연말정산 절차 — 회사(원천징수의무자) 업무 가이드

가이드수정일 택스위키 편집위원회읽는 데 3분근거 3건
요약
  1. 1~2월: 근로자 공제신고서·증빙서류 수령
  2. 2월 급여에 환급 or 추징 반영
  3. 3월 10일까지 지급명세서 국세청 제출

추천 대상 · 회계 담당자, 인사 담당자

연말정산이란?

연말정산(年末精算)은 매월 간이세액표로 납부한 근로소득세를 연간 실제 납부세액과 비교해 정산하는 절차예요.

  • 연간 결정세액 > 기납부세액 → 추징 (더 내야 함)
  • 연간 결정세액 < 기납부세액 → 환급 (돌려받음)

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연말정산 일정 (12월 결산 법인 기준)

시기업무담당
1월 15일 전후근로자 공제신고서·증빙서류 제출근로자
1월 말홈택스 간소화 서비스 자료 확인근로자·회사
2월 급여환급 또는 추징 반영회사
3월 10일까지원천세 신고(2월분) — 환급 반영회사
3월 10일까지근로소득 지급명세서 제출회사

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근로자가 제출하는 서류

서류비고
근로소득자 소득·세액공제신고서홈택스 출력 또는 회사 양식
주택자금공제 관련 증빙주택차입금 이자 납입증명서 등
의료비·교육비·기부금 영수증간소화 자료로 대부분 처리
부양가족 관련 서류가족관계증명서·장애인증명서 등

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회사 처리 절차

  1. 서류 수령 및 검토
  2. 세액 계산 (급여 시스템 또는 홈택스 연말정산 간소화)
  3. 2월 급여에 환급·추징 반영
  4. 원천세 신고 (3월 10일까지) — 환급액은 다음 달 납부세액에서 차감
  5. 근로소득 지급명세서 제출 (3월 10일까지, 온라인 제출 권장)
  6. 원천징수영수증 교부 (퇴직자: 퇴직 다음 달 말까지)

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환급 처리

구분처리 방법
환급액 < 다음 달 납부세액2월 급여 시 지급 + 3월 신고 시 상계
환급액 > 다음 달 납부세액3월 이후 납부세액에서 순차 차감
미환급 잔액세무서에 환급 신청 가능

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지급명세서 제출 의무

근로소득 지급명세서는 매년 3월 10일까지 홈택스로 제출해야 해요. 미제출 시 지급 금액의 1% 가산세가 부과돼요.

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자주 묻는 질문

Q. 중도퇴직자의 연말정산은 어떻게 하나요? 퇴직 월에 연말정산해 원천징수영수증을 교부해요. 퇴직자는 이후 종합소득세 신고로 추가 공제를 받을 수 있어요.

Q. 홈택스 간소화 자료에 없는 항목은 어떻게 처리하나요? 의료비·교육비 일부는 간소화에 나오지 않을 수 있어요. 이 경우 근로자가 직접 영수증을 발급받아 제출해야 해요.

Q. 2월 급여 이후 공제 서류가 늦게 제출되면? 5월 종합소득세 신고 기간에 근로자가 직접 추가 신고해 공제 받을 수 있어요.

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→ 관련 항목: 원천징수이행상황신고서 작성법 · 근로소득공제 세무: 총급여에서 자동으로 빼는 공제 · 연말정산 공제항목 총정리: 소득공제·세액공제 항목별 기준

출처와 이력
근거·출처
개정 이력 (3건)
  • 2026-06-12사이클 133A — 배당금-처리·가지급금-처리·연말정산-절차·외화-입출금-처리·세무불복-절차 확장
  • 2026-06-08본문 수정 (문서 7편을 함께 고친 작업)
  • 2026-05-23문서 발행

목차

  • 연말정산이란?
  • 연말정산 일정 (12월 결산 법인 기준)
  • 근로자가 제출하는 서류
  • 회사 처리 절차
  • 환급 처리
  • 지급명세서 제출 의무
  • 자주 묻는 질문