | 경감된 취득세·재산세 |
| 연구소로 인정받은 날부터 3년 이내에 신성장·원천기술 또는 국가전략기술 심의 결과를 받지 못한 경우 | 제2항으로 추가 경감된 부분만 |
| 연구소 설치 후 4년 이내에 정당한 사유 없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 | 경감된 취득세·재산세 |
감면된 취득세를 추징할 때는 당초 취득세 납부기한 다음 날부터 추징 사유 발생일까지의 이자상당액이 가산돼요(지방세특례제한법 제178조 제2항, 같은 법 시행령 제123조의2).
함께 붙는 지방교육세
| 세목 | 계산 기준 | 근거 |
|---|---|---|
| 취득세 | 과세표준 × 4%(부동산 유상 취득, 농지 외) | 지방세법 제11조 제1항 제7호 나목 |
| 지방교육세(취득) | 과세표준 × (4% - 2%) × 20%, 취득세 감면율만큼 감면 | 지방세법 제151조 제1항 제1호 |
| 지방교육세(재산세) | 감면 후 재산세액의 20% | 같은 항 제6호 |
취득세를 감면받는 자는 농어촌특별세 납세의무자이고(농어촌특별세법 제3조 제1호), 세액은 별도로 계산돼요. 세율은 농어촌특별세법 제5조 제1항 표에서 확인해야 하고, 이 글의 예시 금액에서는 제외했어요.
신고·납부 시기
취득세는 취득일부터 60일 이내에 신고하고 납부해요(지방세법 제20조 제1항). 감면은 신청이 원칙이라 신고 때 감면 신청을 함께 해요(지방세특례제한법 제183조 제1항). 재산세는 6월 1일이 과세기준일이고(지방세법 제114조), 건축물분은 7월 16일부터 7월 31일까지 내요(제115조 제1항 제2호). 재산세 감면은 매년 과세기준일 현재 연구소로 직접 사용하는지로 판단해요.
연구소 인정은 취득 후 1년(신축 토지는 2년) 안에 받아야 해서, 인정 신청 일정을 취득 계획에 넣어야 해요. 인정은 과학기술정보통신부장관이 하고(기업부설연구소등의 연구개발 지원에 관한 법률 제7조 제1항), 신청 실무는 한국산업기술진흥협회: 기업부설연구소 인정과 R&D 세무 연결에서 다뤄요.
계산·처리 예시
중소기업인 ㈜예시상사가 경기도(수도권, 인구감소지역 아님)에서 연구소용 건물과 부속토지를 취득했어요. 취득세 과세표준은 20억 원이고, 부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내예요. 재산세는 연 1,000만 원이 나온다고 가정해요.
| 항목 | 금액 | 계산 |
|---|---|---|
| 감면 전 취득세 | 8,000만 원 | 20억 원 × 4% |
| 감면액(수도권 중소기업 45%) | 3,600만 원 | 8,000만 원 × 45% |
| 납부할 취득세 | 4,400만 원 | 8,000만 원 - 3,600만 원 |
| 납부할 지방교육세 | 440만 원 | 800만 원 × 55% |
| 감면 후 재산세(연) | 550만 원 | 1,000만 원 × 55% |
| 지방교육세(재산세분) | 110만 원 | 550만 원 × 20% |
이 연구소가 신성장·원천기술 분야로 심의 결과까지 받으면 취득세 8,000만 원의 100분의 15인 1,200만 원이 더 경감돼요. 감면액은 4,800만 원, 납부할 취득세는 3,200만 원이에요. 재산세도 1,000만 원의 100분의 15인 150만 원이 더 경감돼요.
연구소 설치 3년 만에 연구소를 폐쇄하면 4년 이내 사유예요.
| 항목 | 금액 | 비고 |
|---|---|---|
| 추징 취득세 | 3,600만 원 | 45% 경감분(추가 경감을 받았다면 4,800만 원) |
| 가산액 | 이자상당액 | 취득세 납부기한 다음 날부터 폐쇄일까지 |
| 추징 재산세 | 경감받은 재산세 | 지방세특례제한법 제46조 제3항에 따라 경감분을 추징 |
추징 취득세는 사유가 생긴 날부터 60일 이내에 신고하고 납부해야 해요(지방세법 제20조 제3항).
자주 하는 실수
- 연구소 인정 전에 취득하고 인정 신청을 미뤄요. 취득 후 1년(신축 토지는 2년) 안에 인정받지 못하면 감면이 추징돼요.
- 부속토지를 건물 바닥면적의 7배 넘게 취득했는데 전체가 감면이라고 봐요. 7배를 넘는 부분은 감면 범위 밖이에요.
- 수도권 소재 부동산도 모두 같은 감면율이라고 봐요. 수도권(인구감소지역 제외)은 중소기업 45%, 중견기업 등 30%이고, 상호출자제한기업집단은 수도권 부동산 감면이 없어요.
- 취득세 감면만 챙기고 재산세 감면을 신청하지 않아요. 연구소로 직접 사용하는 동안 매년 재산세가 경감되므로 과세기준일(6월 1일) 현재 직접 사용 상태를 유지해요.
- 연구소를 4년 안에 이전하거나 다른 부서로 돌려 쓰면 추징 사유예요. 정당한 사유가 있는지는 폐쇄 전에 자치단체와 확인해요.
- 추가 경감 15%를 연구소 인정만으로 받을 수 있다고 봐요. 연구개발세액공제기술심의위원회의 심의 결과를 3년 안에 받지 못하면 그 부분이 추징돼요.