중소기업 주요 세액공제 총정리
- 중소기업은 R&D·투자·고용·창업 등 다양한 세액공제 혜택을 받을 수 있어요. 매년 법인세 신고 전 체크리스트로 활용하세요.
추천 대상 · 신입 회계 담당자, 회계 담당자
중소기업 세액공제 개요
「조세특례제한법(조특법)」은 중소기업에게 다양한 세액공제·세액감면을 제공해요. 법인세 신고 전 아래 항목을 하나씩 점검하면 놓치는 절세 기회를 줄일 수 있어요.
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주요 세액공제·감면 목록
① 연구·인력개발비 세액공제 (조특법 §10)
- 중소기업은 당기 R&D 비용 지출액의 25%를 공제받을 수 있어요.
- 전년 대비 증가분 방식으로도 계산해서 유리한 쪽을 선택할 수 있어요.
- 자세한 내용은 연구개발비 세액공제 (R&D 공제) — 신청 방법과 공제율에서 확인하세요.
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② 통합투자세액공제 (조특법 §24)
기계장치·설비 등 사업용 자산에 투자하면 투자금액의 일정 비율을 법인세에서 직접 공제받아요.
| 구분 | 기본공제율 | 투자증가분 추가공제 |
|---|---|---|
| 일반 자산 | 10% | +3% |
| 신성장·원천기술 사업화시설 | 12% | +3% |
| 국가전략기술 사업화시설 | 25% | 법령에서 확인하세요 |
> 건물·차량 등은 원칙적으로 공제 대상 자산에서 제외돼요(사업용 특수 목적 자산은 예외).
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③ 통합고용세액공제 (조특법 §29의8)
상시근로자 수가 전년보다 늘어난 만큼, 늘어난 인원 1인당 정해진 금액을 공제받아요.
| 구분 | 공제 금액 (1인당) |
|---|---|
| 청년·장애인·60세 이상·경력단절여성 고용 | 1,450만 원 (수도권) / 1,550만 원 (지방) |
| 그 외 상시근로자 | 850만 원 (수도권) / 950만 원 (지방) |
- 공제 기간은 최초 공제 연도를 포함해 3년이에요(2·3년차는 1년차 공제금액을 그대로 유지, 고용 유지 조건).
- 세액공제를 받은 뒤 근로자 수가 줄면 공제받은 세액이 추징될 수 있어요.
> 2025년부터 옛 고용증대세액공제·중소기업 사회보험료세액공제(조특법 §30의4, 2024년 귀속분까지 적용)·정규직전환세액공제·경력단절여성 재고용세액공제가 통합고용세액공제 하나로 합쳐졌어요. 예전에 고용증대세액공제를 적용받고 있었다면, 제도가 바뀐 뒤에도 그 사업연도의 사후관리(고용 유지) 의무는 그대로 남아있을 수 있어요.
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④ 중소기업 특별세액감면 (조특법 §7)
업종·기업 규모(소기업/중기업)·지역에 따라 법인세의 일정 비율을 감면받아요(공제가 아닌 감면).
| 업종 | 수도권 내 | 수도권 외 |
|---|---|---|
| 제조업 | 20% | 30% |
| 도소매·음식·숙박 | 10% | 15% |
| IT·정보처리 | 20% | 30% |
> 위 표는 대표적인 예시이고, 소기업·중기업 구분에 따라 세부 감면율이 달라져요. 정확한 감면율은 사업장 규모·업종 기준으로 법령에서 확인해 주세요. 감면 한도는 연간 1억 원(성실신고 법인은 2억 원)이에요.
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⑤ 창업중소기업 세액감면 (조특법 §6)
수도권 과밀억제권역 외에서 창업하면 최초 5년간 소득세·법인세를 감면받아요.
| 업종 | 감면율 |
|---|---|
| 제조업·음식점·소프트웨어 등 | 50% |
| 청년 창업 (만 34세 이하, 병역이행 기간 최대 6년 차감) | 100% |
> 수도권 과밀억제권역 창업 시 감면이 없어요. 2026년 1월 1일 이후 창업분부터는 지역 구분이 3단계로 세분화됐고, 창업 시점에 따라 적용 구간·감면율이 달라질 수 있으니 정확한 감면율은 창업 시점 기준으로 법령에서 확인해 주세요.
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세액공제 적용 우선순위
- 이월공제분(직전 연도 미사용분)을 먼저 적용해요.
- 당기 발생 세액공제를 적용해요.
- 최저한세 초과분은 다음 연도로 이월돼요(최대 10년).
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최저한세란?
세액공제·감면이 커도 최소한 내야 하는 세금을 정한 제도예요. 자세한 계산 방법은 최저한세에서 확인하세요.
| 구분 | 최저한세율 |
|---|---|
| 중소기업 | 7% |
| 일반기업 (과세표준 100억 원 이하) | 10% |
| 일반기업 (100억 원 초과 ~ 1,000억 원 이하) | 12% |
| 일반기업 (1,000억 원 초과) | 17% |
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세액공제 누락 방지 요령
- 법인세 신고 전 세액공제 체크리스트를 만들어 두세요.
- 고용 변동(입사·퇴사) 데이터를 연간 정리해 통합고용세액공제 계산을 미리 준비하세요.
- 투자 계획이 있으면 연내 취득을 완료하세요(당해 연도 공제를 받으려면 필요해요).
- 세액공제 신청서는 법인세 신고서와 함께 제출해야 해요(미제출 시 공제가 인정되지 않아요).
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Q1. 여러 세액공제를 다 받으면 법인세를 0원까지 줄일 수 있나요?
아니요. 최저한세 제도 때문에 세액공제·감면을 다 받아도 최소한의 세금은 내야 해요. 최저한세를 넘는 공제분은 최대 10년간 이월해서 다음 연도에 활용할 수 있어요.
Q2. 고용증대세액공제는 이제 못 받나요?
명칭과 제도 내용이 2025년부터 통합고용세액공제(조특법 §29의8)로 바뀌었어요. 다만 예전에 고용증대세액공제를 적용받아 사후관리(고용 유지) 기간이 남아있는 사업장이라면 옛 규정도 함께 살펴봐야 해요.
Q3. 창업중소기업 세액감면과 중소기업 특별세액감면을 동시에 받을 수 있나요?
아니요. 두 제도는 중복 적용이 되지 않고 둘 중 유리한 것 하나만 선택해 적용해야 해요.
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자주 하는 실수
- 창업감면과 특별세액감면을 동시에 신청 — 두 제도는 중복 적용이 불가능해요. 유리한 쪽 하나만 선택해야 하는데 이를 모르고 둘 다 반영해 신고했다가 경정 대상이 되는 경우가 있어요.
- 옛 명칭(고용증대세액공제)만으로 검색해 개편 내용을 놓침 — 2025년부터 통합고용세액공제로 바뀐 걸 모르고 예전 자료 그대로 계산해 공제액을 잘못 산정하는 경우가 있어요.
- 세액공제 신청서를 법인세 신고서와 함께 제출하지 않음 — 신청서를 누락하면 요건을 충족해도 공제 자체가 인정되지 않아요.
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