약국 세무: 의약품 매출 과세, 매입세액 공제, 현금영수증 의무발행
- 의약품 판매는 면세가 아니라 부가가치세 과세라, 일반과세자로 신고해요.
- 건강보험공단이 부담하는 조제약값도 약국의 과세 매출이에요.
- 약국은 현금영수증 의무발행 업종이라 10만 원 이상 현금거래는 자진발급해요.
추천 대상 · 약국을 개설한 약사, 약국 회계·세무를 맡은 직원, 의약품 매출 과세 처리가 처음인 담당자
약국은 면세인가요, 과세인가요?
병원 진료는 면세지만, 약국의 의약품 판매는 부가가치세 과세예요. 의약품은 면세 재화가 아니라서, 약국은 일반과세자로 사업자 등록을 하고 부가가치세를 신고·납부해요. 진료(의사)와 조제·판매(약사)의 부가가치세 취급이 다르다는 점이 핵심이에요.
| 매출 구분 | 내용 | 부가가치세 |
|---|---|---|
| 처방조제 본인부담금 | 환자가 직접 내는 약값 | 과세 |
| 처방조제 공단청구분 | 건강보험공단이 부담하는 조제약값 | 과세 |
| 일반의약품(OTC) 판매 | 처방 없이 사는 약 | 과세 |
| 건강기능식품·잡화 | 영양제·위생용품 등 | 과세 |
건강보험공단이 나중에 입금하는 조제약값도 약국 입장에선 의약품을 공급한 대가라 과세 매출이에요. 공단 청구분을 매출에서 빼면 안 돼요.
의약품 매입세액은 공제되나요?
네. 일반과세자라 의약품 도매업체에서 받은 세금계산서의 매입세액을 공제받아요. 의약품 매입은 금액이 크니 세금계산서를 빠짐없이 받아 두는 게 절세의 핵심이에요.
- 의약품 도매 매입 → 세금계산서 수취 → 매입세액 공제
- 약국 인테리어·조제대·냉장설비 → 일반과세자면 매입세액 공제 + 감가상각
- 임차료 → 세금계산서 받으면 매입세액 공제
현금영수증은 꼭 발급해야 하나요?
약국(의약품·의료용품 소매업)은 현금영수증 의무발행 업종에 해당해요. 그래서 건당 10만 원 이상 현금거래는 소비자가 요청하지 않아도 5일 안에 자진발급해야 해요. 인적사항을 모르면 국세청 지정코드(010-000-1234)로 발급해요.
의무발행을 어기면 미발급 금액의 20%가 가산세로 붙을 수 있어요. 10만 원 미만 거래도 소비자가 요청하면 발급해요.
카드·현금영수증 매출이 많으면 세액공제가 있나요?
개인 일반과세자(법인 제외)는 신용카드·현금영수증 발행금액에 대해 부가가치세에서 일정 비율을 공제받을 수 있어요. 공제율은 발행금액의 1.3%(2026년 12월 31일까지 적용되는 특례, 원래는 1%)이고 한 해 1,000만 원까지 공제돼요. 직전연도 공급가액이 10억 원을 넘는 개인사업자는 대상에서 빠지는데, 처방조제 매출이 큰 약국은 이 기준에 걸리는 경우가 많아요.
약국 부가세 계산 예시
행복약국(개인 일반과세자)의 1기(1~6월) 실적이 다음과 같다고 할게요.
- 처방조제 매출(본인부담금 + 공단청구분): 2억 8,000만 원
- 일반의약품·건강기능식품 매출: 6,000만 원
- 과세 매출 합계: 3억 4,000만 원 → 매출세액 3,400만 원
- 의약품·소모품 매입세액: 2,900만 원
- 1기 부가가치세 납부 예상액: 3,400만 − 2,900만 = 500만 원
처방조제는 매입(의약품)도 그만큼 크기 때문에, 매입세액을 빠짐없이 챙기면 납부세액이 크게 줄어요.
자주 하는 실수
- 의약품을 면세로 오해해요. 의약품 판매는 과세예요. 면세로 등록하면 매입세액 공제도 못 받고 정정하며 가산세를 물 수 있어요.
- 공단청구분을 매출에서 빠뜨려요. 건강보험공단 부담 조제약값도 과세 매출이에요. 본인부담금만 매출로 잡으면 매출 누락이에요.
- 의약품 매입 세금계산서를 안 챙겨요. 매입세액 공제의 핵심이라, 도매 매입 세금계산서를 빠짐없이 받아 둬야 해요.
자주 묻는 질문 (FAQ)
Q1. 병원은 면세인데 약국은 왜 과세인가요?
의사의 진료용역은 면세 보건용역이지만, 약국이 의약품을 조제·판매하는 것은 재화의 공급이라 과세예요. 그래서 약국은 일반과세자로 부가가치세를 신고해요.
Q2. 건강보험공단에서 받는 돈도 세금을 내나요?
공단청구분은 약국의 과세 매출에 포함돼요. 다만 그만큼 의약품 매입세액도 크기 때문에, 매입을 제대로 반영하면 실제 납부세액은 매출세액보다 훨씬 작아요.
Q3. 약국도 성실신고확인을 받아야 하나요?
도소매업은 직전연도 수입금액이 일정 기준을 넘으면 성실신고확인 대상이 돼요. 약국은 매출이 큰 편이라 해당할 수 있으니, 수입금액 기준을 미리 확인해 5월(또는 6월) 신고를 준비해요.
실무 체크리스트
- 의약품 판매를 과세로 보고 일반과세자로 등록했는지 확인하기
- 처방조제 본인부담금과 공단청구분을 모두 매출로 잡기
- 의약품 도매 매입 세금계산서를 빠짐없이 받아 매입세액 공제 준비하기
- 10만 원 이상 현금거래는 현금영수증 자진발급하기
- 직원(조제보조·카운터) 4대보험 가입과 매월 원천징수 처리하기
- 7월·1월 부가가치세, 5월 종합소득세 신고 전 매출·매입 자료 정리하기
약국 신고 흐름 요약
약국은 부가세 신고와 현금영수증 발급 의무 — 의무 업종과 미발급 가산세를 함께 닫아야 해요. 직원 급여는 4대보험 자격 취득 상실 신고와 급여·원천징수 실무, 원장 개인 소득은 종합소득세 신고 절차와 연결돼요.