이월결손금 공제 (법인세)

이월결손금이란?

특정 사업연도에 발생한 세무상 결손금(손실)을 이후 사업연도의 과세표준에서 공제하는 제도예요.

세무상 결손금은 회계상 당기순손실과 다를 수 있어요. 손익계산서상 당기순손실을 그대로 이월하는 게 아니라, 회계상 당기순손익에 익금 산입·손금 불산입 등 세무조정을 반영해 계산한 세무상 소득금액이 음수(-)일 때 결손금이 확정돼요.

결산상 당기순손익
± 세무조정 (익금산입 / 손금불산입 / 손금산입 / 익금불산입)
= 각 사업연도 소득금액 또는 결손금

세무조정 절차를 거쳐야 세무상 결손금이 확정되므로, 결손이 난 해에도 반드시 법인세 신고와 세무조정계산서 작성이 필요해요.

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과세표준 계산에서 차감하는 위치

이월결손금은 각 사업연도 소득금액에서 차감해 과세표준을 줄여요. 산출세액에서 바로 빼는 세액공제·세액감면과는 계산 단계가 달라요.

각 사업연도 소득금액
- 이월결손금 공제          ← 이 단계
- 비과세소득
- 소득공제
= 법인세 과세표준
× 세율 (2026 사업연도부터 과세표준 2억 이하 10%, 초과 구간 20% · 200억 초과 22% · 3,000억 초과 25%)
= 산출세액
- 세액공제 · 세액감면      ← 별도 단계
= 납부세액

세율은 법인세법 제55조에 규정돼 있어요. 2026년 1월 1일 이후 시작하는 사업연도부터 전 구간이 1%p 올랐고, 2025 사업연도까지는 9% · 19% · 21% · 24%예요. 순서를 혼동하면 법인세 계산표 전체가 틀어지니 차감 위치를 구분해 두세요.

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공제 한도 및 이월 기간

이월 기간은 결손금이 발생한 연도에 따라 달라요.

• 중소기업의 전액 공제는 법인세법 제13조 제1항 단서와 조세특례제한법 제5조의2에 근거해요.
• 합병·분할로 승계한 결손금은 별도의 한도 제한이 있어요(법인세법 제45조).
• 오래된 결손금부터 먼저 공제해야 기간 만료로 인한 소멸을 막을 수 있어요.

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㈜예시상사 사례 — 한도 계산 예시

㈜예시상사(일반법인, 12월 결산)는 2022년 사업연도에 세무상 결손금 3억 원이 발생해 신고했어요. 2025년 사업연도에 각 사업연도 소득금액이 5억 원이 됐어요.

각 사업연도 소득금액:          500,000,000원
이월결손금 공제 한도(80%):     400,000,000원
이월결손금 잔액(2022년분):     300,000,000원
실제 공제액:                   300,000,000원  (한도 내 전액 공제)

법인세 과세표준:               200,000,000원
산출세액 (9% × 2억):           18,000,000원

만약 이월결손금이 없었다면 과세표준 5억 원에 세율을 적용해 산출세액이 약 7,500만 원(2억 × 9% + 3억 × 19%)이 됐을 거예요. 이월결손금 공제로 약 5,700만 원의 세금이 절감됐어요. 같은 조건을 2026 사업연도(세율 10% · 20%)에 적용하면 산출세액은 2,000만 원, 절감액은 약 6,000만 원이에요.

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공제 순서

결손금이 여러 해에 걸쳐 발생했다면 발생 연도가 오래된 것부터 먼저 공제해요 (선입선출, 법인세법 제13조 제2항). 이월 기간이 짧은 옛 결손금을 먼저 소진하지 않으면 기간 만료로 사용할 수 없게 될 수 있어요.

발생연도별로 아래 항목을 대장으로 관리하면 좋아요.

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결손금 발생 연도별 신고

결손금이 발생한 연도에 법인세 신고 시 결손금을 반드시 신고해야 이후 연도에 공제받을 수 있어요. 신고하지 않으면 이월공제가 인정되지 않아요. 납부세액이 0원이어도 신고 기한(사업연도 종료일로부터 3개월 이내)을 지켜야 공제 권리가 유지돼요.

결손금은 아래 4가지 서류로 관리해요.

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결손금 소급공제 (중소기업 특례)

중소기업은 해당 연도 결손금을 직전 사업연도 법인세에 소급해 환급받을 수도 있어요.

소급공제 신청 기한: 결손금 발생 연도 법인세 신고기한 내

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인수·합병(M&A) 시 주의

법인을 인수할 때 대상 법인의 이월결손금이 있더라도, 합병 이후 공제가 제한될 수 있어요. 지배주주 변경 시 공제 한도가 축소되는 규정이 있어요.

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Q&A

Q. 창업 초기 3년간 적자였어요. 결손금을 나중에 이익이 날 때 전부 공제받을 수 있나요? 중소기업은 결손금 전액을 공제받을 수 있어요. 일반 법인은 당해 연도 소득의 80%까지만 공제되고 나머지는 다음 해로 이월돼요. 흑자 규모가 크거나 이월 기간이 충분하다면 결국 전액 사용이 가능해요.

Q. 흑자가 작으면 이월결손금을 다 못 쓰나요? 그 사업연도에 공제하지 못한 잔액은 다음 사업연도로 그대로 이월돼요. 이월 기간이 남아 있는 한 매년 한도 범위 안에서 계속 사용할 수 있어요.

Q. 이월결손금이 15년이 지나면 사라지나요? 네. 이월결손금은 발생 연도로부터 15년이 지나면 소멸해요 (2009~2019년 발생분은 10년, 2009년 이전 발생분은 5년). 이익이 날 때 빠르게 공제받는 것이 중요해요.

Q. 결손금 신고를 빠뜨렸거나 늦게 했어요. 이월공제가 될까요? 기한 후 신고를 하면 가산세는 발생하지만 이월결손금은 인정돼요(법인세법 제13조). 신고 누락은 경정청구로 정정하고 이후 연도의 결손금 공제를 재계산할 수 있어요. 다만 무신고 상태로 부과제척기간이 지나면 공제 근거를 잃을 위험이 있으니 빠른 신고가 유리해요. 세무사의 도움을 받으세요.

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자주 하는 실수

1. 회계상 적자를 세무상 결손금으로 착각 — 세무조정 후 확정된 금액이 세무상 결손금이에요. 회계 손실과 다를 수 있어요.
2. 결손 연도 법인세 신고 누락 — 신고를 안 하면 이월공제 근거가 없어져요. 납부세액이 0원이어도 반드시 신고해야 해요.
3. 발생연도별 이월 기간 확인 누락 — 2009년 이전 발생분은 이월 기간이 5년뿐이에요. 옛 결손금이 기한 만료로 소멸했는지 먼저 확인해야 해요.

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실무 체크리스트

• 결손금 발생 사업연도의 법인세 신고서와 세무조정계산서를 확인했나요?
• 회계상 손실이 아니라 세무상 결손금 금액을 기준으로 했나요?
• 발생연도별 이월결손금 잔액과 이월 기간 만료일을 정리했나요?
• 중소기업 여부를 확인해 공제 한도(80% 또는 100%)를 올바르게 적용했나요?
• 과세표준 계산 단계에서 차감했나요(세액공제 단계가 아닌지 확인)?
• 합병·분할·지분 변동 등 결손금 사용 제한 사유를 검토했나요?
• 신고서 이월결손금 명세(별지 제14호)와 내부 대장의 잔액이 일치하나요?
• 오래된 결손금부터 우선 공제했나요?

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