중도퇴사자 연말정산 환급

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요약
  1. 1년 중간에 퇴사하는 직원도 연말정산을 받아야 해요. 퇴사 월에 회사가 중도정산을 진행하고 환급세액이 있으면 마지막 급여에 포함해 지급해요.

중도퇴사자 연말정산이란?

1년 중간에 퇴사하는 직원에 대해 퇴사 월에 회사가 미리 연말정산을 진행하는 절차예요 (소득세법 시행령 제199조).

12월까지 가서 정산하지 않고, 퇴사 시점까지 발생한 소득·원천세를 정산해서 환급·추가납부 처리. 그 후 임직원이 다른 회사 이직하면 합산 정산.

일반 연말정산 vs 중도정산

구분일반 (12월 기준)중도 (퇴사 월)
시점연말 (1~2월)퇴사 월
소득 범위1~12월 전체1월 ~ 퇴사 월
공제 적용1년 지출분인적공제는 연간 전액, 지출 공제는 퇴사 월까지 쓴 금액만
환급 시점2~3월마지막 급여
이직 시 처리다음 회사가 합산다음 회사에 영수증 제출

핵심 차이: 기본공제 같은 인적공제는 몇 달을 일했든 연간 전액을 적용하고, 보험료·의료비·신용카드 같은 지출 공제는 1월부터 퇴사 월까지 쓴 금액만 넣어요.

중도정산 절차

1단계: 퇴사일 확정

퇴사 시점 명확화 (퇴사일이 속한 월에 정산).

2단계: 연간 누계 소득·원천세 계산

누계 소득 = 1월 ~ 퇴사 월 총 급여·상여
누계 원천세 = 1월 ~ 퇴사 월 원천징수액

3단계: 공제 항목 적용 — 인적공제는 전액, 지출 공제는 근무기간분

공제적용 방법
기본공제본인 150만 원 전액 (월수로 나누지 않음)
부양가족 공제1명당 150만 원 전액
표준세액공제특별세액공제를 신청하지 않으면 13만 원 전액
신용카드·보험료·의료비 등1월~퇴사 월에 쓴 금액만

인적공제를 연간 전액 적용하기 때문에 상반기에 퇴사하면 결정세액이 작게 나와 환급이 생기는 경우가 많아요. 재직 중에 썼지만 회사에 자료를 내지 못한 카드 사용액이나 의료비는 5월 종합소득세 신고에서 반영하고, 퇴사 뒤 일하지 않은 기간에 쓴 금액은 공제되지 않아요.

4단계: 결정세액 vs 기납부세액 비교

환급액 = 기납부세액 - 결정세액

기납부 (회사가 매월 떼서 납부한 누계) > 결정세액 → 환급. 기납부 < 결정세액 → 추가 납부.

5단계: 마지막 급여에 반영

환급액은 마지막 급여에 가산:

(차) 급여  XX / (대) 보통예금   XX (실지급액)
                / (대) 예수금 (원천세 환급)  XX

회사가 임직원에게 환급 → 다음 달 회사 원천세 신고 시 환급 신청.

6단계: 원천징수영수증 발급

퇴사 직원에게 근로소득 원천징수영수증 발급. 다음 회사 이직 시 제출 자료.

예시 계산

직원 A — 2025년 7월 31일 퇴사. 1~7월 누계 소득 3,500만원, 누계 원천세 200만원.

결정세액 산정

  • 기본공제 (본인): 150만 (연간 전액)
  • 표준세액공제: 13만 (특별세액공제를 신청하지 않는 경우)
  • 4대보험 본인부담분 (실제 발생): 130만
  • 신용카드 등: 1~7월 사용분만, 직원이 자료를 낸 경우 적용

근로소득공제·세율 적용 후 결정세액 (예시): 약 180만.

환급액

환급 = 200만 - 180만 = 20만원

마지막 급여에 20만원 환급.

이직 시 합산 정산 — 다음 회사 처리

임직원이 다른 회사로 이직 시

이전 회사에서 받은 근로소득 원천징수영수증을 새 회사에 제출. 새 회사가 연말정산 시 합산.

합산 결정세액 = (이전 회사 소득 + 새 회사 소득) × 누진세율 적용

이전 회사 원천세 + 새 회사 원천세 = 합산 기납부세액과 비교.

