비영리법인 자산양도소득 신고 특례 — 수익사업 없는 법인의 토지·건물·주식 양도소득세 방식 납부

비영리법인 자산양도소득 신고 특례의 뜻과 적용 대상

비영리법인이 토지나 건물, 주식을 팔고 차익이 생기면 원칙적으로 그 차익은 법인세법 제4조 제3항 제4호부터 제6호의 수입으로 보아 각 사업연도 소득에 들어가고, 사업연도가 끝난 뒤 법인세 과세표준으로 신고해요. 법인세법 제62조의2는 이 경우에 법인세 과세표준 신고를 하지 않는 대신, 소득세법의 양도소득세 방식으로 계산한 세액을 법인세로 내는 길을 열어 줘요. 조문 제목은 '비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 신고 특례'예요.

적용 대상은 두 가지 조건을 함께 갖춘 법인이에요.

• 비영리내국법인이어야 해요. 법인세법 제2조 제2호는 민법 제32조에 따라 설립된 법인(재단법인·사단법인), 사립학교법이나 특별법에 따라 설립된 법인 가운데 일정한 법인, 국세기본법 제13조 제4항의 법인으로 보는 단체를 비영리내국법인으로 정해요. 법인 등기를 하지 않은 종교단체나 종중은 법인으로 보는 단체에 해당해야 이 범위에 들어가요(법인으로 보는 단체 참고).
• 법인세법 제4조 제3항 제1호의 수익사업을 하지 않아야 해요. 제1호는 제조업, 건설업, 도매 및 소매업처럼 한국표준산업분류에 따른 사업 중 시행령 제3조로 정하는 것이에요. 이런 사업을 하는 법인은 특례에서 빠져요.

이자소득이나 배당소득은 제2호와 제3호에 따른 수익사업 수입이지만, 특례에서 빼는 대상은 제1호 사업을 하는 법인뿐이에요. 그래서 예금 이자나 배당만 받는 종중이나 교회라도 비영리내국법인이고 제1호 사업을 하지 않으면 특례를 쓸 수 있어요. 수익사업의 범위와 구분경리는 비영리법인 수익사업에서 이어서 볼 수 있어요.

특례 대상 자산은 법인세법 제62조의2 제1항의 세 갈래예요.

핵심 기준

특례의 뼈대는 '신고하지 않을 수 있다'는 선택권이에요. 신고하지 않은 자산양도소득은 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 들어가지 않고, 대신 양도소득세 방식으로 따로 계산한 세액을 법인세로 내요.

사업연도 단위 적용이 이 특례의 가장 중요한 제한이에요. 시행령 제99조의2 제2항은 특례를 양도일이 속하는 사업연도 단위로 적용한다고 정하고, 그 사업연도에 특례를 적용하지 않았다면 그해 양도소득에는 제62조의2를 적용하지 않는다고 정해요. 같은 해에 팔린 자산 중 일부만 특례로 처리하고 나머지는 법인세로 신고하는 선택이 허용되는지는 조문에 명시돼 있지 않아요. 한 해에 양도한 자산은 같은 방식으로 처리하는 편이 안전해요.

특례로 계산하는 순서

과세표준은 소득세법을 준용해서 구해요. 법인세법 제62조의2 제3항과 제4항, 제5항이 소득세법 조문을 불러와요.

1. 양도가액을 정해요. 자산의 양도로 생긴 총수입금액이에요.
2. 필요경비를 빼서 양도차익을 구해요. 양도가액·필요경비·양도차익의 계산은 소득세법 제96조부터 제98조까지와 제100조를 준용해요.
3. 장기보유 특별공제를 빼요. 소득세법 제95조 제2항은 이 공제를 보유기간 3년 이상인 토지·건물 등에 대해 정해요.
4. 양도소득 기본공제 연 250만 원을 빼요. 소득세법 제103조 제1항은 소득별로 연 250만 원을 공제하며, 토지·건물 등(제94조 제1항 제1호·제2호·제4호)은 한 묶음으로, 주식등은 따로 한 묶음으로 봐요. 미등기양도자산은 이 공제에서 빠져요.
5. 소득세법 제104조 제1항 각 호의 세율을 곱해요. 토지·건물은 보유기간과 자산 종류에 따라 기본세율, 40%, 50%, 70% 같은 세율이 갈라지고, 주식은 중소기업 여부와 대주주 여부에 따라 달라져요.
6. 소득세법 제104조 제4항에 따라 가중된 세율을 적용하는 경우에는 법인세법 제55조의2를 적용하지 않아요(법인세법 제62조의2 제2항 후단). 제104조 제4항은 지정지역의 비사업용 토지 등에 기본세율에 10%포인트를 더한 세율을 적용하게 정해요.

기본세율은 소득세법 제55조 제1항의 종합소득 세율표이고, 과세표준 1,400만 원 이하 6%부터 10억 원 초과 45%까지 8단계예요. 세부 구간은 양도소득세 세율 세무에서 확인해요.