종합소득세 신고 (5월)

이직 후 새 회사가 연말정산 안 했거나 누락 시 본인이 5월에 종합소득세 신고로 정산.

중도퇴사 시점별 정산 시기

퇴사 시점정산
1~11월 퇴사퇴사 월 중도정산 + 이직 시 합산
12월 퇴사일반 연말정산 (12월 기준)
퇴사 후 재취업 안 함5월 종합소득세 신고로 정산 (본인)

자주 묻는 질문 (FAQ)

Q1. 중도정산 안 하고 본인이 종합소득세 신고하면?

법적으로 회사는 중도정산 의무. 단 임직원 요청 시 영수증만 발급하고 정산은 본인 종합소득세 신고로 미룰 수 있음 (실무 관행).

Q2. 환급액이 큰데 마지막 급여보다 많으면?

회사가 환급액 차액을 별도 지급. 또는 임직원이 종합소득세 신고로 환급 받음.

Q3. 추가 납부세액 발생하면?

마지막 급여에서 차감. 그래도 부족하면 임직원이 별도 납부.

Q4. 외국인 직원 중도퇴사 시?

거주자 = 한국 직원과 동일 처리. 비거주자 = 한국 원천 소득만 과세, 조세조약 적용. 외국으로 출국 시 출국 시점 정산.

Q5. 퇴사 직원이 영수증 분실하면?

홈택스에서 본인 발급 가능. 또는 회사에 재발급 요청. 지급명세서가 5년 보관되어 있음.

자주 하는 실수

  1. 인적공제를 근무월수로 나눠 적용 — 기본공제는 연간 전액이 원칙. 월수로 줄이면 세금을 과다하게 떼요. 반대로 퇴사 후 지출한 보험료·카드 사용액을 넣는 것도 오류.
  2. 퇴사 월 중도정산 누락 — 퇴사 후에야 발견. 종합소득세 신고로 정산해야.
  3. 원천징수영수증 미발급 — 임직원 이직 시 필요. 발급 의무.
  4. 환급 신청 누락 — 회사가 임직원에게 환급 후 국세청에 환급 신청 안 하면 회사 손실.
  5. 퇴사일 기준 모호 — 퇴사일 = 마지막 근무일. 다음 달 초 처리 시 월 분류 오류.

시작 전 체크리스트

  • 퇴사일 확정 + 마지막 근무월 결정
  • 1월 ~ 퇴사 월 누계 소득·원천세 산정
  • 인적공제(본인·부양가족) 연간 전액 적용, 지출 공제는 퇴사 월까지 사용분만
  • 신용카드·의료비 등 실 사용 공제 적용
  • 결정세액 vs 기납부 비교 → 환급·추가 납부
  • 마지막 급여에 환급액 가산 또는 추가 차감
  • 근로소득 원천징수영수증 발급 → 임직원 전달
  • 다음 달 원천세 신고 시 환급 신청
출처와 이력
근거·출처
개정 이력 (2건)
  • 2026-10-06본문 수정 (문서 928편을 함께 고친 작업)
  • 2026-05-21문서 발행

목차

  • 중도퇴사자 연말정산이란?
  • 일반 연말정산 vs 중도정산
  • 중도정산 절차
  • 1단계: 퇴사일 확정
  • 2단계: 연간 누계 소득·원천세 계산
  • 3단계: 공제 항목 적용 — 인적공제는 전액, 지출 공제는 근무기간분
  • 4단계: 결정세액 vs 기납부세액 비교
  • 5단계: 마지막 급여에 반영
  • 6단계: 원천징수영수증 발급
  • 예시 계산
  • 결정세액 산정
  • 환급액
  • 이직 시 합산 정산 — 다음 회사 처리
  • 임직원이 다른 회사로 이직 시
  • 종합소득세 신고 (5월)
  • 중도퇴사 시점별 정산 시기
  • 자주 묻는 질문 (FAQ)
  • Q1. 중도정산 안 하고 본인이 종합소득세 신고하면?
  • Q2. 환급액이 큰데 마지막 급여보다 많으면?
  • Q3. 추가 납부세액 발생하면?
  • Q4. 외국인 직원 중도퇴사 시?
  • Q5. 퇴사 직원이 영수증 분실하면?
  • 자주 하는 실수
  • 시작 전 체크리스트