신고·납부 절차

신고와 납부는 법인세법 제62조의2 제6항부터 제8항에 따라 아래처럼 흘러가요.

예정신고를 한 법인도 원하면 법인세법 제60조 제1항에 따른 과세표준 신고를 할 수 있어요. 이때 예정신고로 낸 세액은 법인세 신고에서 납부할 세액에서 빼 줘요(시행령 제99조의2 제5항). 예정신고에는 양도소득과세표준예정신고서를 써요(같은 조 제6항). 소득세법 제105조 제3항에 따라 양도차익이 없거나 양도차손이 났을 때도 예정신고 의무는 있어요.

예정신고를 했더라도 소득세법 제110조 제4항 단서에 해당하면 제6항의 과세표준 신고를 따로 해야 해요(법인세법 제62조의2 제8항 단서). 이 단서는 누진세율 적용 자산에 대해 한 해에 예정신고를 두 번 이상 하는 경우 등을 가리켜요.

출연받은 자산을 팔 때 취득가액

종교단체나 재단은 신도나 설립자에게서 부동산을 출연받는 경우가 많아요. 상속세 및 증여세법에 따라 상속세·증여세 과세가액에 넣지 않은 재산을 출연받은 비영리법인이 시행령으로 정하는 자산을 팔면, 법인이 얼마에 샀는지가 아니라 출연자의 취득가액을 법인의 취득가액으로 봐요(법인세법 제62조의2 제4항 단서).

시행령 제99조의2 제3항이 정하는 자산은 출연받은 날부터 3년 이내에 양도하는 자산이에요. 다만 1년 이상 법령에서 정한 사업, 허가·인가를 받은 사업, 법인등기부상 목적사업에 직접 사용한 자산은 제외돼요. 이 제외 규정의 괄호에서 보건업 외의 수익사업은 직접 사용에서 빠져요. 상속세나 증여세를 사후에 전액 부과받은 경우에는 이 규정을 적용하지 않아요(같은 조 제4항).

법인으로 보는 단체는 승인을 받기 전에 당초 취득한 가액을 취득가액으로 봐요(법인세법 제62조의2 제4항 단서). 종중이 법인으로 보는 단체 승인을 받기 전에 산 토지를 승인 뒤에 팔 때 쓰는 규정이에요.

계산·처리 예시

비영리법인 예시종중을 가정해 볼게요. 예시종중은 제1호 수익사업을 하지 않고, 2024년 3월에 취득한 토지 하나를 2026년 10월에 팔아요. 보유기간이 2년 이상 3년 미만이라 장기보유 특별공제가 없고, 비사업용 토지나 미등기 같은 중과 사유는 없다고 가정해요.

과세표준이 5억 원 초과 10억 원 이하 구간이므로 세율 42%에 누진공제 35,940,000원을 적용해요.

• 597,500,000원 × 42% = 250,950,000원
• 250,950,000원 − 35,940,000원 = 215,010,000원

세액 215,010,000원을 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월 안에 예정신고·납부해요. 예시종중이 특례를 쓰지 않으면 이 차익이 사업연도 소득에 들어가 법인세율로 과세되고, 이 경우 소득세법 제104조 제1항 세율이 아니라 법인세법 제55조 제1항의 세율이 적용돼요. 어느 쪽이 세금이 적은지는 양도차익과 그 사업연도 다른 소득의 크기, 보유기간에 따라 달라져요.

자주 하는 실수

• 수익사업이 있는 법인인데 특례를 쓰려고 해요. 임대업이나 제조업처럼 제4조 제3항 제1호 수익사업을 하는 비영리법인은 특례 대상이 아니에요. 사업자등록이 있고 부가가치세 신고를 하는 법인이라면 먼저 해당 여부를 확인해야 해요.
• 같은 해 양도 자산 중 유리한 것만 특례로 처리해요. 시행령 제99조의2 제2항이 사업연도 단위 적용을 정하고 있고 자산별 선택은 조문에 명시돼 있지 않아서, 그해 양도한 자산은 한 방식으로 처리하는 편이 안전해요.
• 예정신고 기한을 놓쳐요. 토지·건물 등은 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월이고, 국내 주식등은 반기 단위예요. 법인세 신고 기한인 사업연도 종료 후 3개월과 헷갈리기 쉬워요.
• 양도차손이 났을 때 신고하지 않아요. 소득세법 제105조 제3항은 양도차익이 없거나 양도차손이 난 경우에도 예정신고를 하라고 정해요.
• 출연받은 부동산의 취득가액을 법인이 받은 날의 가액으로 계산해요. 출연받은 날부터 3년 이내에 파는 자산은 출연자의 취득가액으로 계산하는 경우가 있어요.
• 특례로 신고하면 법인세 신고에서 완전히 빠진다고 생각해요. 신고하지 않은 자산양도소득은 사업연도 소득에서 빠지지만, 예정신고를 하지 않았다면 사업연도 법인세 신고 때 다른 법인세액에 합산해 신고·납부해야 해요.

관련 문서

• 비영리법인 세무 — 고유목적사업준비금과 수익사업 과세
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